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Réseau d'interaction protéine-protéine pour une liste de gènes dans R

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Construire un réseau d'interactions entre un groupe de gènes peut aider beaucoup dans la compréhension des relations entre les éléments de votre liste de gènes. Il peut sembler difficile à premier abord de construire un tel réseau, mais il est moins compliqué qu'il n'y paraît. Voici une approche que j'utilise.

Les ressources pour obtenir des informations d'interactions protéine-protéine (PPI, pour proteine-proteine interaction) sont nombreuses. Malheureusement, il n'existe pas une base de données centrale pour ces interactions. Ils existent plusieurs bases de données telles que : IntAct, BioGRID, HPRD, STRING,...

Pour utiliser les API (Application Programming Interface ou Interface de Programmation) développées pour interroger ces bases de données, il faudrait du temps. Heureusement, la page web NCBI Entrez gene compile les interactions de BioGRID et HPRD. Ceci est un compromis raisonnable et robuste. D'autres parts, nous pouvons utiliser le package XML de R pour analyser la page Web.


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Formater du code R

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