Documentation

Logiciel R

Sat, 30 Dec 2023 23:33:12 +0100

R est un langage et un environnement d'analyse statistiques et graphiques. Il est compatible Windows/MAC/Linux.
L'adresse du site officiel est: http://www.r-project.org/

I-Débuter avec R

Installation et utilisation de R

Obtenir de l'aide sur R

L'espace de travail R

Exécution d'un script R contenu dans un fichier et redirection des résultats R vers un fichier

Packages R

Editeur de code R

II-Saisie des données dans R : Les différents types de données

Notion d'objets et enregistrement de l'espace de travail

Les vecteurs : vector

Les facteurs : factor

Les matrices : matrix

Les listes : list

Les data.frame

Les dates

III-Importation et exportation des données dans R

Importation des données dans R

Exportation des données de R vers un fichier

IV-Gestion des données dans R

Les opérateurs arithmétiques et logiques

Quelques grandes fonctions de R

Tri des données avec R

Fusion des données avec R

Transposer une table de données avec R

Tests statistiques avec R

Statistiques descriptives avec R

Test de normalité avec R : Test de Shapiro-Wilk

Test F : comparaison de deux variances avec R

Test de Student avec R

Test de Wilcoxon avec R

ANOVA : Analyse de variance avec R

Test de corrélation avec R

Régression linéaire avec R

Test de Chi2 avec R

Test exact de Fisher avec R

Analyse factorielle avec R

Analyse en composante principale avec R

Analyse factorielle des correspondances avec R

Divers

5- Groupement des commandes, boucles et exécution conditionnelle

6- Ecrire vos propres fonctions R

7- Procédures graphiques avec R

Graphiques sur R

rwsthda-1-1-load-and-read-a-data-file

Mon, 15 Apr 2013 23:38:25 +0200

quand N> 60 approximation avec la loi normale

F test to compare two variances

data: socia by joueur.wow
F = 0.9094, num df = 113, denom df = 73, p-value = 0.6435 variances homog?nes je te remets les variances
alternative hypothesis: true ratio of variances is not equal to 1
95 percent confidence interval:
0.5924145 1.3694906 > tapply(Dataset$socia, Dataset$joueur.wow, var, na.rm=TRUE)
sample estimates: Non oui
ratio of variances 62,6329 68,87542
0.9093651

Installation et utilisation de R

Sun, 10 Jun 2012 20:29:19 +0200

Installer R

R est t?l?chargeable sur le site internet : http://www.r-project.org/.
T?l?charger la version correspondant ? votre syst?me d’exploitation.

Windows: http://cran.univ-lyon1.fr/bin/windows/base/
MACOS X: http://cran.univ-lyon1.fr/bin/macosx/

Installer R en gardant les options d’installations par d?faut.

Sous linux, R s'installe avec la commande suivante:
Code BASH :

sudo apt-get install r-base

Utiliser R sous Windows et MAC OS X

Pour une premi?re utilisation de R, la proc?dure sugg?r?e est la suivante sous WINDOWS et MAC OS X:

1. Cr?er un r?pertoire de travail:

Dans le dossier Documents, Cr?er un sous-r?pertoire appel? R. Ce sous-dossier sera utilis? par le logiciel R pour sauvegarder les donn?es.

2. D?marrer R:

Windows : D?marrer -> Tous les Programmes -> R .
MAC OS X : Cliquer sur l’ic?ne R dans le dossier Applications.

3. Indiquer votre r?pertoire de travail au logiciel R:

Windows : Cliquer sur l'onglet -> Fichier puis sur ->Changer le r?pertoire.
MAC OS X: Cliquer sur l'onglet ->Divers puis sur -> Changer le r?pertoire de travail.

A partir de la fen?tre qui s'affiche, indiquez le chemin du r?pertoire que vous venez de cr?er.

Utiliser R sous Linux

->Ouvrir la Console linux

1. Cr?ation du r?pertoire de travail 'Work 'gr?ce ? la commande mkdir
Code BASH :

 
$ mkdir work

2. Placer vous dans le r?pertoire Work que vous venez de cr?er
Code BASH :

 
$ cd work

3. D?marrez le programme R avec la commande :

Code BASH :

$ R

4. Pour quitter R tapez la commande:
Code R :

q()

? Cours pr?c?dent
R

Cours suivant ?
Obtenir de l'aide sur R

Analyse factorielle des correspondances avec R

Wed, 30 May 2012 20:32:14 +0200

Qu'est ce que c'est l'AFC?

L' analyse factorielle des correspondances (AFC) est une repr?sentation graphique des modalit?s de deux variables nominales (ou variables qualitatives). Elle est tr?s similaire ? l'analyse en composante principale, sauf qu'elle ne s'applique qu'aux variables qualitatives. C'est une m?thode d'analyse de tableaux de contingence.

Format du tableau de donn?es pour l'AFC

Une image du format du jeu de donn?es est montr?e ci-dessous:

Dans cet exemple on se pose la question ? savoir la r?partition des taches quotidiennes, au sein d'une famille, entre une femme et son ?poux. Les lignes du tableau correspondent aux diff?rentes taches. Pour une tache donn?e, la valeur indiqu?e repr?sente la fr?quence d'ex?cution par l'?pouse seule (wife), de mani?re altern?e entre les 2 (alternating), par l'?poux seul (Husband) et par les 2 en m?me temps (jointly).

T?l?charger un exemple de fichier en cliquant ici (clique droit ->Enregistrez la cible du lien sous)

Importation des donn?es dans R

La commande R ? utiliser :

Code R :

 
#importation des donn?es
#R vous demandera le chemin du fichier automatiquement
data<-read.table(file=file.choose(), sep="\t", header=TRUE, row.names=1, check.names=FALSE)

Analyse Factorielle des Correspondances avec FactoMineR

Code R

Code R :

 
library(FactoMineR)
res.ca = CA(data)

La commande dessine automatiquement le plan factoriel des variables colonnes et lignes.

Le r?sultat de la commande est une liste et inclut les ?l?ments suivants:


   name              description                   
1  "$eig"            "eigenvalues"                 
2  "$col"            "results for the columns"     
3  "$col$coord"      "coord. for the columns"      
4  "$col$cos2"       "cos2 for the columns"        
5  "$col$contrib"    "contributions of the columns"
6  "$row"            "results for the rows"        
7  "$row$coord"      "coord. for the rows"         
8  "$row$cos2"       "cos2 for the rows"           
9  "$row$contrib"    "contributions of the rows"   
10 "$call"           "summary called parameters"   
11 "$call$marge.col" "weights of the columns"      
12 "$call$marge.row" "weights of the rows"

Graphique du plan factoriel

Le graphique du plan factoriel suivant est g?n?r? automatiquement.

cliquez pour agrandir

Les noms des colonnes sont color?s en rouge et les nom des lignes en bleu.

Le graphique montre par exemple que :
Les taches m?nag?res telles que le Dinner et le petit-d?jeuner (Breakfeast) sont faites par la femme (wife).
La conduite (Driving) et les r?parations (Repairs) sont faites par le conjoint (Husband).

Pour voir uniquement le plan des lignes

Code R :

CA(invisible="col")#on cache les colonnes

Pour voir uniquement le plan des colonnes
Code R :

CA(invisible="row")#on cache les lignes

Les ?l?ments cl?s du r?sultat d'une AFC

Code R :

 
res.ca$eig # Affiche les valeurs propres/contributions des axes factoriels
 
res.ca$col$coord  # Affiche les coordonn?es des modalit?s colonnes
 
res.ca$col$cos2 #qualit? de projection des modalit?s colonnes
 
res.ca$col$contrib # contribution des modalit?s colonnes aux axes factoriels
 
res.ca$row$coord # coordonn?es des modalit?s lignes dans le plan factoriel
 
res.ca$row$cos2 # Qualit? de repr?sentation des modalit?s lignes
 
res.ca$row$contrib # Contribution des modalit?s lignes aux axes factoriels

Enregistrement des r?sultats de l'AFC dans un fichier .txt tabulation

Code R :

write.infile(res.ca, file="ca_result.txt", sep="\t")

Ce fichier txt vous permettra de refaire tous les graphes sur excel ? votre convenance.

T?l?charger un exemple du fichier g?n?r? en cliquant sur le lien suivant: ca_result.txt

Le fichier contient:
eig: correspondant aux valeurs propres, le % de variance et le % de variance cumul?e
col: Contient les r?sultats pour les colonnes (coordonn?es, COS2, contributions);
row:Contient les r?sultats pour les lignes (coordonn?es, COS2, contributions);
col.sup : Contient les r?sultats pour les colonnes suppl?mentaires (coordonn?es, COS2);
row.sup : R?sultats pour les lignes suppl?mentaires (coordonn?es, COS2).

AFC avec des lignes et colonnes suppl?mentaires

Les lignes et les colonnes suppl?mentaires correspondent ? des modalit?s qui ne participeront pas ? l'AFC mais dont les positions seront pr?dites gr?ce ? l' AFC r?alis?e uniquement avec les modalit?s actives.

T?l?charger et enregistrer ce fichier au *.txt tabulation

afc-children.txt

Une image d'une partie du fichier est montr?e ci-dessous.

cliquez pour agrandir

Ce tableau correspond ? un tableau de contingence r?sumant les r?ponses donn?es par diff?rentes cat?gories de personne ? la question suivante : quelles sont selon vous les raisons qui font h?siter une femme ou un couple ? avoir des enfants?

Les lignes et les colonnes color?s seront consid?r?es dans l'AFC comme des lignes et des colonnes suppl?mentaires ? cause des valeurs manquantes. L'AFC est tout d'abord r?alis?e sur le reste du tableau (colonnes et lignes actives non color?es) puis les coordonn?es des lignes et des colonnes suppl?mentaires sont calcul?es sur la base de l'AFC pr?c?dente.

Le fichier contient 8 colonnes et 18 lignes.
Les colonnes thirty, fifty, more_fifty correspondant respectivement aux colonnes num?ro 6, 7, 8 sont des colonnes suppl?mentaires (abr?viation col.sup=c(6,7,8)).

Les lignes 'comfort', 'disagreement', 'world' et 'to_live' correspondant respectivement aux lignes num?ro 15, 16, 17 et 18 sont des lignes suppl?mentaires (abr?viation row.sup=c(15,16,17,18))

Pour simplifier, on peut aussi ?crire row.sup=15:18; les deux points signifient 'tous les entiers de 15 ? 18 bornes comprises'

Code R

Code R :

 
#importation des donn?es
data<-read.table(file=file.choose(), sep="\t", header=TRUE, row.names=1, check.names=FALSE)
#AFC
res.ca<-CA(data, col.sup=6:8, row.sup=15:18)

T?l?charger le r?sultat pdf

ca_result_sup.pdf

Le fichier pdf contient:

Le graphique des valeurs propres
Le plan factoriel des lignes (en bleu), des lignes suppl?mentaires (en bleu fonc?), des colonnes (en rouge) et des colonnes suppl?mentaires (en rouge fonc?).

R language

Thu, 17 May 2012 18:16:37 +0200

R est un langage et un environnement d'analyse statistiques et graphiques. Il est compatible Windows/MAC/Linux.
L'adresse du site officiel est: http://www.r-project.org/

Cliquez ici pour acc?der aux cours

Analyse en composante principale avec R

Thu, 17 May 2012 11:21:40 +0200

Pr?requis

Avant de continuer, je vous invite ? lire les deux cours suivants si vous n'?tes pas tr?s familiaris?s avec l' ACP.

1- Introduction ? l'analyse en composante principale

2- Analyse en composante principale cours

Fichier contenant le jeu de donn?es pour l'ACP

T?l?chargez le fichier contenant une table de donn?es en cliquant ici. (Faire un clique-droit -> puis enregistrer la cible du lien sous)

Enregistrez le fichier au format .txt tabulation. Les variables sont en colonnes et les individus en ligne.

Importation des donn?es dans R

La commande R ? utiliser :

Code R :

 
#importation des donn?es
#R vous demandera le chemin du fichier automatiquement
data<-read.table(file=file.choose(), sep="\t", header=TRUE, row.names=1, check.names=FALSE)

Analyse en composante principale avec FactoMineR

Code R

Code R :

# PCA
library(FactoMineR)
pca<-PCA(data)

La commande dessine automatiquement le plan factoriel des individus et des variables.

Le r?sultat de la commande est une liste et inclut les ?l?ments suivants:

   name               description                          
1  "$eig"             "eigenvalues"                        
2  "$var"             "results for the variables"          
3  "$var$coord"       "coord. for the variables"           
4  "$var$cor"         "correlations variables - dimensions"
5  "$var$cos2"        "cos2 for the variables"             
6  "$var$contrib"     "contributions of the variables"     
7  "$ind"             "results for the individuals"        
8  "$ind$coord"       "coord. for the individuals"         
9  "$ind$cos2"        "cos2 for the individuals"           
10 "$ind$contrib"     "contributions of the individuals"   
11 "$call"            "summary statistics"                 
12 "$call$centre"     "mean of the variables"              
13 "$call$ecart.type" "standard error of the variables"    
14 "$call$row.w"      "weights for the individuals"        
15 "$call$col.w"      "weights for the variables"

Graphique des individus

cliquez pour agrandir

Graphique des variables

cliquez pour agrandir

Les ?l?ments cl?s du r?sultat d'une ACP

Code R :

 
pca$eig # Affiche les valeurs propres/contributions des axes factoriels
 
pca$var$coord  # Affiche les coordonn?es des variables
 
pca$var$cor #Affiche les corr?lations variables - axes factoriels
 
pca$var$cos2 #qualit? de projection des variables
 
pca$var$contrib # contribution des variables aux axes factoriels
 
pca$ind$coord # coordonn?es des individus dans le plan factoriel
 
pca$ind$cos2 # Qualit? de repr?sentation des individus
 
pca$ind$contrib # Contribution des individus aux axes factoriels

Enregistrement des r?sultat de l'ACP dans un fichier

Code R :

write.infile(pca, file="pca_result.txt", sep="\t")

T?l?charger le fichier g?n?r? en cliquant sur le lien suivant: pca_result3614.txt

Le fichier contient:
eig: correspondant aux valeurs propres, le % de variance et le % de variance cumul?e
var: Contient les r?sultats pour les variables actives (coordonn?es, corr?lation entre les variables et les axes, COS2, contributions);
ind : Contient les r?sultats pour les individus actifs (coordonn?es COS2, contributions);
ind.sup : Contient les r?sultats pour les individus suppl?mentaires (coordonn?es COS2);
quanti.sup : R?sultats pour les variables suppl?mentaires quantitatives (coordonn?es, corr?lation entre les variables et les axes).
quali.sup : R?sultats pour les variables qualitatives suppl?mentaires (coordonn?es, des cat?gories de chacun des variables ).

Voir aussi

Analyse en composante principale avec R et RQuery en partant de z?ro connaissance

Transposer une table de données avec R

Tue, 15 May 2012 23:50:23 +0200

Pour transposer une data frame ou une matrice, on utilise la fonction t().

Code R :

t(data frame)

Code R :

 
mtcars
t(mtcars)

? Cours pr?c?dent
Fusion des donn?es avec R

Cours suivant ?
Statistiques descriptives avec R

Exécution d'un script R contenu dans un fichier et redirection des résultats R vers un fichier

Tue, 08 May 2012 09:26:06 +0200

Ex?cution de commandes contenues dans un fichier

Soit le fichier commandes.R contenant une liste de commandes a ex?cuter.

Pour ex?cuter le fichier, la commande est la suivante:

Code R :

source('chemin/absolu/commandes.R')

Sur le syst?me Windows ceci peut ?tre effectu? de mani?re interactive en cliquant sur le menu Fichier -> puis sourcer un fichier

Rediriger automatiquement la sortie de R (r?sultats R) vers un fichier

Pour cela il faut utiliser la fonction R sink(). Pour mettre fin ? la fonction sink, il faudrait taper ? nouveau la commande sink().

Soit 'resultat.txt', le fichier dans lequel on souhaite rediriger automatiquement les r?sultats R.

La commande ? utiliser est la suivante:

Code R :

sink('resultat.txt')

Pour stopper la redirection vers le fichier et restaurer la sortie vers la console R , il faut ? nouveau utiliser la commande sink de la fa?on suivante :

Code R :

sink()

Un autre exemple :

Code R :

 
sink(file='myfile', append=FALSE, split =FALSE) #permet d?ex?cuter un script contenu dans un fichier externe
 
 
sink() # Pour mettre fin ? la fonction sink();

Si append = TRUE, la sortie est ajout?e ? la fin du fichier. Dans le cas contraire, le contenu du fichier est ?cras?.
Si split = TRUE, la sortie est affich? ? l'?cran et en m?me temps enregistr? dans le fichier.

Rediriger un graphique vers un fichier

Code R :

 
pdf("mygraph.pdf")     # cr?ation de fichier pdf 
png("mygraph.png") # Cr?ation de fichier png
jpeg("mygraph.jpg") # Cr?ation de fichier jpeg
bmp("mygraph.bmp") # Cr?ation de fichier bmp
postscript("mygraph.ps")     # Cr?ation de fichier ps
dev.off() # pour arr?ter la redirection du graphique

Ne pas oubliez d'utiliser dev.off() pour marquer la fin du fichier. Dans le cas contraire, le fichier sera consid?r? comme ?tant toujours en cours d'utilisation et vous ne pourrez pas l'ouvrir.

Exemple :

Code R :

jpeg("plot.jpg")# cr?ation d'un fichier .jpg qui va contenir le graphique
barplot(1:10)
dev.off()# Marque la fin de la redirection du graphique vers le fichier .jpg

? Cours pr?c?dent
L'espace de travail R

Cours suivant ?
Packages R

Fusion des données avec R

Sun, 06 May 2012 14:24:19 +0200

Ajouter des colonnes

La fonction merge() permet de fusionner 2 data frames horizontalement par une ou deux variables communes.

Code R :

merge(x, y, by ="name") # fusionne les data frames x et y par la colonne name.

Ajouter des lignes

Code R :

rbind(data frame A, data frame B) # ajoute data frame B ? la suite de data frame A (en ligne).

Les deux data frames doivent les m?mes variables (les m?mes colonnes).

[url=/wiki/tri-des-donnees-avec-r]? Cours pr?c?dent
[/url]Tri des donn?es avec R

Cours suivant ?
Transposer une table de donn?es avec R

Les opérateurs arithmétiques et logiques

Thu, 03 May 2012 01:06:38 +0200

Op?rateurs arithm?tiques

Op?rateurs	Descriptions
+	addition
-	Soustraction
*	multiplication
/	division
^ ou **	exposant
^ ou **	exposant
x %% y	modulo (x mod y) 5%%2 est 1
x %/% y	Partie enti?re de la division 5%/%2 est 2

Op?rateurs logiques

Op?rateurs	Descriptions
<	Inf?rieur ?
<=	inf?rieur ou ?gal ?
>	sup?rieur
>=	sup?rieur ou ?gal ?
==	exactement ?gale ?
!=	Diff?rent
x\|y	x ou y
&	ET
isTRUE(x)	Teste si x est vrai

? Cours pr?c?dent
Exportation des donn?es de R vers un fichier

Cours suivant ?
Quelques grandes fonctions de R