Ajouter le point de la moyenne et de la médiane

# violin plot avec le point de la moyenne
p + stat_summary(fun.y=mean, geom="point", shape=23, size=2)
# violin plot avec le point de la médiane
p + stat_summary(fun.y=median, geom="point", size=2, color="red")

Ajouter la médiane et les quartiles

Une solution est d’utiliser la fonction geom_boxplot :

p + geom_boxplot(width=0.1)

Ajouter la moyenne et l’écart type

La fonction mean_sdl est utilisée. mean_sdl calcule la moyenne plus ou moins une constante fois l’écart type.

Dans le code R ci-dessous, la constante est spécifiée en utilisant l’argument mult (mult = 1). Par défaut mult = 2.

La moyenne +/- SD peut être ajoutée comme un crossbar ou un pointrange :

p <- ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + 
    geom_violin(trim=FALSE)
p + stat_summary(fun.data="mean_sdl", mult=1, 
                 geom="crossbar", width=0.2 )
p + stat_summary(fun.data=mean_sdl, mult=1, 
                 geom="pointrange", color="red")

Notez que, vous pouvez aussi définir une fonction personnalisée pour calculer les statistiques descriptives comme suit:

# Fonction pour produire les 
# statistiques descriptives (moyenne et +/- sd)
data_summary <- function(x) {
   m <- mean(x)
   ymin <- m-sd(x)
   ymax <- m+sd(x)
   return(c(y=m,ymin=ymin,ymax=ymax))
}

Utiliser une fonction personnalisée :

p + stat_summary(fun.data=data_summary)

Changer la couleur des traits des violins-plots

La couleur des traits du violin plot peut être automatiquement contrôlée par les niveaux de la variable dose:

# Changer la couleur des traits du violin plot par groupes
p<-ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len, color=dose)) +
  geom_violin(trim=FALSE)
p

Il est aussi possible de changer manuellement la couleur des traits du violin plot en utilisant les fonctions:

• scale_color_manual() : pour utiliser des couleurs personnalisées
• scale_color_brewer() : pour utiliser les palettes de couleurs du package RColorBrewer
• scale_color_grey() : pour utiliser la palette de couleurs grises

# Utiliser des couleurs personnalisées
p+scale_color_manual(values=c("#999999", "#E69F00", "#56B4E9"))
# Utiliser les palettes RColorBrewer
p+scale_color_brewer(palette="Dark2")
# Utiliser la palette de couleurs grises
p + scale_color_grey() + theme_classic()

Lire plus sur ggplot2 et les couleurs ici: ggplot2 couleurs

Changer les couleurs de remplissage du violin plot

Dans le code R ci-dessous, les couleurs de remplissage du violin plot sont automatiquement contrôlées par les niveaux de la variable dose:

# Utiliser une couleur unique
ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) +
  geom_violin(trim=FALSE, fill='#A4A4A4', color="darkred")+
  geom_boxplot(width=0.1) + theme_minimal()
# Changer la couleur par groupes
p<-ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len, fill=dose)) +
  geom_violin(trim=FALSE)
p

Il est aussi possible de changer manuellement les couleurs de remplissage du violin plot en utilisant les fonctions:

• scale_fill_manual() : pour utiliser des couleurs personnalisées
• scale_fill_brewer() : pour utiliser les palettes de couleurs du package RColorBrewer
• scale_fill_grey() : pour utiliser la palette de couleurs grises

# Utiliser des couleurs personnalisées
p+scale_fill_manual(values=c("#999999", "#E69F00", "#56B4E9"))
# Utiliser les palettes RColorBrewer
p+scale_fill_brewer(palette="Dark2")
# Utiliser la palette de couleurs grises
p + scale_fill_grey() + theme_classic()

Lire plus sur ggplot2 et les couleurs ici: ggplot2 couleurs