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Réseau d'interaction protéine-protéine pour une liste de gènes dans R

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Construire un réseau d'interactions entre un groupe de gènes peut aider beaucoup dans la compréhension des relations entre les éléments de votre liste de gènes. Il peut sembler difficile à premier abord de construire un tel réseau, mais il est moins compliqué qu'il n'y paraît. Voici une approche que j'utilise.

Les ressources pour obtenir des informations d'interactions protéine-protéine (PPI, pour proteine-proteine interaction) sont nombreuses. Malheureusement, il n'existe pas une base de données centrale pour ces interactions. Ils existent plusieurs bases de données telles que : IntAct, BioGRID, HPRD, STRING,...

Pour utiliser les API (Application Programming Interface ou Interface de Programmation) développées pour interroger ces bases de données, il faudrait du temps. Heureusement, la page web NCBI Entrez gene compile les interactions de BioGRID et HPRD. Ceci est un compromis raisonnable et robuste. D'autres parts, nous pouvons utiliser le package XML de R pour analyser la page Web.


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Formater du code R

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L'utilisation du package formatR permet de supprimer les espaces et les lignes en trop ainsi que les commentaires contenues dans votre code

RQuery : Le code R simplifié

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RQuery : Le code R simplifié
RQuery est un fichier contenant un ensemble de fonctions R, permettant de faire de manière simple des analyses statistiques variées.

Il est multiplateforme et sera bientôt disponible pour téléchargement.

Vous aurez également la possibilité d’exécuter les fonctions sur un serveur distant sur lequel les logiciels sont déjà préinstallés.

Il sera également accompagné d'une interface graphique installable pour ceux qui ont peur des lignes de commandes.

Pour découvrir déjà certaines des diverses analyses réalisées par RQuery, cliquez sur le lien ci-dessous

Analyses réalisées par RQuery

Nouveau visage du site STHDA

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Nouveau visage du site STHDA
Le site STHDA a changé d'interface accompagné par la mise en place d'un forum et d'un système Wiki entre autres. Vous avez la possibilité de poster vos questions sur le forum et d'écrire des pages - concernant les statistiques et des logiciels d'analyse de données ou toutes autres informations éducatives/culturelles - dans la partie wiki.