Visualiser une matrice de corrélation en utilisant la fonction symnum

Cet article décrit comment faire un graphique de la matice de corrélation dans R. La fonction symnum() de R est utilisée. Elle prend comme argument la table de corrélation. Le résultat est une table dans laquelle les coefficients de corrélation sont remplacés par des symboles en fonction du dégré de corrélation.

Notez qu’un logiciel web est disponible ici pour calculer une matrice de corrélation et dessiner un corrélogramme sans aucune installation.

Graphique de la matrice de corrélation en utilisant la fonction symnum

La fonction symnum de R peut être utilisée pour mettre en évidence, très facilement, les variables les plus corrélées. Elle remplace les coefficients de corrélation par des symboles en fonction de la valeur.

Le format simplifié de la fonction est :

symnum(x, cutpoints = c(0.3, 0.6, 0.8, 0.9, 0.95),
       symbols = c(" ", ".", ",", "+", "*", "B"))

- x est la matrice de corrélation à visualiser - cutpoints : Les cutpoints des coefficients de corrélation. Les coefficients de corrélation entre 0 et 0.3 sont remplacés par un espace (" “); les coefficients de corrélation entre 0.3 et 0.6 sont remplacés par”.“; etc … - symbols : Les symboles à utiliser.

Le code R suivant calcule la table de corrélation et affiche un graphique de la matrice de corrélation:

## Matrice de corrélation
corMat<-cor(mtcars)
head(round(corMat,2))
       mpg   cyl  disp    hp  drat    wt  qsec    vs    am  gear  carb
mpg   1.00 -0.85 -0.85 -0.78  0.68 -0.87  0.42  0.66  0.60  0.48 -0.55
cyl  -0.85  1.00  0.90  0.83 -0.70  0.78 -0.59 -0.81 -0.52 -0.49  0.53
disp -0.85  0.90  1.00  0.79 -0.71  0.89 -0.43 -0.71 -0.59 -0.56  0.39
hp   -0.78  0.83  0.79  1.00 -0.45  0.66 -0.71 -0.72 -0.24 -0.13  0.75
drat  0.68 -0.70 -0.71 -0.45  1.00 -0.71  0.09  0.44  0.71  0.70 -0.09
wt   -0.87  0.78  0.89  0.66 -0.71  1.00 -0.17 -0.55 -0.69 -0.58  0.43
## Graphique de la corrélation
## abbr.colnames=FALSE pour éviter que 
#le nom des colonnnes soit abbrégés
symnum(corMat, abbr.colnames=FALSE)
     mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carb
mpg  1                                           
cyl  +   1                                       
disp +   *   1                                   
hp   ,   +   ,    1                              
drat ,   ,   ,    .  1                           
wt   +   ,   +    ,  ,    1                      
qsec .   .   .    ,          1                   
vs   ,   +   ,    ,  .    .  ,    1              
am   .   .   .       ,    ,          1           
gear .   .   .       ,    .          ,  1        
carb .   .   .    ,       .  ,    .          1   
attr(,"legend")
[1] 0 ' ' 0.3 '.' 0.6 ',' 0.8 '+' 0.9 '*' 0.95 'B' 1

Conclusions

Une des méthodes faciles pour visualiser une matrice de corrélation dans R est d’utiliser la fonction symnum.

Infos

Cette analyse a été faite avec R (ver. 3.1.0).


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