Ex?cution d'un script R contenu dans un fichier et redirection des r?sultats R vers un fichier

Table des matières
  1. Ex?cution de commandes contenues dans un fichier
  2. Rediriger automatiquement la sortie de R (r?sultats R) vers un fichier
  3. Rediriger un graphique vers un fichier

Ex?cution de commandes contenues dans un fichier



Soit le fichier commandes.R contenant une liste de commandes a ex?cuter.

Pour ex?cuter le fichier, la commande est la suivante:

Code R :
source('chemin/absolu/commandes.R')


Sur le syst?me Windows ceci peut ?tre effectu? de mani?re interactive en cliquant sur le menu Fichier -> puis sourcer un fichier


Rediriger automatiquement la sortie de R (r?sultats R) vers un fichier



Pour cela il faut utiliser la fonction R sink(). Pour mettre fin ? la fonction sink, il faudrait taper ? nouveau la commande sink().

Soit 'resultat.txt', le fichier dans lequel on souhaite rediriger automatiquement les r?sultats R.


La commande ? utiliser est la suivante:

Code R :
sink('resultat.txt')


Pour stopper la redirection vers le fichier et restaurer la sortie vers la console R , il faut ? nouveau utiliser la commande sink de la fa?on suivante :

Code R :
sink()



Un autre exemple :

Code R :
 
sink(file='myfile', append=FALSE, split =FALSE) #permet d?ex?cuter un script contenu dans un fichier externe
 
 
sink() # Pour mettre fin ? la fonction sink();
 


Si append = TRUE, la sortie est ajout?e ? la fin du fichier. Dans le cas contraire, le contenu du fichier est ?cras?.
Si split = TRUE, la sortie est affich? ? l'?cran et en m?me temps enregistr? dans le fichier.


Rediriger un graphique vers un fichier



Code R :
 
pdf("mygraph.pdf")     # cr?ation de fichier pdf 
png("mygraph.png") # Cr?ation de fichier png
jpeg("mygraph.jpg") # Cr?ation de fichier jpeg
bmp("mygraph.bmp") # Cr?ation de fichier bmp
postscript("mygraph.ps")     # Cr?ation de fichier ps
dev.off() # pour arr?ter la redirection du graphique 
 


Ne pas oubliez d'utiliser dev.off() pour marquer la fin du fichier. Dans le cas contraire, le fichier sera consid?r? comme ?tant toujours en cours d'utilisation et vous ne pourrez pas l'ouvrir.

Exemple :

Code R :
jpeg("plot.jpg")# cr?ation d'un fichier .jpg qui va contenir le graphique
barplot(1:10)
dev.off()# Marque la fin de la redirection du graphique vers le fichier .jpg


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