Raison I : Beaucoup de collaborateurs travaillent avec les outils Microsoft Office

Environ 1 milliard de personnes ? travers le monde entier utilisent Microsoft Office (soit 1 personne sur 7 sur la plan?te; source: Microsoft).

De plus, de nombreux collaborateurs travaillent encore avec les logiciels Microsoft Office (Word, PowerPoint, Excel) pour :

• ?diter leurs textes et suivre les modifications
• copier-coller des textes, images et tables provenant de diff?rentes sources
• enregistrer et analyser leurs donn?es

Dans ce contexte, un rapport g?n?rer en PDF ou en pages HTML est moins utile avec certains collaborateurs.

Raison II : Maintenir les magnifiques graphiques R magnifiques pour publications

Les graphiques g?n?r?s par le logiciel R peuvent ?tre personnalis?s pour ?tre aussi beaux que votre imagination peut les faire. Malheureusement, la pr?servation de cette beaut? n?est pas toujours une t?che facile lorsque vous souhaitez publier ces graphiques ou les montrer dans une pr?sentation professionnelle.

Oui, ce probl?me peut ?tre r?solu en utilisant knitr/rmarkdown/Latex/Beamer/Slidify . Cependant, il serait tr?s difficile de refaire toute la pr?sentation dans un format diff?rent. En outre, de nombreuses revues n?acceptent pas les documents LaTeX.

(source).

Mises en page des diapositives

Avant de vous montrer un exemple pour cr?er et formater un PowerPoint avec le logiciel R, nous allons d?abord discuter de la mise en page des diapositives (ou disposition des diapos). Ceci est tr?s important pour comprendre les exemples fournis dans ce tutoriel.

Lorsque vous cr?ez une nouvelle diapositive dans PowerPoint, vous devez sp?cifier la mise en page de la diapositive. Les mises en page disponibles dans le logiciel ?MS Office PowerPoint? (mod?le par d?faut, sur mon ordinateur) sont illustr?es dans la figure ci-dessous:

La fonction addSlide() peut ?tre utilis?e pour ajouter une nouvelle diapositive dans un document PowerPoint ? partir du logiciel R. Un format simplifi? de la fonction est:

doc <- addSlide(doc, slide.layout)

Parmi les valeurs possibles pour l?argument slide.layout, il y a: ?Title Slide?, ?Title and Content?, ?Two Content?, ?Section Header?, ?Content with Caption?, ?Title Only?, ?Comparison?.

Cependant, vous devez utiliser seulement les ?mises en page de diapositives? disponibles sur votre ordinateur. Ceci peut d?pendre de votre langue locale.

library(ReporteRs)
doc = pptx()
slide.layouts(doc)

##  [1] "Title Slide"             "Title and Vertical Text" "Title and Content"       "Two Content"            
##  [5] "Section Header"          "Vertical Title and Text" "Content with Caption"    "Title Only"             
##  [9] "Comparison"              "Blank"

Ces mises en page sont illustr?es ci-dessous:

doc <- pptx()
layouts <-slide.layouts(doc) # Mises en page disponibles
#  Dessiner chaque style de diapositives
for(i in layouts ){
  par(mar=c(0.5,0.5,2,0.5), cex=0.7)
  slide.layouts(doc, i )
    title(main = paste0("'", i, "'" ))
  if(interactive()) readline(prompt = "Show next slide layout")
}

Quelle que soit la mise en page de diapositive choisie, vous pouvez utiliser les fonctions addDate(), addFooter() et addPageNumber() pour ajouter une date, un pied de page et un num?ro de diapositive respectivement.

G?n?rer un document PowerPoint simple ? partir du logiciel R

Le code de R ci-dessous cr?e un document PowerPoint avec une diapositive de titre, des graphes, des tables et un script R:

library( ReporteRs )
# Cr?er un document PowerPoint
doc = pptx( )
# Diapo 1 : Diapositive de titre
#+++++++++++++++++++++++
doc <- addSlide(doc, "Title Slide")
doc <- addTitle(doc,"Create a PowerPoint document from R software")
doc <- addSubtitle(doc, "R and ReporteRs package")
doc <- addDate(doc)
doc <- addFooter(doc, "Isaac Newton")
doc <- addPageNumber(doc, "1/4")
# Diapo 2 : Ajouter un graphe
#+++++++++++++++++++++++
doc <- addSlide(doc, "Title and Content")
doc <- addTitle(doc, "Bar plot")
plotFunc<- function(){
  barplot(VADeaths, beside = TRUE,
          col = c("lightblue", "mistyrose", "lightcyan",
                  "lavender", "cornsilk"),
  legend = rownames(VADeaths), ylim = c(0, 100))
  title(main = "Death Rates in Virginia", font.main = 4)
}
doc <- addPlot(doc, plotFunc )
doc <- addPageNumber(doc, "2/4")
# Diapo 3 : Ajouter une table 
#+++++++++++++++++++++++
doc <- addSlide(doc, "Two Content")
doc <- addTitle(doc,"iris data sets")
doc <- addFlexTable(doc, FlexTable(iris[1:10,] ))
doc <- addParagraph(doc, "iris data set gives the measurements in centimeters of the variables sepal length and width and petal length and width, respectively, for 50 flowers from each of 3 species of iris. The species are Iris setosa, versicolor, and virginica.")
doc <- addPageNumber(doc, "3/4")
# Diapo 4 : Add du code R
#+++++++++++++++++++++
doc <- addSlide(doc, "Content with Caption")
doc <- addTitle(doc, "R Script for histogram plot")
doc <- addPlot(doc, function() hist(iris$Sepal.Width, col=4))
r_code ="data(iris)
hist(iris$Sepal.Width, col = 4)"
doc <- addRScript(doc, text=r_code)
# Enregistrer le document 
writeDoc(doc, "r-reporters-powerpoint.pptx" )

Le document PowerPoint cr??e par le code R ci-dessus est disponible ici: Logiciel R et le package ReporteRs - Example de cr?ation de document PowerPoint

doc <- addPageNumber(doc)

doc <- addPageNumber(doc, "1/2") # Exemple 1
doc <- addPageNumber(doc, "I") # Exemple 2

Formater le texte d?un document PowerPoint

options( "ReporteRs-fontsize" = 18, 
         "ReporteRs-default-font" = "Arial")

pot(value="", format = textProperties())

library( ReporteRs )
# Changer le type et la taille de police par d?faut
options('ReporteRs-fontsize'= 18, 'ReporteRs-default-font'='Arial')
doc = pptx( )
doc <- addSlide(doc, "Two Content")
doc <- addTitle(doc,"Document with formatted texts")
doc <- addFlexTable(doc, FlexTable(iris[1:10,] ))
my_text <- pot("iris data set", textBold(color = "blue"))+
          " contains the measurements of " + 
          pot("sepal length", textBold(color="red"))+ 
        " and width and petal length and width"
  
my_link <- pot('Click here to visit STHDA web site!', 
    hyperlink = 'http://www.sthda.com/english',
    format=textBoldItalic(color = 'blue', underline = TRUE ))
doc <- addParagraph(doc, 
      value = set_of_paragraphs(my_text, " ",  my_link),
     par.properties=parProperties(text.align="justify")
    )
writeDoc(doc, "r-reporters-powerpoint-formatted.pptx" )

Ajouter des graphiques et des images

Les fonctions addPlot() et addImage() peuvent ?tre utilis?es pour ajouter un graphe ou une image externe au document. addPlot() fonctionnent avec tous les graphiques R (graphiques de base, lattice, ggplot2 et grid).

Ces deux fonctions peuvent ?tre utilis?es comme suit :

# Ajouter des graphes
# fun : fonction R pour g?n?rer un graphe
# ... : d'autres arguments ? passer ? la fonction graphique
addPlot(doc, fun, ...)
# Ajouter des images
# filename : chemin de l'image
addImage(doc, filename)

Le code de R ci-dessous cr?e un document PowerPoint contenant un histogramme et une image (t?l?chargeable sur le site de R):

library( ReporteRs )
doc = pptx()
# Diapo 1 : Diapositive de titre
doc <- addSlide(doc, "Title Slide")
doc <- addTitle(doc,"Document containing plots and images")
doc <- addSubtitle(doc, "R and ReporteRs package")
# Diapo 2 : Ajouter un graphe
doc <- addSlide(doc, "Two Content")
doc <- addTitle(doc,"Histogram plot")
doc <- addPlot(doc, function() hist(iris$Sepal.Width, col="lightblue"))
doc <- addParagraph(doc, "This histogram is generated using iris data sets")
# Diapo 3 : Ajouter une image
# T?l?charger une image ? partir du site R
download.file(url="http://www.r-project.org/hpgraphic.png",
              destfile="r-home-image.png", quiet=TRUE)
doc <- addSlide(doc, "Two Content")
doc <- addTitle(doc,"Image from R website")
doc <- addImage(doc, "r-home-image.png")
doc <- addParagraph(doc, "This image has been downloaded from R website")
 
writeDoc(doc, "r-reporters-powerpoint-plot-image.pptx")

Le document PowerPoint cr??e par le code de R ci-dessus est disponible ici: Logiciel R et le package ReporteRs - Document PowerPoint contenant des graphes et des images

Ajouter une table

La fonction addFlexTable() est utilis?e pour formater et ajouter une table dans le PowerPoint.

Elle peut ?tre utilis?e comme suit :

• ?TAPE 1: Cr?er une table en utilisant FlexTable() ou la fonction vanilla.table(). Ces deux fonctions g?n?rent une table ?flexible? qui peut ?tre facilement format?e avant d??tre ajout?e dans la diapositive.
• ?TAPE 2: Ajoutez la table cr??e dans le document en utilisant la fonction addFlexTable() comme suit:

# doc : objet pptx
# flextable : FlexTable object
# Exemple 1
doc <- addFlexTable(doc, flextable = FlexTable(data))
# Exemple 2 
doc <- addFlexTable(doc, flextable = vanilla.table(data))

La fonction setZebraStyle() peut ?tre utilis?e pour colorer diff?remment les lignes paires et impaires; par exemple, les lignes impaires en gris et les lignes paires en blanc.

L?exemple ci-dessous cr?e un document PowerPoint avec 3 diapositives contenant un tableau simple (diapo 1), une ?vanilla table? (diapo 2) et une table en style z?bre (diapo 3):

doc = pptx()
data<-iris[1:5, ]
# Diapo 1 : Table simple
doc <- addSlide(doc, "Title and Content")
doc <- addTitle(doc,"Simple table")
doc <- addFlexTable(doc, FlexTable(data))
# Diapo 2 : vanilla table
doc <- addSlide(doc, "Title and Content")
doc <- addTitle(doc,"Vanilla table")
doc <- addFlexTable(doc, vanilla.table(data))
# Diapo 3 : table en style z?bre
doc <- addSlide(doc, "Title and Content")
doc <- addTitle(doc,"Zebra striped table")
MyFTable <- vanilla.table(data)
MyFTable <- setZebraStyle(MyFTable, odd = '#eeeeee', even = 'white')
doc <- addFlexTable( doc, MyFTable)
writeDoc(doc, "r-reporters-powerpoint-add-table.pptx")

Le document PowerPoint cr??e par le code de R ci-dessus est disponible ici : Logiciel R et le package ReporteRs - Document PowerPoint contenant des tables

Ajouter des listes ordonn?es et non ordonn?es

Les listes peuvent ?tre ajout?es en utilisant la fonction addParagraph() comme suit:

doc  <- addParagraph(doc, 
  value = c('Item 1', "Item 2", "Item 3")
  par.properties = parProperties(list.style = 'ordered', level = 1 )

L?exemple ci-dessous g?n?re un document PowerPoint d?une diapositive contenant une listes ordonn?es et non ordonn?es:

doc <- pptx()
doc <- addSlide(doc, "Two Content")
doc <- addTitle(doc, "Ordered and unordored lists")
# 1. Liste ordonn?e
doc <- addParagraph(doc, value= c("Item 1", "Item 2", "Item 3"),
          par.properties =  parProperties(list.style = 'ordered'))
# 2. Liste non-ordonn?e
doc <- addParagraph(doc, value= c("Item 1", "Item 2", "Item 3"),
          par.properties =  parProperties(list.style = 'unordered'))
writeDoc(doc, file = "r-reporters-powerpoint-lists.pptx")

T?l?charger un fichier mod?le

# T?l?charger un fichier mod?le ? partir du site STHDA
download.file(url="http://www.sthda.com/sthda/RDoc/example-files/r-reporters-powerpoint-template.pptx",
    destfile="r-reporters-powerpoint-template.pptx", quiet=TRUE)

Mises en page de diapositives disponibles dans le fichier mod?le

Vous pouvez utiliser une des mises en page ci-dessous lors de l?ajout d?une nouvelle diapositive dans le PowerPoint:

doc <- pptx(template="r-reporters-powerpoint-template.pptx")
layouts <-slide.layouts(doc) # Mises en page disponibles
# Dessiner les mises en page
for(i in layouts ){
  par(mar=c(0.5,0.5,2,0.5), cex=0.7)
  slide.layouts(doc, i )
  title(main = paste0("'", i, "'" ))
  if(interactive()) readline(prompt = "Show next slide layout")
}

Cr?ez un document PowerPoint ? partir du fichier mod?le

Notez que, le fichier mod?le contient d?j? une diapositive vide qui peut ?tre enlev?e manuellement.

library( ReporteRs )
# T?l?charger un fichier mod?le ? partir du site STHDA
download.file(url="http://www.sthda.com/sthda/RDoc/example-files/r-reporters-powerpoint-template.pptx",
    destfile="r-reporters-powerpoint-template.pptx", quiet=TRUE)
options('ReporteRs-fontsize'= 18, 'ReporteRs-default-font'='Arial')
doc <- pptx(template="r-reporters-powerpoint-template.pptx" )
# Diapo 1 : Diapositive de titre
#+++++++++++++++++++++++
doc <- addSlide(doc, "Title Slide")
doc <- addTitle(doc,"Create a PowerPoint from template using R software")
doc <- addSubtitle(doc, "R and ReporteRs package")
doc <- addDate(doc)
doc <- addFooter(doc, "Isaac Newton")
doc <- addPageNumber(doc, "1/4")
# Diapo 2 : Ajouter un graphe
#+++++++++++++++++++++++
doc <- addSlide(doc, "Title and Content")
doc <- addTitle(doc, "Bar plot")
plotFunc<- function(){
  barplot(VADeaths, beside = TRUE,
          col = c("lightblue", "mistyrose", "lightcyan",
                  "lavender", "cornsilk"),
  legend = rownames(VADeaths), ylim = c(0, 100))
  title(main = "Death Rates in Virginia", font.main = 4)
}
doc <- addPlot(doc, plotFunc )
doc <- addPageNumber(doc, "2/4")
# Diapo 3 : Ajouter une table 
#+++++++++++++++++++++++
doc <- addSlide(doc, "Two Content")
doc <- addTitle(doc,"iris data sets")
doc <- addFlexTable(doc, FlexTable(iris[1:4,] ))
doc <- addParagraph(doc, "iris data set gives the measurements in centimeters of the variables sepal length and width and petal length and width, respectively, for 50 flowers from each of 3 species of iris. The species are Iris setosa, versicolor, and virginica.")
doc <- addPageNumber(doc, "3/4")
# Diapo 4 : Ajouter du code R
#+++++++++++++++++++++
doc <- addSlide(doc, "Content with Caption")
doc <- addTitle(doc, "R Script for histogram plot")
doc <- addPlot(doc, function() hist(iris$Sepal.Width, col=4))
r_code ="data(iris)
hist(iris$Sepal.Width, col = 4)"
doc <- addRScript(doc, text=r_code)
# Enregistrer le document 
writeDoc(doc, "r-reporters-powerpoint-from-template.pptx" )

Le document PowerPoint cr??e par le code de R ci-dessus est disponible ici : Logiciel R et le package ReporteRs - Document PowerPoint ? partir d?un mod?le