Matrix de corr?lation: Comment faire un heatmap?


L?objectif de ce document est de vous montrer comment visualiser une matrice de corr?lation en utilisant la fonction heatmap de R. Ce type de graphique peut aider ? identifier rapidement les variables les plus corr?l?es. Vous pouvez lire plus sur les matrices de corr?lation en cliquant ici.

Donn?es

La table de donn?es mtcars est utilis?e dans les exemples suivants :

mydata <- mtcars[, c(1,3,4,5,6,7)]
head(mydata)
                   mpg disp  hp drat    wt  qsec
Mazda RX4         21.0  160 110 3.90 2.620 16.46
Mazda RX4 Wag     21.0  160 110 3.90 2.875 17.02
Datsun 710        22.8  108  93 3.85 2.320 18.61
Hornet 4 Drive    21.4  258 110 3.08 3.215 19.44
Hornet Sportabout 18.7  360 175 3.15 3.440 17.02
Valiant           18.1  225 105 2.76 3.460 20.22

Calcul de la matrice de corr?lation

La matrice de corr?lation est calcul?e comme suit:

cormat<-signif(cor(mydata),2)
cormat
       mpg  disp    hp   drat    wt   qsec
mpg   1.00 -0.85 -0.78  0.680 -0.87  0.420
disp -0.85  1.00  0.79 -0.710  0.89 -0.430
hp   -0.78  0.79  1.00 -0.450  0.66 -0.710
drat  0.68 -0.71 -0.45  1.000 -0.71  0.091
wt   -0.87  0.89  0.66 -0.710  1.00 -0.170
qsec  0.42 -0.43 -0.71  0.091 -0.17  1.000

Dessiner un heatmap

# generer des couleurs
col<- colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(20)
heatmap(cormat, col=col, symm=TRUE)

Heatmap of correlation matrix

Les corr?lations n?gatives sont en bleue et les corr?lations positives en rouge.

Infos

Cette analyse a ?t? faite avec R (ver. 3.1.0).



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