Paramètres graphiques
Cet article est juste un guide de démarrage rapide sur les paramètres graphiques de R. L’objectif est de décrire brièvement comment personnaliser un graphe avec le logiciel statistique R. Les 9 astuces simples que vous devriez connaitre pour embellir vos graphiques sont :
- Ajout de titres, légendes, textes, axes et de lignes droites
- Changement de l’échelle des axes, les types de points, les types de traits et les couleurs
Pour chacun de ces 9 paramètres graphiques, vous allez apprendre dans ce tutoriel le format simplifié des fonctions R à utiliser ainsi que quelques exemples illustratifs.
Ajouter des titres
Le titre des graphes peut être spécifié directement à la fonction graphique lors de la création du graphe ou en utilisant la fonction title() (pour ajouter des titres sur un graphique déjà existant).
# Ajouter des titres
barplot(c(2,5), main="Main title",
xlab="X axis title",
ylab="Y axis title",
sub="Sub-title",
col.main="red", col.lab="blue", col.sub="black")
# Augmenter la taille des titres
barplot(c(2,5), main="Main title",
xlab="X axis title",
ylab="Y axis title",
sub="Sub-title",
cex.main=2, cex.lab=1.7, cex.sub=1.2)
Pour lire plus, cliquer sur ce lien : Titre des graphiques avec le logiciel R: Comment personnaliser?. Vous allez apprendre comment changer le style du texte (italique, gras, gras-italique) et, comment modifier les titres des graphes en utilisant les fonctions R titles() ou par().
Ajouter des légendes
La fonction legend() peut être utilisée. Un format simplifié est :
legend(x, y=NULL, legend, col)- x et y : Les coordonnées à utiliser pour la légende. Des mots clés peuvent également être utilisés pour la variable x : “bottomright”, “bottom”, “bottomleft”, “left”, “topleft”, “top”, “topright”, “right” et “center”.
- legend : le texte de la légende
- col : couleurs des traits et points à côté du texte de la légende
# Générer des données
x<-1:10; y1=x*x; y2=2*y1
# Prémière courbe
plot(x, y1, type="b", pch=19, col="red", xlab="x", ylab="y")
# Ajouter une deuxième courbe
lines(x, y2, pch=18, col="blue", type="b", lty=2)
# Ajouter des légendes
legend("topleft", legend=c("Line 1", "Line 2"),
col=c("red", "blue"), lty=1:2, cex=0.8)
Lire plus (Changer la bordure et la couleur de fond du rectangle de la légende; spécifier la position des légendes en utilisant des mots clés, …) —> Ajouter une légende aux graphiques avec le logiciel R : Comment prendre le contrôle?
Ajouter des textes
Pour ajouter des textes à un graphe dans R, la fonction text() [pour dessiner un texte dans la zone graphique] et la fonction mtext() [pour ajouter du texte dans une des quatre marges du graphe] peuvent être utilisées.
Un format simplifié de text() est :
text(x, y, labels)- x et y sont les coordonnées des textes
- labels : un vecteur de textes à écrire sur le graphique
plot(cars[1:10,], pch=19)
text(cars[1:10,], row.names(cars[1:10,]),
cex=0.65, pos=1,col="red") 
Lire plus (ajouter du texte dans les marges du graphe, ajouter des annotations mathématiques, ….) —> Ajouter du texte à un graphique avec le logiciel R
Ajouter une droite
La fonction R abline() peut être utilisée pour ajouter une ligne ou droite (verticale, horizontale, droite de régression) à un graphe.
Un format simplifié est :
abline(a=NULL, b=NULL, h=NULL, v=NULL, ...)- a, b : Valeurs indiquant le point d’interception sur l’axe des y et la pente de la droite
- h : h = y, ajoute une ligne horizontale en partant du point d’ordonnée y.
- v : v = x, ajoute une ligne verticale en partant du point d’abscisse x
# Ajouter des lignes verticales et horizontales
#++++++++++++++++++++++++++++++++++
plot(cars, pch=19)
abline(v=15, col="blue") # Ajouter une ligne verticale
# Ajouter une ligne horizontale, changer la couleur,
#la taille et le type de trait,
abline(h=60, col="red", lty=2, lwd=3)
# Droite de régression
#++++++++++++++++++++++++++++++++++
require(stats)
reg<-lm(dist ~ speed, data = cars)
coeff=coefficients(reg)
# Equation de la droite de regression :
eq = paste0("y = ", round(coeff[2],1), "*x ", round(coeff[1],1))
plot(cars, main=eq, pch=18)
abline(reg, col="blue", lwd=2)
Lire plus —> Fonction abline de R : Comment ajouter facilement une droite à un graphique
Ajouter un axe à un graphique
La fonction axis() peut être utilisée.
Un format simplifié est :
axis(side, at=NULL, labels=TRUE)- side : le côté du graphique où l’on souhaite ajouter un axe; les valeurs possibles sont 1(côté bas), 2(côté gauche), 3(en haut) et 4(à droite).
- at: position des graduations.
- labels: textes d’annotation des graduations
x<-1:4; y=x*x
plot(x, y, pch=18, col="red", type="b",
frame=FALSE, xaxt="n") # Remove x axis
axis(1, 1:4, LETTERS[1:4], col.axis="blue")
axis(3, col = "darkgreen", lty = 2, lwd = 0.5)
axis(4, col = "violet", col.axis = "dark violet", lwd = 2)
Lire plus —> Ajouter un axe aux graphiques : Comment faire avec le logiciel R.
Changer l’échelle des axes : minimum, maximum et échelle log
Les arguments xlim et ylim peuvent être utilisés pour changer les limites des axes x et y. Format : xlim = c(min, max); ylim = c(min, max).
La transformation en échelle log en utilisant les paramètres : log=“x”, log=“y” or log=“xy”.
x<-1:10; y=x*x
plot(x, y) # graphe simple
plot(x, y, xlim=c(1,15), ylim=c(1,150))# Agrandir l'échelle
plot(x, y, log="y")# Echelle log
Lire plus —> Modifier l’échelle des axes dans R : minimum, maximum et échelle log.
Changer le type de points
Les différents types de points qui peuvent être utilisés dans R sont :
Le type de points peut être changé en utilisant l’argument pch.
x<-c(2.2, 3, 3.8, 4.5, 7, 8.5, 6.7, 5.5)
y<-c(4, 5.5, 4.5, 9, 11, 15.2, 13.3, 10.5)
# Changer le type de points en utilisant pch
plot(x, y, pch = 19, col="blue")
plot(x, y, pch = 18, col="red")
plot(x, y, pch = 24, cex=2, col="blue", bg="red", lwd=2)
Lire plus —> Les différents types de points dans R : Comment utiliser pch?.
Changer le type de traits
Les types de traits disponibles dans R sont :
Le type de traits peut être spécifier en utilisant le paramètre graphique lty.
x=1:10; y=x*x
plot(x, y, type="l") # trait plein (ou solide, par défaut)
plot(x, y, type="l", lty="dashed")# tiret
plot(x, y, type="l", lty="dashed", lwd=3)# Changer l'épaisseur du trait
Lire plus —> Les différents types de traits dans R : lty.
Changer les couleurs
Les couleurs peuvent être spécifiées soit par le nom (ex, col = “red”) ou par le code hexadécimal (ex, col = “#FFCC00”).
# spécifier la couleur par le nom
barplot(c(2,5), col=c("blue", "red"))
# utiliser le code héxadécimal
barplot(c(2,5), col=c("#009999", "#0000FF"))
Code héxadécimal des couleurs :
(Source: http://www.visibone.com)
Le package RColorBrewer peut aussi être utilisé pour créer de belles palettes de couleurs. Lire notre article : Couleurs dans R.
Lire plus —> Couleurs dans R.
Articles réliés
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Types de points
Différents types de points sont disponibles dans R. Le paramètre graphique à utiliser pour spécifier le type de points est pch.
Types de traits
L’argument lty peut être utilisé pour indiquer le type de traits. Pour changer l’épaisseur des traits, l’argument lwd peut être utilisé.
Couleurs dans R
Les couleurs peuvent être spécifiées soit par le nom (ex, col = “red”) ou par le code hexadécimal (ex, col = “#FFCC00”). Vous pouvez également utiliser d’autres systèmes de couleurs tels que ceux venant du package RColorBrewer.
Ajouter un titre à un graphe
Le titre des graphes peut être spécifié directement à la fonction graphique lors de la création du graphe ou en utilisant la fonction title() (pour ajouter des titres sur un graphique déjà existant).
Ajouter du texte à un graphe
Pour ajouter du texte à un graphe dans R, les fonctions text() et mtext() peuvent être utilisées.
Ajouter une droite
La fonction abline() peut être utilisée pour ajouter des lignes verticales, horizontales ou une doite de régression à un graphe.
Ajouter un axe à un graphe
La fonction axis() peut être utilisée pour ajouter un axe sécondaire à un graphe.
Modifier l’échelle des axes dans R
L’objectif de cet article est de vous montrer comment fixer les limites des axes x et y. Ce document couvre également la transformation des axes en échelle logarithmique.
Infos
Cette analyse a été effectuée en utilisant le logiciel statistique R (ver. 3.1.0).
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Les différents types de traits dans R : lty
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Titre des graphiques avec le logiciel R: Comment personnaliser ?
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