Préparer les données

Le jeu de données ToothGrowth est utilisé dans les exemples suivants :

# Convertir la colonne dose en facteur
ToothGrowth$dose <- as.factor(ToothGrowth$dose)
head(ToothGrowth)

##    len supp dose
## 1  4.2   VC  0.5
## 2 11.5   VC  0.5
## 3  7.3   VC  0.5
## 4  5.8   VC  0.5
## 5  6.4   VC  0.5
## 6 10.0   VC  0.5

Assurez-vous que la variable dose soit convertie en facteur en utilisant le script de R ci-dessus.

Box plots basiques

library(ggplot2)
#Box plots basiques
p <- ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + 
  geom_boxplot()
p
# Tourner le box plot
p + coord_flip()
# Box plot de type notch
ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + 
  geom_boxplot(notch=TRUE)
# Changer la couleur, la forme et la taille des 
# valeurs atypiques (outliers)
ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + 
  geom_boxplot(outlier.colour="red", outlier.shape=8,
                outlier.size=4)

La fonction stat_summary() peut être utilisée pour ajouter un point, représentant la moyenne, sur le box plot:

# Box plot avec la moyenne affichée
p + stat_summary(fun.y=mean, geom="point", shape=23, size=4)

Choisir les groupes à afficher :

p + scale_x_discrete(limits=c("0.5", "2"))

Box plot avec des points

Des points peuvent être ajoutés à un box plot en utilisant la fonction geom_dotplot() ou geom_jitter() :

# Box plot avec un dot plot
p + geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center', dotsize=1)
# Box plot avec des points dispersés (jitter)
# 0.2 : dégré de dispersion sur l'axe des x
p + geom_jitter(shape=16, position=position_jitter(0.2))

Changer la couleur des box plots par groupes

# Changer la couleur des traits du box plot par groupes
p<-ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len, color=dose)) +
  geom_boxplot()
p

# Utiliser des couleurs personnalisées
p+scale_color_manual(values=c("#999999", "#E69F00", "#56B4E9"))
# Utiliser les palettes RColorBrewer
p+scale_color_brewer(palette="Dark2")
# Utiliser la palette de couleurs grises
p + scale_color_grey() + theme_classic()

# Utiliser une couleur unique
ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) +
  geom_boxplot(fill='#A4A4A4', color="black")+
  theme_classic()
# Changer la couleur par groupes
p<-ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len, fill=dose)) +
  geom_boxplot()
p

# Utiliser des couleurs personnalisées
p+scale_fill_manual(values=c("#999999", "#E69F00", "#56B4E9"))
# Utiliser les palettes RColorBrewer
p+scale_fill_brewer(palette="Dark2")
# Utiliser la palette de couleurs grises
p + scale_fill_grey() + theme_classic()

Changer la position de la légende

p + theme(legend.position="top")
p + theme(legend.position="bottom")
p + theme(legend.position="none") # supprimer la légende

Les valeurs possibles pour l’argument legend.position sont : “left”,“top”, “right”, “bottom”.

Lire plus sur ggplot2 et légende: ggplot2 légende

Changer l’ordre des éléments dans la légende

La fonction scale_x_discrete peut être utilisée pour changer l’ordre des éléments en “2”, “0.5”, “1” :

p + scale_x_discrete(limits=c("2", "0.5", "1"))

Box plot avec plusieurs groupes

# Changer la couleur des box plots par groupe
ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len, fill=supp)) +
  geom_boxplot()
# Changer la position
p<-ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len, fill=supp)) +
  geom_boxplot(position=position_dodge(1))
p

Changer la couleur des box plots et ajouter des points :

# Ajouter des points
p + geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center',
                 position=position_dodge(1))
# Changer les couleurs
p+scale_fill_manual(values=c("#999999", "#E69F00", "#56B4E9"))

Box plots personnalisés

# Box plot basique
ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + 
  geom_boxplot(fill="gray")+
  labs(title="Plot of length per dose",x="Dose (mg)", y = "Length")+
  theme_classic()
# Changer autumatiquement la couleur par groupes
bp <- ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len, fill=dose)) + 
  geom_boxplot()+
  labs(title="Plot of length  per dose",x="Dose (mg)", y = "Length")
bp + theme_classic()

Changer les couleurs de remplissage manuellement :

# Couleurs continues
bp + scale_fill_brewer(palette="Blues") + theme_classic()
# Couleurs discretes
bp + scale_fill_brewer(palette="Dark2") + theme_minimal()
# Gradient de couleurs
bp + scale_fill_brewer(palette="RdBu") + theme_minimal()

Lire plus sur ggplot2 et légende: ggplot2 légende

Infos

Cette analyse a été faite en utilisant le logiciel R (ver. 3.1.2) et le package ggplot2 (ver. 1.0.0)