Modèle de régression Cox avec RQuery

La fonction à utiliser s'appelle rquery.coxph

Elle permet de faitre un cox univarié ou multivarié.
Dans le cas d'un cox univarié la valeur pronostique et le hazard ratio de la variable d'intérêt sont déterminés.

Le cox multivarié permet de déterminer si, par exemple, 2 variables sont dépendantes (ou pas ) pour expliquer la survie des échantillons.


<h2 class="formatter-title wiki-paragraph-2" id="paragraph-format-du-fichier">Format du fichier</h2>

Le fichier accepté est au format .txt tabulation. Les variables sont en colonnes.

Télécharger un exemple de fichier en cliquant ici

Enregistrer le fichier au format .txt tabulation.
Les variables sont en colonne. Le fichier contient une colonne "evènement" appelée ici event , une colonne "temps" appelée ici "time" et 2 autres variables continues (gene1, gene2).

Pour en savoir plus sur le format de fichier accepté suivre le lien suivant : Importation et exportation des données avec RQuery-1.0


<h2 class="formatter-title wiki-paragraph-2" id="paragraph-utilisation-de-la-fonction-rquery-coxph">Utilisation de la fonction rquery.coxph</h2>

Code R :
rquery.coxph(eventName="event", timeName="time", varName="gene1", type="univariate")


La fonction prend comme paramètre:
  • Le nom de la colonne contenant l’événement (eventName="event")
  • Le nom de la colonne contenant le temps (timeName="time")
  • Le nom de la colonne contenant la variable d'intérêt (varName="gene1")



R vous demandera d'indiquer le fichier contenant les données. Indiquer le chemin du fichier que vous venez de télécharger.

Un fichier .txt tabulation, contenant les données ci-dessous, est généré et automatiquement ouvert à la fin de l'exécution de la fonction



Name Beta Univariate.HR (exp(beta)) wald test Univariate.P
gene1 0.84 2.3 15 0.00013


La fonction crée un dossier Result/Coxph contenant les fichiers générés. Ce dossier inclue entre autres un fichier txt contenant les résultats de l'analyse coxph pour chacune des variables interrogées.


<h2 class="formatter-title wiki-paragraph-2" id="paragraph-faire-un-cox-univarie-pour-une-liste-de-variables">Faire un Cox univarié pour une liste de variables</h2>

Il suffit d'indiquer la liste dans le paramètre varName de la manière suivante : varName=c("gene1", "gene2")

Code R :
rquery.coxph(eventName="event", timeName="time", varName=c("gene1", "gene2"), type="univariate")


Le résultat pour l'ensemble des variables est enregistré dans le même fichier .txt.

La p value et le hazard ratio du cox univarié sont montrés.



Cliquez ici pour voir un exemple de fichier txt généré.



<h2 class="formatter-title wiki-paragraph-2" id="paragraph-cox-multivarie">Cox multivarié</h2>

Dans le code ci-dessous type="multivariate"

Code R :
rquery.coxph(eventName="event", timeName="time", varName=c("gene1", "gene2"), type="multivariate")


Dans le fichier txt généré le hazard ratio et la p value du test multivarié sont montrés pour chacune des variables


Cliquez ici pour voir un exemple de fichier txt généré.



<h2 class="formatter-title wiki-paragraph-2" id="paragraph-utilisateur-avance">Utilisateur avancé</h2>


rquery.coxph

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