Maxstat et courbe de survie pour une variable continue avec RQuery

La fonction à utiliser s'appelle rquery.maxstat


<h2 class="formatter-title wiki-paragraph-2" id="paragraph-format-du-fichier">Format du fichier</h2>

Le fichier accepté est au format .txt tabulation. Les variables sont en colonnes.

Télécharger un exemple de fichier en cliquant ici

Enregistrer le fichier au format .txt tabulation.
Les variables sont en colonne. Le fichier contient une colonne "evènement" appelée ici event , une colonne "temps" appelée ici "time" et 2 autres variables continues (gene1, gene2).

Pour en savoir plus sur le format de fichier accepté suivre le lien suivant : Importation et exportation des données avec RQuery-1.0


<h2 class="formatter-title wiki-paragraph-2" id="paragraph-utilisation-de-la-fonction-rquery-maxstat">Utilisation de la fonction rquery.maxstat</h2>

Maxstat et courbe de survie de la variable gene1


Code R :
rquery.maxstat(eventName="event", timeName="time", varName="GENE1")


La fonction prend comme paramètre:
  • Le nom de la colonne contenant l’événement (eventName="event")
  • Le nom de la colonne contenant le temps (timeName="time")
  • Le nom de la colonne contenant la variable d'intérêt (varName="gene1")



R vous demandera d'indiquer le fichier contenant les données. Indiquer le chemin du fichier que vous venez de télécharger.

Ci-dessous le graphique généré:


cliquez pour agrandir

La fonction crée un dossier Result/Maxstat contenant les fichiers générés. Ce dossier inclue entre autres un fichier txt contenant les résultats de l'analyse maxstat pour chacune des variables interrogées.


<h2 class="formatter-title wiki-paragraph-2" id="paragraph-maxstat-et-courbe-de-survie-pour-une-liste-de-variable">Maxstat et courbe de survie pour une liste de variable</h2>

Il suffit d'indiquer la liste dans le paramètre varName.

Code R :
 
res<-rquery.maxstat(eventName="event", timeName="time", varName=c( "GENE1", "GENE2"))
 


Dans ce cas un fichier pdf est généré contenant l'ensemble des graphique.

Cliquez ici pour voir un exemple de fichier pdf généré.


Un fichier .txt est également généré : exemple

<h2 class="formatter-title wiki-paragraph-2" id="paragraph-utilisateur-avance">Utilisateur avancé</h2>


rquery.maxstat

Enjoyed this article? I’d be very grateful if you’d help it spread by emailing it to a friend, or sharing it on Twitter, Facebook or Linked In.

Show me some love with the like buttons below... Thank you and please don't forget to share and comment below!!
Avez vous aimé cet article? Je vous serais très reconnaissant si vous aidiez à sa diffusion en l'envoyant par courriel à un ami ou en le partageant sur Twitter, Facebook ou Linked In.

Montrez-moi un peu d'amour avec les like ci-dessous ... Merci et n'oubliez pas, s'il vous plaît, de partager et de commenter ci-dessous!





Cette page a été vue 5615 fois