Exécution d'un script R contenu dans un fichier et redirection des résultats R vers un fichier

<h2 class="formatter-title wiki-paragraph-2" id="paragraph-execution-de-commandes-contenues-dans-un-fichier">Exécution de commandes contenues dans un fichier </h2>

Soit le fichier commandes.R contenant une liste de commandes a exécuter.

Pour exécuter le fichier, la commande est la suivante:

Code R :
source('chemin/absolu/commandes.R')


Sur le système Windows ceci peut être effectué de manière interactive en cliquant sur le menu Fichier -> puis sourcer un fichier


<h2 class="formatter-title wiki-paragraph-2" id="paragraph-rediriger-automatiquement-la-sortie-de-r-resultats-r-vers-un-fichier">Rediriger automatiquement la sortie de R (résultats R) vers un fichier</h2>

Pour cela il faut utiliser la fonction R sink(). Pour mettre fin à la fonction sink, il faudrait taper à nouveau la commande sink().

Soit 'resultat.txt', le fichier dans lequel on souhaite rediriger automatiquement les résultats R.


La commande à utiliser est la suivante:

Code R :
sink('resultat.txt')


Pour stopper la redirection vers le fichier et restaurer la sortie vers la console R , il faut à nouveau utiliser la commande sink de la façon suivante :

Code R :
sink()



Un autre exemple :

Code R :
 
sink(file='myfile', append=FALSE, split =FALSE) #permet d’exécuter un script contenu dans un fichier externe
 
 
sink() # Pour mettre fin à la fonction sink();
 


Si append = TRUE, la sortie est ajoutée à la fin du fichier. Dans le cas contraire, le contenu du fichier est écrasé.
Si split = TRUE, la sortie est affiché à l'écran et en même temps enregistré dans le fichier.



<h2 class="formatter-title wiki-paragraph-2" id="paragraph-rediriger-un-graphique-vers-un-fichier">Rediriger un graphique vers un fichier</h2>

Code R :
 
pdf("mygraph.pdf")     # création de fichier pdf 
png("mygraph.png") # Création de fichier png
jpeg("mygraph.jpg") # Création de fichier jpeg
bmp("mygraph.bmp") # Création de fichier bmp
postscript("mygraph.ps")     # Création de fichier ps
dev.off() # pour arrêter la redirection du graphique 
 


Ne pas oubliez d'utiliser dev.off() pour marquer la fin du fichier. Dans le cas contraire, le fichier sera considéré comme étant toujours en cours d'utilisation et vous ne pourrez pas l'ouvrir.

Exemple :

Code R :
jpeg("plot.jpg")# création d'un fichier .jpg qui va contenir le graphique
barplot(1:10)
dev.off()# Marque la fin de la redirection du graphique vers le fichier .jpg


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