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Créer et formater des documents PowerPoint avec le logiciel R

Mon, 12 Jan 2015 22:42:00 +0100

Pourquoi est-il important d??tre capable de g?n?rer des rapports PowerPoint avec R?
- Raison I : Beaucoup de collaborateurs travaillent avec les outils Microsoft Office
- Raison II : Maintenir les magnifiques graphiques R magnifiques pour publications
Mais ce probl?me n?a t-il pas ?t? d?j? r?solu?
Objectif
Installer et charger le package ReporteRs
Cr?er un PowerPoint simple
Cr?ez un document PowerPoint ? partir d?un fichier mod?le
Infos

Pourquoi est-il important d??tre capable de g?n?rer des rapports PowerPoint avec R?

Il y a, au moins, deux raisons ? cela, comme d?crites dans les chapitres suivants.

Raison I : Beaucoup de collaborateurs travaillent avec les outils Microsoft Office

Environ 1 milliard de personnes ? travers le monde entier utilisent Microsoft Office (soit 1 personne sur 7 sur la plan?te; source: Microsoft).

De plus, de nombreux collaborateurs travaillent encore avec les logiciels Microsoft Office (Word, PowerPoint, Excel) pour :

?diter leurs textes et suivre les modifications
copier-coller des textes, images et tables provenant de diff?rentes sources
enregistrer et analyser leurs donn?es

Dans ce contexte, un rapport g?n?rer en PDF ou en pages HTML est moins utile avec certains collaborateurs.

Raison II : Maintenir les magnifiques graphiques R magnifiques pour publications

Les graphiques g?n?r?s par le logiciel R peuvent ?tre personnalis?s pour ?tre aussi beaux que votre imagination peut les faire. Malheureusement, la pr?servation de cette beaut? n?est pas toujours une t?che facile lorsque vous souhaitez publier ces graphiques ou les montrer dans une pr?sentation professionnelle.

Oui, ce probl?me peut ?tre r?solu en utilisant knitr/rmarkdown/Latex/Beamer/Slidify . Cependant, il serait tr?s difficile de refaire toute la pr?sentation dans un format diff?rent. En outre, de nombreuses revues n?acceptent pas les documents LaTeX.

(source).

Mais ce probl?me n?a t-il pas ?t? d?j? r?solu?

La r?ponse ? cette question est oui et non. Il y a eu plusieurs tentatives pour r?soudre ce probl?me, mais beaucoup d?entre elles ne sont pas faciles ? utiliser.

L?une des solutions consistait ? utiliser le package R2PPT. Malheureusement R2PPT est disponible pour Windows uniquement et il d?pend de rcom ou RDCOMClient pour g?n?rer des pr?sentations PowerPoint.

Objectif

Le but de cet tutoriel R est de vous montrer comment formater et exporter facilement des r?sultats du logiciel R (des tableaux de donn?es, des graphiques, des paragraphes de textes et du code R) vers un document PowerPoint (format de fichier .pptx) en utilisant le package ReporteRs.

ReporteRs est une solution Java-d?pendante, donc le package fonctionne sur Windows, Mac et Linux.

Installer et charger le package ReporteRs

Utiliser le code R ci-dessous :

install.packages('ReporteRs') # Installer
library('ReporteRs') # Charger

Notez que ReporteRs d?pend de Java (>= 1.6) ; assurez vous que vous avez un JRE

La version de Java install?e sur votre ordinateur peut ?tre v?rifi?e comme suit avec R :

system("java -version")

Cr?er un PowerPoint simple

Quatre ?tapes simples sont n?cessaires :

Utiliser la fonction pptx() pour cr?er un objet PowerPoint.
Utiliser la fonction addSlide() pour ajouter une diapositive (slide) dans le document PowerPoint.
Ajouter des contenus dans la diapositive cr??e en utilisant les fonctions ci-dessous :
- addTitle: Ajouter un titre
- addParagraph: Ajouter des paragraphes de textes
- addFlexTable: Ajouter une table
- addPlot: Ajouter un graphe g?n?r? avec R
- addImage: Ajouter une image externe
- addRScript: coloration syntaxique et ajout d?un code R
- addDate : Ajouter une date
- addPageNumber : Ajouter un num?ro de page
- AddFooter : Ajouter un pied de page
Enregistrer le document dans un fichier .pptx en utilisant la fonction writeDoc()

Mises en page des diapositives

Avant de vous montrer un exemple pour cr?er et formater un PowerPoint avec le logiciel R, nous allons d?abord discuter de la mise en page des diapositives (ou disposition des diapos). Ceci est tr?s important pour comprendre les exemples fournis dans ce tutoriel.

Lorsque vous cr?ez une nouvelle diapositive dans PowerPoint, vous devez sp?cifier la mise en page de la diapositive. Les mises en page disponibles dans le logiciel ?MS Office PowerPoint? (mod?le par d?faut, sur mon ordinateur) sont illustr?es dans la figure ci-dessous:

La fonction addSlide() peut ?tre utilis?e pour ajouter une nouvelle diapositive dans un document PowerPoint ? partir du logiciel R. Un format simplifi? de la fonction est:

doc <- addSlide(doc, slide.layout)

doc : un objet pptx o? les diapositives doivent ?tre ajout?es
slide.layout : la mise en page ? utiliser pour la diapositive.

Parmi les valeurs possibles pour l?argument slide.layout, il y a: ?Title Slide?, ?Title and Content?, ?Two Content?, ?Section Header?, ?Content with Caption?, ?Title Only?, ?Comparison?.

Cependant, vous devez utiliser seulement les ?mises en page de diapositives? disponibles sur votre ordinateur. Ceci peut d?pendre de votre langue locale.

Pour afficher les mises en page disponibles sur votre ordinateur, utilisez le code de R ci-dessous:

library(ReporteRs)
doc = pptx()
slide.layouts(doc)

##  [1] "Title Slide"             "Title and Vertical Text" "Title and Content"       "Two Content"            
##  [5] "Section Header"          "Vertical Title and Text" "Content with Caption"    "Title Only"             
##  [9] "Comparison"              "Blank"

Ces mises en page sont illustr?es ci-dessous:

doc <- pptx()
layouts <-slide.layouts(doc) # Mises en page disponibles
#  Dessiner chaque style de diapositives
for(i in layouts ){
  par(mar=c(0.5,0.5,2,0.5), cex=0.7)
  slide.layouts(doc, i )
    title(main = paste0("'", i, "'" ))
  if(interactive()) readline(prompt = "Show next slide layout")
}

Notez que, la mise en page s?lectionn?e d?termine le contenu que vous pouvez ajouter dans la diapositive (Voir la figure ci-dessus).

Exemple 1 - Si vous choisissez ?Title and Content? comme mise en page, vous pouvez ajouter uniquement:
- un titre
- et un contenu pouvant ?tre du texte, un graphique, une image, un tableau ou du code R
Exemple 2 - Si vous choisissez ?Two Content? comme mise en page, vous pouvez ajouter:
- un titre
- et deux contenus: Par exemple, vous pouvez ajouter une table dans le panneau de gauche et un paragraphe de textes dans le panneau de droite.
Exemple 3 - Si vous choisissez ?Comparison?, vous pouvez ajouter un titre et quatre contenus (graphes, tables, paragraphes, images)

Quelle que soit la mise en page de diapositive choisie, vous pouvez utiliser les fonctions addDate(), addFooter() et addPageNumber() pour ajouter une date, un pied de page et un num?ro de diapositive respectivement.

G?n?rer un document PowerPoint simple ? partir du logiciel R

Le code de R ci-dessous cr?e un document PowerPoint avec une diapositive de titre, des graphes, des tables et un script R:

library( ReporteRs )

# Cr?er un document PowerPoint
doc = pptx( )

# Diapo 1 : Diapositive de titre
#+++++++++++++++++++++++
doc <- addSlide(doc, "Title Slide")
doc <- addTitle(doc,"Create a PowerPoint document from R software")
doc <- addSubtitle(doc, "R and ReporteRs package")
doc <- addDate(doc)
doc <- addFooter(doc, "Isaac Newton")
doc <- addPageNumber(doc, "1/4")

# Diapo 2 : Ajouter un graphe
#+++++++++++++++++++++++
doc <- addSlide(doc, "Title and Content")
doc <- addTitle(doc, "Bar plot")
plotFunc<- function(){
  barplot(VADeaths, beside = TRUE,
          col = c("lightblue", "mistyrose", "lightcyan",
                  "lavender", "cornsilk"),
  legend = rownames(VADeaths), ylim = c(0, 100))
  title(main = "Death Rates in Virginia", font.main = 4)
}
doc <- addPlot(doc, plotFunc )
doc <- addPageNumber(doc, "2/4")

# Diapo 3 : Ajouter une table 
#+++++++++++++++++++++++
doc <- addSlide(doc, "Two Content")
doc <- addTitle(doc,"iris data sets")
doc <- addFlexTable(doc, FlexTable(iris[1:10,] ))
doc <- addParagraph(doc, "iris data set gives the measurements in centimeters of the variables sepal length and width and petal length and width, respectively, for 50 flowers from each of 3 species of iris. The species are Iris setosa, versicolor, and virginica.")
doc <- addPageNumber(doc, "3/4")

# Diapo 4 : Add du code R
#+++++++++++++++++++++
doc <- addSlide(doc, "Content with Caption")
doc <- addTitle(doc, "R Script for histogram plot")
doc <- addPlot(doc, function() hist(iris$Sepal.Width, col=4))
r_code ="data(iris)
hist(iris$Sepal.Width, col = 4)"
doc <- addRScript(doc, text=r_code)

# Enregistrer le document 
writeDoc(doc, "r-reporters-powerpoint.pptx" )

Le document PowerPoint cr??e par le code R ci-dessus est disponible ici: Logiciel R et le package ReporteRs - Example de cr?ation de document PowerPoint

Notez que, vous pouvez utiliser la fonction addPageNumber() sans pr?ciser la valeur du num?ro de la diapositive, comme suit:

doc <- addPageNumber(doc)

Dans ce cas, le num?ro de diapositive est ajout?e en utilisant les param?tres par d?faut (par exemple: 1 pour diapo1, 2 pour la diapositive 2).

Si vous souhaitez personnaliser la num?rotation, utilisez la fonction comme suit:

doc <- addPageNumber(doc, "1/2") # Exemple 1
doc <- addPageNumber(doc, "I") # Exemple 2

Formater le texte d?un document PowerPoint

Les propri?t?s de texte: police, la couleur et la taille

Comme illustr? sur la figure ci-dessous, les propri?t?s de texte comprennent:

Font : family (e.g : ?Arial?), size (e.g : 11), style (e.g : ?italic?)
Underlined text
Color (e.g : ?blue?)
Vertical align (superscript, subscript)

Je fais expr?s de ne pas traduire le texte ci-dessus pour ?tre en ad?quation avec les termes utilis?s dans le script R

La taille (font size) et le type de police (font family) du PowerPoint peuvent ?tre modifi?s comme suit:

options( "ReporteRs-fontsize" = 18, 
         "ReporteRs-default-font" = "Arial")

Changer l?apparence d?un ?bout de texte?

La fonction pot() [Pieces Of Text] est utilis?e pour modifier l?apparence d?un texte. Elle peut ?galement ?tre utilis?e pour cr?er un lien hypertexte. Le format est:

pot(value="", format = textProperties())

value : le texte ? formater
format : les propri?t?s ? utiliser pour formater le texte

Les valeurs autoris?es pour l?argument format sont les fonctions suivantes:

textProperties() : les propri?t?s de formatage de textes
textBold(), textItalic(), textBoldItalic() et textNormal() qui sont des raccourcis pour le texte en gras (bold), italique (italic), gras-italique (bold-italic) et normal, respectivement.

Ces fonctions peuvent prendre les arguments ci-dessous:

color : couleur de la police; ex : color=?#000000? ou color = ?black?.
font.size : un entier indiquant la taille de la police.
font.weight : le font weight. Valeurs possibles: ?normal? ou ?bold?.
font.style : le style de la police. Valeurs possibles: ?normal? ou ?italic?.
underlined : une valeur logique pr?cisant si le texte doit ?tre soulign?.
font.family : le type de police; ex : ?Arial?.
vertical.align : l?alignement vertical des caract?res. Valeurs possibles: ?baseline?" ou ?subscript? ou ?superscript?.
shading.color : couleur de fond du texte (ex ?#000000? ou ?black?)

Le code R ci-dessous cr?e un document PowerPoint contenant un texte format? et un lien hypertexte:

library( ReporteRs )

# Changer le type et la taille de police par d?faut
options('ReporteRs-fontsize'= 18, 'ReporteRs-default-font'='Arial')

doc = pptx( )

doc <- addSlide(doc, "Two Content")
doc <- addTitle(doc,"Document with formatted texts")
doc <- addFlexTable(doc, FlexTable(iris[1:10,] ))

my_text <- pot("iris data set", textBold(color = "blue"))+
          " contains the measurements of " + 
          pot("sepal length", textBold(color="red"))+ 
        " and width and petal length and width"
  
my_link <- pot('Click here to visit STHDA web site!', 
    hyperlink = 'https://www.sthda.com/english',
    format=textBoldItalic(color = 'blue', underline = TRUE ))

doc <- addParagraph(doc, 
      value = set_of_paragraphs(my_text, " ",  my_link),
     par.properties=parProperties(text.align="justify")
    )

writeDoc(doc, "r-reporters-powerpoint-formatted.pptx" )

Ajouter des graphiques et des images

Les fonctions addPlot() et addImage() peuvent ?tre utilis?es pour ajouter un graphe ou une image externe au document. addPlot() fonctionnent avec tous les graphiques R (graphiques de base, lattice, ggplot2 et grid).

Ces deux fonctions peuvent ?tre utilis?es comme suit :

# Ajouter des graphes
# fun : fonction R pour g?n?rer un graphe
# ... : d'autres arguments ? passer ? la fonction graphique
addPlot(doc, fun, ...)

# Ajouter des images
# filename : chemin de l'image
addImage(doc, filename)

Le code de R ci-dessous cr?e un document PowerPoint contenant un histogramme et une image (t?l?chargeable sur le site de R):

library( ReporteRs )

doc = pptx()

# Diapo 1 : Diapositive de titre
doc <- addSlide(doc, "Title Slide")
doc <- addTitle(doc,"Document containing plots and images")
doc <- addSubtitle(doc, "R and ReporteRs package")

# Diapo 2 : Ajouter un graphe
doc <- addSlide(doc, "Two Content")
doc <- addTitle(doc,"Histogram plot")
doc <- addPlot(doc, function() hist(iris$Sepal.Width, col="lightblue"))
doc <- addParagraph(doc, "This histogram is generated using iris data sets")

# Diapo 3 : Ajouter une image
# T?l?charger une image ? partir du site R
download.file(url="http://www.r-project.org/hpgraphic.png",
              destfile="r-home-image.png", quiet=TRUE)
doc <- addSlide(doc, "Two Content")
doc <- addTitle(doc,"Image from R website")
doc <- addImage(doc, "r-home-image.png")
doc <- addParagraph(doc, "This image has been downloaded from R website")
 
writeDoc(doc, "r-reporters-powerpoint-plot-image.pptx")

Le document PowerPoint cr??e par le code de R ci-dessus est disponible ici: Logiciel R et le package ReporteRs - Document PowerPoint contenant des graphes et des images

Notez que, addPlot() peut prendre d?autres arguments tels que pointsize pour modifier la taille des textes sur le graphe (la valeur par d?faut est 12; en pixels)
Pour la fonction addImage(), les formats de fichiers accept?s sont les images PNG, WMF, JPEG et GIF.

Ajouter une table

La fonction addFlexTable() est utilis?e pour formater et ajouter une table dans le PowerPoint.

Elle peut ?tre utilis?e comme suit :

?TAPE 1: Cr?er une table en utilisant FlexTable() ou la fonction vanilla.table(). Ces deux fonctions g?n?rent une table ?flexible? qui peut ?tre facilement format?e avant d??tre ajout?e dans la diapositive.
?TAPE 2: Ajoutez la table cr??e dans le document en utilisant la fonction addFlexTable() comme suit:

# doc : objet pptx
# flextable : FlexTable object

# Exemple 1
doc <- addFlexTable(doc, flextable = FlexTable(data))

# Exemple 2 
doc <- addFlexTable(doc, flextable = vanilla.table(data))

La fonction setZebraStyle() peut ?tre utilis?e pour colorer diff?remment les lignes paires et impaires; par exemple, les lignes impaires en gris et les lignes paires en blanc.

L?exemple ci-dessous cr?e un document PowerPoint avec 3 diapositives contenant un tableau simple (diapo 1), une ?vanilla table? (diapo 2) et une table en style z?bre (diapo 3):

doc = pptx()

data<-iris[1:5, ]

# Diapo 1 : Table simple
doc <- addSlide(doc, "Title and Content")
doc <- addTitle(doc,"Simple table")
doc <- addFlexTable(doc, FlexTable(data))

# Diapo 2 : vanilla table
doc <- addSlide(doc, "Title and Content")
doc <- addTitle(doc,"Vanilla table")
doc <- addFlexTable(doc, vanilla.table(data))

# Diapo 3 : table en style z?bre
doc <- addSlide(doc, "Title and Content")
doc <- addTitle(doc,"Zebra striped table")
MyFTable <- vanilla.table(data)
MyFTable <- setZebraStyle(MyFTable, odd = '#eeeeee', even = 'white')
doc <- addFlexTable( doc, MyFTable)

writeDoc(doc, "r-reporters-powerpoint-add-table.pptx")

Le document PowerPoint cr??e par le code de R ci-dessus est disponible ici : Logiciel R et le package ReporteRs - Document PowerPoint contenant des tables

Ajouter des listes ordonn?es et non ordonn?es

Les listes peuvent ?tre ajout?es en utilisant la fonction addParagraph() comme suit:

doc  <- addParagraph(doc, 
  value = c('Item 1', "Item 2", "Item 3")
  par.properties = parProperties(list.style = 'ordered', level = 1 )

value : un ensemble d??l?ments ? ajouter comme une liste
par.properties : fonction contenant les propri?t?s de formatage du paragraphe. Elle prend comme arguments list.style et level :
- list.style : les valeurs possibles sont ?unordered? et ?ordered?
- level : une valeur num?rique indiquant le niveau de l??l?ment ? ajouter dans la liste

L?exemple ci-dessous g?n?re un document PowerPoint d?une diapositive contenant une listes ordonn?es et non ordonn?es:

doc <- pptx()

doc <- addSlide(doc, "Two Content")
doc <- addTitle(doc, "Ordered and unordored lists")

# 1. Liste ordonn?e
doc <- addParagraph(doc, value= c("Item 1", "Item 2", "Item 3"),
          par.properties =  parProperties(list.style = 'ordered'))

# 2. Liste non-ordonn?e
doc <- addParagraph(doc, value= c("Item 1", "Item 2", "Item 3"),
          par.properties =  parProperties(list.style = 'unordered'))

writeDoc(doc, file = "r-reporters-powerpoint-lists.pptx")

Cr?ez un document PowerPoint ? partir d?un fichier mod?le

Cette approche est utile dans de nombreuses situations:

Si vous travaillez dans une entreprise et vous souhaitez g?n?rer un document PowerPoint bas? sur un mod?le avec des polices sp?cifiques, des couleurs, des logos, etc.
Si vous souhaitez modifier et ins?rer de nouveaux contenus dans un document PowerPoint existant.
Si vous souhaitez utiliser des styles de texte et des mises en page de diapositives ? partir d?un fichier mod?le (template).

Notez que, si vous utilisez un fichier mod?le pour cr?er un document PowerPoint, les mises en page sont celles disponibles dans le fichier mod?le.

Un fichier mod?le peut ?tre sp?cifi? ? la fonction pptx() comme suit:

# Cr?er un document PowerPoint
doc <- pptx(template="path/to/your/powerpoint/template/file.pptx")

# ...............
# Ajouter du contenu
# ...............

# Enregistrer le fichier
writeDoc(doc, file = "output-file.pptx")

Dans la section suivante Nous allons:

t?l?charger un fichier mod?le de PowerPoint sur le site STHDA
v?rifiez les mises en page de diapositives disponibles dans le fichier mod?le
Cr?ez un document PowerPoint bas? sur le mod?le

T?l?charger un fichier mod?le

# T?l?charger un fichier mod?le ? partir du site STHDA
download.file(url="https://www.sthda.com/sthda/RDoc/example-files/r-reporters-powerpoint-template.pptx",
    destfile="r-reporters-powerpoint-template.pptx", quiet=TRUE)

Mises en page de diapositives disponibles dans le fichier mod?le

Vous pouvez utiliser une des mises en page ci-dessous lors de l?ajout d?une nouvelle diapositive dans le PowerPoint:

doc <- pptx(template="r-reporters-powerpoint-template.pptx")
layouts <-slide.layouts(doc) # Mises en page disponibles
# Dessiner les mises en page
for(i in layouts ){
  par(mar=c(0.5,0.5,2,0.5), cex=0.7)
  slide.layouts(doc, i )
  title(main = paste0("'", i, "'" ))
  if(interactive()) readline(prompt = "Show next slide layout")
}

Cr?ez un document PowerPoint ? partir du fichier mod?le

Notez que, le fichier mod?le contient d?j? une diapositive vide qui peut ?tre enlev?e manuellement.

library( ReporteRs )

# T?l?charger un fichier mod?le ? partir du site STHDA
download.file(url="https://www.sthda.com/sthda/RDoc/example-files/r-reporters-powerpoint-template.pptx",
    destfile="r-reporters-powerpoint-template.pptx", quiet=TRUE)

options('ReporteRs-fontsize'= 18, 'ReporteRs-default-font'='Arial')

doc <- pptx(template="r-reporters-powerpoint-template.pptx" )

# Diapo 1 : Diapositive de titre
#+++++++++++++++++++++++
doc <- addSlide(doc, "Title Slide")
doc <- addTitle(doc,"Create a PowerPoint from template using R software")
doc <- addSubtitle(doc, "R and ReporteRs package")
doc <- addDate(doc)
doc <- addFooter(doc, "Isaac Newton")
doc <- addPageNumber(doc, "1/4")

# Diapo 2 : Ajouter un graphe
#+++++++++++++++++++++++
doc <- addSlide(doc, "Title and Content")
doc <- addTitle(doc, "Bar plot")
plotFunc<- function(){
  barplot(VADeaths, beside = TRUE,
          col = c("lightblue", "mistyrose", "lightcyan",
                  "lavender", "cornsilk"),
  legend = rownames(VADeaths), ylim = c(0, 100))
  title(main = "Death Rates in Virginia", font.main = 4)
}
doc <- addPlot(doc, plotFunc )
doc <- addPageNumber(doc, "2/4")

# Diapo 3 : Ajouter une table 
#+++++++++++++++++++++++
doc <- addSlide(doc, "Two Content")
doc <- addTitle(doc,"iris data sets")
doc <- addFlexTable(doc, FlexTable(iris[1:4,] ))
doc <- addParagraph(doc, "iris data set gives the measurements in centimeters of the variables sepal length and width and petal length and width, respectively, for 50 flowers from each of 3 species of iris. The species are Iris setosa, versicolor, and virginica.")
doc <- addPageNumber(doc, "3/4")

# Diapo 4 : Ajouter du code R
#+++++++++++++++++++++
doc <- addSlide(doc, "Content with Caption")
doc <- addTitle(doc, "R Script for histogram plot")
doc <- addPlot(doc, function() hist(iris$Sepal.Width, col=4))
r_code ="data(iris)
hist(iris$Sepal.Width, col = 4)"
doc <- addRScript(doc, text=r_code)

# Enregistrer le document 
writeDoc(doc, "r-reporters-powerpoint-from-template.pptx" )

Le document PowerPoint cr??e par le code de R ci-dessus est disponible ici : Logiciel R et le package ReporteRs - Document PowerPoint ? partir d?un mod?le

Infos

Cette analyse a ?t? r?alis?e en utilisant R (ver. 3.1.0).

Vous pouvez lire d?avantage et t?l?charger le code source de ReporteRs ? ce lien:

GitHub (David Gohel): ReporteRs

xlsx : le meilleur package pour connecter Excel avec le logiciel R

Tue, 06 Jan 2015 19:06:38 +0100

Installer et charger le package xlsx
Lire un fichier Excel
Ecrire des donn?es dans un fichier Excel
Un fonction R simple pour exporter rapidement plusieurs data sets dans le m?me classeur Excel
Cr?er et formater un classeur Excel
Infos

Il existe plusieurs solutions pour importer et exporter des fichiers Excel en utilisant le Logiciel R.

Le package xlsx est l?un des plus performants packages R pour lire, ?crire et formater des fichiers Excel. C?est une solution Java-d?pendante qui est compatible Windows, Mac et Linux. Il fonctionne ? la fois pour les formats de fichiers de types Excel 2007 et Excel 97/2000/XP/2003 (c?est ? dire les formats xls et xlsx ).

Malheureusement le package xlsx n?est pas bien document?.

Cet article est un guide de d?marrage rapide pour manipuler des fichiers Excel dans R en utilisant le package xlsx.

Dans ce tutoriel vous allez apprendre comment :

Lire et ?crire des fichiers Excel
Ajouter des tables de donn?es et images (ou graphes) dans un classeur Excel
Formater l?apparence du fichier Excel en modifiant la police, les couleurs de textes et les bordures

Installer et charger le package xlsx

install.packages("xlsx") 
library("xlsx")

Notez que le package xlsx d?pend des packages R rJava et xlsxjars.

Lire un fichier Excel

Les fonctions read.xlsx() et read.xlsx2() peuvent ?tre utilis?es pour lire le contenu d?un classeur Excel dans R.

La diff?rence entre ces deux fonctions est :

read.xlsx pr?serve le type des donn?es. Il essaye de deviner le type de classe (nombre, caract?re, logique, ?) de chaque variable correspondant ? chaque colonne dans le classeur. A noter que la fonction read.xlsx est un peu plus lent pour lire des gros jeux de donn?es ( c?est ? dire une feuille Excel avec plus de 100 000 cellules).
La fonction read.xlsx2 est beaucoup plus rapide sur des gros fichiers Excel.

Le format simplifi? de ces fonctions est :

read.xlsx(file, sheetIndex, header=TRUE, colClasses=NA)

read.xlsx2(file, sheetIndex, header=TRUE, colClasses="character")

file : le chemin du fichier ? lire
sheetIndex : num?ro du fichier ? lire; i.e : utiliser sheetIndex=1 pour lire le premier fichier
header : une valeur logique. Si TRUE, la premi?re ligne est prise comme nom des variables
colClasses : un vecteur de caract?res contenant le type de classe de chaque colonne

Exemples :

library(xlsx)
file <- system.file("tests", "test_import.xlsx", package = "xlsx")
res <- read.xlsx(file, 1)  # Lire la pr?mi?re feuille
head(res[, 1:6])

##          NA. Population Income Illiteracy Life.Exp Murder
## 1    Alabama       3615   3624        2.1    69.05   15.1
## 2     Alaska        365   6315        1.5    69.31   11.3
## 3    Arizona       2212   4530        1.8    70.55    7.8
## 4   Arkansas       2110   3378        1.9    70.66   10.1
## 5 California      21198   5114        1.1    71.71   10.3
## 6   Colorado       2541   4884        0.7    72.06    6.8

Notez que les fonctions read.xlsx et read.xlsx2 peuvent ?tre utilis?es pour lire ? la fois des fichiers de formats .xls et .xlsx.

Ecrire des donn?es dans un fichier Excel

Les fonctions write.xlsx et write.xlsx2 peuvent ?tre utilis?es pour exporter des donn?es de R vers Excel. En revanche la fonction write.xlsx2 est plus performante que write.xlsx pour les grosses tables de donn?es (avec plus de 100 000 cases).

Le format simplifi? de ces fonctions est :

write.xlsx(x, file, sheetName="Sheet1", 
  col.names=TRUE, row.names=TRUE, append=FALSE)

write.xlsx2(x, file, sheetName="Sheet1",
  col.names=TRUE, row.names=TRUE, append=FALSE)

x : le data.frame ? ?crire dans le fichier Excel
file : chemin du fichier r?sultat
sheetName : texte indiquant le nom de la feuille Excel
col.names, row.names : une valeur logique indiquant si le nom des colonnes/lignes doit ?tre ?crit dans le fichier
append : une valeur logique indiquant si les donn?es doivent ?tre ajout?e dans un fichier d?j? existant.

Exemples :

library(xlsx)
write.xlsx(USArrests, file="myworkbook.xlsx", 
           sheetName="USA Arrests")

A noter que le code ci-dessus enregistre le fichier Excel dans le r?pertoire de travail courant de R.

Il faudrait utiliser l?argument append = TRUE dans le but de pouvoir ajouter plusieurs data.frames dans le m?me classeur Excel. Ceci est illustr? avec le code R suivant:

# Ecrire la pr?miere table dans un nouveau classeur
write.xlsx(USArrests, file="myworkbook.xlsx",
      sheetName="USA-ARRESTS", append=FALSE)
# Ajouter une deuxi?me table
write.xlsx(mtcars, file="myworkbook.xlsx", sheetName="MTCARS", 
           append=TRUE)
# Ajouter une troisi?me table
write.xlsx(Titanic, file="myworkbook.xlsx", sheetName="TITANIC", 
           append=TRUE)

Comme vous pouvez le constater sur l?image ci-dessus, il est possible d?ajouter plusieurs tables de donn?es dans le m?me fichier Excel. Cependant, la m?thode est tr?s r?p?titive. Vous trouverez dans la section suivante, une fonction simple pour ajouter diff?rents types de donn?es en une seule ligne de code.

Un fonction R simple pour exporter rapidement plusieurs data sets dans le m?me classeur Excel

Cette partie propose une fonction R pour facilement exporter plusieurs tables de donn?es en une seule ligne de commande. Les diff?rentes tables sont ?crites dans le m?me classeur Excel. Le nom des tables est utilis? pour nommer les diff?rentes feuilles Excel.

Le code R de la fonction est la suivante :

#+++++++++++++++++++++++++++
# xlsx.writeMultipleData
#+++++++++++++++++++++++++++++
# file : le chemin du fichier r?sultat
# ... : une liste de tables ? exporter vers Excel
xlsx.writeMultipleData <- function (file, ...)
  {
    require(xlsx, quietly = TRUE)
    objects <- list(...)
    fargs <- as.list(match.call(expand.dots = TRUE))
    objnames <- as.character(fargs)[-c(1, 2)]
    nobjects <- length(objects)
    for (i in 1:nobjects) {
        if (i == 1)
            write.xlsx(objects[[i]], file, sheetName = objnames[i])
        else write.xlsx(objects[[i]], file, sheetName = objnames[i],
            append = TRUE)
    }
  }

Cette fonction est inspir?e de celle publi?e sur le site statmethods

La fonction xlsx.writeMultipleData fonctionne pour les objets R de types data frames, matrices, s?ries temporelles et tables.

Exemples d?utilisation :

Utiliser le code R ci-dessous pour enregistrez les tables mtcars (une data frame), Titanic (une table), AirPassengers (une s?rie temporelle) et state.x77 (une matrice) :

xlsx.writeMultipleData("myworkbook.xlsx",
        mtcars, Titanic, AirPassengers, state.x77)

Cr?er et formater un classeur Excel

L?objectif de cette section est de vous montrer comment cr?er un beau rapport Excel contenant des graphiques et des tables format?es.

Les ?tapes suivantes sont n?cessaires :

Cr?er un classeur Excel
D?finir des styles de cellules : Couleur et taille de la police, alignement du texte, bordure et data frame, ?
Ecrire une table dans une feuille Excel en utilisant les styles d?finis ? l??tape 2.
Enregistrez le classeur Excel
Ouvrir et visualiser le fichier

Dans les prochaines sections, je vais vous montrer ?tape par ?tape comment changer l?apparence d?une feuille Excel dans R. Ceci n?est pas une tache simple avec le package xlsx et n?cessite du ?code pur et dur?. C?est pour cela que j?ai r?cemment impl?ment? le package r2excel qui d?pend du package xlsx et il fournit des fonctions simples pour rapidement importer, exporter et formater des fichiers Excel. Le package r2excel est d?cris dans mon pr?c?dent article : r2excel : Cr?er et formater facilement un document Excel avec le logiciel R

Etape 1/5. Cr?er un nouveau classeur Excel

La fonction createWorkbook() peut ?tre utilis?e pour cr?er des fichiers xls ou xlsx :

# Cr?er un classeur Excel
wb<-createWorkbook(type="xlsx")

Etape 2/5. D?finir des styles pour formater le classeur Excel

Nous allons d?finir des styles pour changer :

L?apparence du titre de la feuille
L?apparence des noms de lignes/colonnes de la table
L?alignement du texte du nom des colonnes des tables
Les bordures des cellules autour des noms des colonnes

La fonction CellStyle() peut ?tre utilis?e pour cr?er des styles de cellules. Un format simplifi? est :

CellStyle(wb, dataFormat=NULL, alignment=NULL,
          border=NULL, fill=NULL, font=NULL)

wb : le classeur Excel (objet).
dataFormat : un objet DataFormat
alignment : un objet Alignment
border : un objet Border
font : un objet Font

# D?finir quelques styles de cellules
#++++++++++++++++++++
# Titres et sous-titres
TITLE_STYLE <- CellStyle(wb)+ Font(wb,  heightInPoints=16, 
                            color="blue", isBold=TRUE, underline=1)
SUB_TITLE_STYLE <- CellStyle(wb) + 
                    Font(wb,  heightInPoints=14, 
                          isItalic=TRUE, isBold=FALSE)

# Styles pour les noms de lignes/colonnes
TABLE_ROWNAMES_STYLE <- CellStyle(wb) + Font(wb, isBold=TRUE)
TABLE_COLNAMES_STYLE <- CellStyle(wb) + Font(wb, isBold=TRUE) +
    Alignment(wrapText=TRUE, horizontal="ALIGN_CENTER") +
    Border(color="black", position=c("TOP", "BOTTOM"), 
           pen=c("BORDER_THIN", "BORDER_THICK"))

wb : un objet workbook (classeur Excel)
Les arguments principaux pour la fonction Font() :
- color : couleur de la police
- heightInPoints : taille de la police. Valeurs habituelles 10, 12, 14, etc
- isBold, isItalic : une valeur logique sp?cifiant si la police doit ?tre en gras ou en italic
- underline : un entier indiquant l??paisseur du soulignement. Valeurs possibles : 0, 1, 2.
- name : la police ? utiliser; i.e: ?Arial?.
Les arguments principaux pour la fonction Alignment() :
- wrapText : valeur logique indiquant l?utilisation du retour ? la ligne automatique (utile si le texte est trop long).
- horizontal : l?alignement horizontal du texte. Valeurs possibles : ?ALIGN_CENTER?, ?ALIGN_JUSTIFY?, ?ALIGN_LEFT?, ?ALIGN_RIGHT?.
- vertical : l?alignemen vertical. Valeurs possibles : ?VERTICAL_BOTTOM?, ?VERTICAL_CENTER?, ?VERTICAL_JUSTIFY?, ?VERTICAL_TOP?
- rotation : degr? de rotation du texte dans une cellule. Valeur par d?faut 0.
Les arguments principaux pour la fonction Border() :
- color : couleur des bordures; i.e : color=?red? ou color =?#FF0000?
- position : la position de la bordure. Valeurs possibles : ?BOTTOM?, ?LEFT?, ?TOP?, ?RIGHT?
- pen : le style du stylo. Valeurs possibles : ?BORDER_DASH_DOT?, ?BORDER_DASH_DOT_DOT?, ?BORDER_DASHED?, ?BORDER_DOTTED?, ?BORDER_DOUBLE?, ?BORDER_HAIR?, ?BORDER_MEDIUM?, ?BORDER_MEDIUM_DASH_DOT?, ?BORDER_MEDIUM_DASH_DOT_DOT?, ?BORDER_MEDIUM_DASHED?, ?BORDER_NONE?, ?BORDER_SLANTED_DASH_DOT?, ?BORDER_THICK?, ?BORDER_THIN?.

Etape 3/5. Ajouter des donn?es et des graphiques dans le classeur

Cr?er une nouvelle feuille dans le classeur

Pour ajouter les donn?es, la premi?re ?tape est de cr?er une feuille dans le classeur pour contenir les donn?es. Ceci peut ?tre effectu? en utilisant la fonction creatSheet() :

# Cr?er une nouvelle feuille dans le classeur
sheet <- createSheet(wb, sheetName = "US State Facts")

Ajouter un titre dans la feuille Excel

Pour ajouter un titre, la proc?dure est :

cr?er une nouvelle ligne
cr?er une cellule pour contenir le titre.
ajouter du texte dans la cellule.

Pour simplifier le code R, j?ai ?crit une fonction pour l?ajout des titres :

#++++++++++++++++++++++++
# Fonction helper pour ajouter des titres
#++++++++++++++++++++++++
# - sheet : la feuille Excel pour contenir le titre
# - rowIndex : num?ro de la ligne pour contenir le titre 
# - title : texte du titre
# - titleStyle : l'objet style pour le titre
xlsx.addTitle<-function(sheet, rowIndex, title, titleStyle){
  rows <-createRow(sheet,rowIndex=rowIndex)
  sheetTitle <-createCell(rows, colIndex=1)
  setCellValue(sheetTitle[[1,1]], title)
  setCellStyle(sheetTitle[[1,1]], titleStyle)
}

Copier et coller le code de la fonction xlsx.addTitle (ci-dessus) dans la console R avant de poursuivre.

# Ajouter un titre
xlsx.addTitle(sheet, rowIndex=1, title="US State Facts",
      titleStyle = TITLE_STYLE)
# Ajouter un sous-titre
xlsx.addTitle(sheet, rowIndex=2, 
      title="Data sets related to the 50 states of USA.",
      titleStyle = SUB_TITLE_STYLE)

Ajouter une table dans le classeur

La fonction addDataframe() pour ajouter une table dans une nouvelle feuille Excel.

Le jeu de donn?es state.x77 est utilis? dans les exemples suivants :

head(state.x77[, 1:6])

##            Population Income Illiteracy Life Exp Murder HS Grad
## Alabama          3615   3624        2.1    69.05   15.1    41.3
## Alaska            365   6315        1.5    69.31   11.3    66.7
## Arizona          2212   4530        1.8    70.55    7.8    58.1
## Arkansas         2110   3378        1.9    70.66   10.1    39.9
## California      21198   5114        1.1    71.71   10.3    62.6
## Colorado         2541   4884        0.7    72.06    6.8    63.9

# Ajouter une table
addDataFrame(state.x77, sheet, startRow=3, startColumn=1, 
             colnamesStyle = TABLE_COLNAMES_STYLE,
             rownamesStyle = TABLE_ROWNAMES_STYLE)
# Changer la largeur des colonnes
setColumnWidth(sheet, colIndex=c(1:ncol(state.x77)), colWidth=11)

Arguments pour la fonction addDataFrame() :
- startRow, startColumn : nombre indiquant la ligne et la colonne de d?but de la table
- colnameStyle, rownameStyle : un objet CellStyle pour personnaliser le nom des colonnes/lignes de la table
Arguments pour la fonction setColumnWidth() :
- colIndex : un vecteur de type numeric sp?cifiant les colonnes dont la largeur doit ?tre chang?e
- colWidth : la largeur de la colonne

Ajouter un graphe dans une feuille Excel

# Cr?er un graphe en png
png("boxplot.png", height=800, width=800, res=250, pointsize=8)
boxplot(count ~ spray, data = InsectSprays,
         col = "blue")
dev.off()

# Cr?er une nouvelle feuille pour contenir le graphique
sheet <-createSheet(wb, sheetName = "boxplot")
# Ajouter un titre ? la feuille
xlsx.addTitle(sheet, rowIndex=1, 
              title="Box plot using InsectSprays data",
              titleStyle = TITLE_STYLE)

# Ajouter le graphe cr?? pr?c?demment
addPicture("boxplot.png", sheet, scale = 1, startRow = 4,
          startColumn = 1)
# Supprimer le graphe du disque dur
res<-file.remove("boxplot.png")

Etape 4/5. Enregistrer le classeur Excel

# Enregistrer le classeur dans un fichier
saveWorkbook(wb, "r-xlsx-report-example.xlsx")

Etape 5/5. Ouvrir et visualiser le fichier Excel

Ouvrez le r?pertoire courant de R et ouvrez le classeur Excel que vous venez de cr?er.

Comme je l?ai mentionn? plus haut, le formatage des feuilles Excel peut se faire simplement et rapidement en utilisant le package r2excel.

Le script complet pour cr?er et formmater un fichier Excel

library(xlsx)
# Cr?er un workbook (classeur)
#++++++++++++++++++++++++++++++++++++
# Valeurs possibles pour l'argument type : "xls" et "xlsx"
wb<-createWorkbook(type="xlsx")

# Definir quelques styles
#++++++++++++++++++++++++++++++++++++
# Titre et sous-titre
TITLE_STYLE <- CellStyle(wb)+ Font(wb,  heightInPoints=16, 
                                   color="blue", isBold=TRUE, underline=1)
SUB_TITLE_STYLE <- CellStyle(wb) + 
  Font(wb,  heightInPoints=14,
       isItalic=TRUE, isBold=FALSE)

# Styles pour le nom des lignes/colonnes
TABLE_ROWNAMES_STYLE <- CellStyle(wb) + Font(wb, isBold=TRUE)
TABLE_COLNAMES_STYLE <- CellStyle(wb) + Font(wb, isBold=TRUE) +
  Alignment(wrapText=TRUE, horizontal="ALIGN_CENTER") +
  Border(color="black", position=c("TOP", "BOTTOM"), 
         pen=c("BORDER_THIN", "BORDER_THICK")) 

# Cr?er une nouvelle feuille Excel
#++++++++++++++++++++++++++++++++++++
sheet <- createSheet(wb, sheetName = "US State Facts")

#++++++++++++++++++++++++
# Fonction helper pour ajouter des titres
#++++++++++++++++++++++++
# - sheet : la feuille Excel pour contenir le titre
# - rowIndex : num?ro de la ligne pour contenir le titre 
# - title : texte du titre
# - titleStyle : l'objet style pour le titre
xlsx.addTitle<-function(sheet, rowIndex, title, titleStyle){
  rows <-createRow(sheet,rowIndex=rowIndex)
  sheetTitle <-createCell(rows, colIndex=1)
  setCellValue(sheetTitle[[1,1]], title)
  setCellStyle(sheetTitle[[1,1]], titleStyle)
}

# Ajouter des titres et sous-titres dans la feuille
#++++++++++++++++++++++++++++++++++++

# Ajouter un titre
xlsx.addTitle(sheet, rowIndex=1, title="US State Facts",
      titleStyle = TITLE_STYLE)
# Ajouter un sous-titre
xlsx.addTitle(sheet, rowIndex=2, 
      title="Data sets related to the 50 states of USA.",
      titleStyle = SUB_TITLE_STYLE)

# Ajouter une table
#++++++++++++++++++++++++++++++++++++
addDataFrame(state.x77, sheet, startRow=3, startColumn=1, 
             colnamesStyle = TABLE_COLNAMES_STYLE,
             rownamesStyle = TABLE_ROWNAMES_STYLE)
# Changer la largeur des colonnes
setColumnWidth(sheet, colIndex=c(1:ncol(state.x77)), colWidth=11)

# Ajouter un graphe
#++++++++++++++++++++++++++++++++++++
# Cr?er un graphe en png
png("boxplot.png", height=800, width=800, res=250, pointsize=8)
boxplot(count ~ spray, data = InsectSprays,
         col = "blue")
dev.off()
# Cr?er une nouvelle feuille pour contenir le graphe
sheet <-createSheet(wb, sheetName = "boxplot")
# Ajouter un titre
xlsx.addTitle(sheet, rowIndex=1, title="Box plot using InsectSprays data",
      titleStyle = TITLE_STYLE)
# Ajouter le graphe cr?? pr?c?demment
addPicture("boxplot.png", sheet, scale = 1, startRow = 4,
           startColumn = 1)
# supprimer le graphe du disque
res<-file.remove("boxplot.png")

# Enregistrer le calsseur Excel...
#++++++++++++++++++++++++++++++++++++
saveWorkbook(wb, "r-xlsx-report-example.xlsx")

Infos

Cette analyse a ?t? r?alis?e avec R (ver. 3.1.0)

r2excel : Créer et formater facilement un document Excel avec le logiciel R

Tue, 06 Jan 2015 01:50:05 +0100

Plusieurs solutions existent pour ?crire et lire un fichier Excel avec R
Les 3 packages ? connaitre pour gagner du temps
Le package r2excel
Infos

Plusieurs solutions existent pour ?crire et lire un fichier Excel avec R

Les fichiers Excel sont utilis?s par des millions de personnes pour sauvegarder et analyser leurs donn?es.

Diff?rents packages R et solutions pour importer des donn?es d?Excel vers R et d?en exporter de R vers Excel :

La connection ODBC: Pour Windows seulement et n?cessite un driver ODBC pour Excel
Le package gdata: Existe pour Windows, Mac et Linux mais n?cessite l?installation de librairies du langage Perl
Le package xlsReadWrite : Pour Windows seulement mais il n?y a plus de version mise ? jour
Le logiciel RExcel : Un outil performant permettant d?ex?cuter directement du code R ? partir d?Excel. Cependant, il ne peut ?tre utilis? que sur Windows
Le package XLConnect : XLConnect est une solution java-d?pendante qui est compatible Windows, Mac et Linux. Il est un peu lent lorsque le jeu de donn?es est important
Le package xlsx: Ceci est mon package favoris pour lire, ?crire et formater des fichiers Excel ? partir du Logiciel R. C?est une solution java-d?pendante et elle peut ?tre utilis?e pour lire et ?crire ? la fois les formats de fichiers xls et xlsx.

Comme indiqu? ci-dessus, il existe plusieurs m?thodes pour connecter R et Excel, mais beaucoup d?entre elles sont :

difficiles ? utiliser
ou compatibles seulement avec Windows
ou n?cessitent des drivers additionnels
ou marchent seulement avec des versions anciennes d?Excel (.xls mais pas .xlsx)

Les 3 packages ? connaitre pour gagner du temps

Les trois packages que vous devez connaitre pour importer et exporter des donn?es ? partir/vers Excel sont xlsx, XLConnect et r2excel.

Lire ou ?crire des fichiers Excel est devenu une tache facile maintenant gr?ce aux packages xlsx et XLConnect.

Formater un fichier Excel est aussi possible. Cependant, ceci n?cessite du ?Hard coding?. C?est la raison pour laquelle, j?ai impl?ment? le package r2excel contenant des fonctions pour rapidement et facilement importer, ?crire et personnaliser des fichiers Excel.

L?objectif de cet article est de vous montrer comment utiliser le package r2excel.

Le package r2excel

Installation et chargement

Pour l?installation, utiliser le code R suivant :

install.packages("devtools")
devtools::install_github("kassambara/r2excel")

Charger le package avec le code ci-dessous :

library(r2excel)

Les fonctions disponibles

La liste des fonctions disponibles dans le package r2excel est :

xlsx.addHeader pour ajouter des titres
xlsx.addPlot pour ajouter des graphiques
xlsx.addParagraph pour ajouter des paragraphes de textes
xlsx.addTable pour ajouter des data.frames.
xlsx.addLineBreak pour ajouter un saut de ligne.
xlsx.addHyperlink pour ajouter un hyper lien.
xlsx.readFile pour lire un fichier Excel.
xlsx.writeFile pour ?crire une table de donn?es dans un fichier Excel.
xlsx.writeMultipleData pour exporter rapidement plusieurs tables de donn?es dans le m?me classeur Excel.
xlsx.openFile pour ouvrir et voir un fichier Excel.

Ces fonctions sont d?crites dans les sections suivantes

Cr?er votre premier fichier Excel

library("r2excel")
# Cr?er un classeur Excel. 
# Les formats .xls et .xlsx peuvent ?tre utilis?s
filename <- "r2excel-example1.xlsx"
wb <- createWorkbook(type="xlsx")
# Cr?er une feuille dan le classeur Excel pour contenir les donn?es 
sheet <- createSheet(wb, sheetName = "example1")
 
# Ajouter un titre
xlsx.addHeader(wb, sheet, value="Add table",level=1, 
               color="black", underline=1)
xlsx.addLineBreak(sheet, 1)
 
# Ajouter un paragraph : Autheur
author=paste("Author : Alboukadel KASSAMBARA. \n",
             "@:alboukadel.kassambara@gmail.com.",
             "\n Website : http://ww.sthda.com", sep="")
xlsx.addParagraph(wb, sheet,value=author, isItalic=TRUE, colSpan=5, 
                  rowSpan=4, fontColor="darkgray", fontSize=14)
xlsx.addLineBreak(sheet, 3)
 
# Ajouter une table : data.frame
xlsx.addTable(wb, sheet, head(iris), startCol=2)
xlsx.addLineBreak(sheet, 2)
 
# Enregistrer le classeur dans un fichier
saveWorkbook(wb, filename)
xlsx.openFile(filename)# Voir le fichier

L?image du fichier Excel cr?? par le code ci-dessus est :

Ajouter des titres

Pour ajouter un titre, la fonction xlsx.addHeader() peut ?tre utilis?e. Un format simplifi? est :

xlsx.addHeader(wb, sheet, value="Header", level=1, 
               color="#FFFFFF", underline=c(0,1,2))

wb : classeur Excel(workbook en anglais)
sheet : la feuille Excel
value : le text ? ajouter comme titre
level : le niveau du titre; valeurs possibles 1 ? 6 (pour titre1, titre2)
color : couleur ? utiliser pour le titre
underline : un nombre indiquant s?il faut souligner ou pas le titre. Valeurs possibles : 0 (par d?faut, texte non soulign?), 1 (texte soulign? avec un trait), 2 (texte soulign? avec 2 traits)

Exemples :

# cr?er le classeur et la feuille
wb <- createWorkbook(type="xlsx")
sheet <- xlsx::createSheet(wb, sheetName = "example1")

#Titre
#**************************************
# Titre de niveau 1
xlsx.addHeader(wb, sheet, value="Header 1",level=1, color="black")
# Titre de niveau 2
xlsx.addHeader(wb, sheet, value="Header 2",level=2, color="black")
# Titre de niveau 3
xlsx.addHeader(wb, sheet, value="Header 3",level=3, color="black")
# Titre de niveau 4
xlsx.addHeader(wb, sheet, value="Header 4",level=4, color="black")
# Titre de niveau 5
xlsx.addHeader(wb, sheet, value="Header 5",level=5, color="black")
# Titre de niveau 56
xlsx.addHeader(wb, sheet, value="Header 6",level=6, color="black")
 
# Ecrire le classeur Excel dans un fichier
saveWorkbook(wb, "examples_add_header.xlsx")
xlsx.openFile("examples_add_header.xlsx")# view the file

L?image du fichier Excel cr?? par le code ci-dessus est :

Ajouter un paragraph de textes

La fonction xlsx.addParagraph() peut ?tre utilis?e. Un format simplifi? est :

xlsx.addParagraph(wb, sheet, value, fontColor="#FFFFFF", 
    fontSize=12, isBold=FALSE, isItalic=FALSE, 
    colSpan=10, rowSpan=5)

wb : classeur Excel
sheet : la feuille Excel
value : le texte ? ?crire
fontColor : couleur du texte
fontSize : taille du texte
isBold : si TRUE, le texte est ?crit en gras
isItalic : si TRUE, le texte est ?crit en italic
colSpan : nombre de colonnes ? fusionner (correspond ? la largeur du paragraphe)
rowSpan : nombre de lignes ? fusionner (hauteur du paragraphe)

Exemples :

# Cr?er un classeur et une feuille Excel
wb <- createWorkbook(type="xlsx")
sheet <- createSheet(wb, sheetName = "example1")
 
# Ajouter un paragraphe
xlsx.addHeader(wb, sheet, " Add paragraph", level=2, underline=1)
xlsx.addLineBreak(sheet, 2)
paragraph="Lorem Ipsum is simply dummy text of the printing and typesetting industry. Lorem Ipsum has been the industry's standard dummy text ever since the 1500s, when an unknown printer took a galley of type and scrambled it to make a type specimen book. It has survived not only five centuries, but also the leap into electronic typesetting, remaining essentially unchanged."
xlsx.addParagraph(wb, sheet, paragraph, fontSize=14, isItalic=TRUE, 
                  fontColor="darkred", colSpan=10, rowSpan=10)

# Enregistrer le classeur Excel dans un fichier
saveWorkbook(wb, "examples_add_paragraph.xlsx")
xlsx.openFile("examples_add_paragraph.xlsx")# view the file

Ajouter un lien

La fonction xlsx.addHyperlink() peut ?tre utilis?e. Un format simplifi? est :

xlsx.addHyperlink(wb,sheet, address, friendlyName)

wb : le classeur Excel
sheet : la feuille Excel
address : l?adresse url
friendlyName : texte indiquant le nom du lien

Exemples :

# Classeur et feuille Excel
wb <- createWorkbook(type="xlsx")
sheet <- createSheet(wb, sheetName = "example1")
 
# Ajouter un lien
#+++++++++++++++++++++++++++++
xlsx.addHeader(wb, sheet, " Add Hyperlink", level=2, underline=1)
xlsx.addLineBreak(sheet, 1)
xlsx.addHyperlink(wb, sheet, "https://www.sthda.com", "Click-me!", fontSize=12)
xlsx.addLineBreak(sheet, 2)

# Enregistrer le classeur dans un fichier
saveWorkbook(wb, "examples_add_hyperlink.xlsx")
xlsx.openFile("examples_add_hyperlink.xlsx")# Voir le fichier

Ajouter une table de donn?es de type data.frame

La fonction xlsx.addTable peut ?tre utilis?e. Un format simplifi? est :

xlsx.addTable(wb, sheet, data, col.names=TRUE, row.names=TRUE,
     fontColor="#FFFFFF", fontSize=12, rowFill=c("white", "white"))

wb : classeur Excel
sheet : feuille Excel
data : une data.frame
col.names, row.names : une valeur logique indiquant si le nom des colonnes/lignes doit ?tre ?crit dans le fichier. La valeur par d?faut est TRUE
font.color : couleur du texte
font.size : taille du texte
rowFill : un vecteur contenant deux couleurs correspondant aux couleurs des lignes impaires et paires. Valeur par d?faut : c(?white?, ?white?)

# Cr?er un classeur et une feuille Excel
wb <- createWorkbook(type="xlsx")
sheet <- createSheet(wb, sheetName = "example1")

# ajouter la table iris avec les param?tres par d?faut
data(iris)
xlsx.addHeader(wb, sheet, 
     value="Add iris table using default settings")
xlsx.addLineBreak(sheet, 1)
xlsx.addTable(wb, sheet, head(iris))
xlsx.addLineBreak(sheet, 2)
 
# Personnaliser la table
xlsx.addHeader(wb, sheet, value="Customized table")
xlsx.addLineBreak(sheet, 1)
xlsx.addTable(wb, sheet, data= head(iris),
              fontColor="darkblue", fontSize=14,
              rowFill=c("white", "lightblue")
)
xlsx.addLineBreak(sheet, 2)

# Enregistrer le classeur dans un fichier
saveWorkbook(wb, "examples_add_table.xlsx")
xlsx.openFile("examples_add_table.xlsx")# voir le fichier

Ajouter un graphe

La fonction xlsx.addPlot() peut ?tre utilis?e. Un format simplifi? :

xlsx.addPlot(wb, sheet, plotFunction,
            width = 480, height = 480, ...)

wb : classeur Excel
sheet : Feuille Excel
plotFunction : la fonction R pour cr?er le graphe
width, height : taille et hauteur du graphique
? : d?autres arguments ? passer ? la fonction png()

Exemples :

# Cr?er un classeur et une feuille Excel
wb <- createWorkbook(type="xlsx")
sheet <- createSheet(wb, sheetName = "example1")
 
# Box plot basic
data(ToothGrowth)
xlsx.addHeader(wb, sheet, "Basic box plot")
xlsx.addLineBreak(sheet, 1)
plotFunction<-function(){boxplot(len ~ dose, data = ToothGrowth, col = 1:3)}
xlsx.addPlot(wb, sheet, plotFunction())

# ggplot2
# vous devez installer le package ggplot2
library("ggplot2")
xlsx.addHeader(wb, sheet, "ggplot2")
xlsx.addLineBreak(sheet, 1)
plotFunction<-function(){
  p<-qplot(mpg, wt, data=mtcars)
  print(p)
  }
xlsx.addPlot(wb, sheet, plotFunction())

# Enregistrer le fichier Excel.
saveWorkbook(wb, "examples_add_plot.xlsx")
xlsx.openFile("examples_add_plot.xlsx")# voir le fichier

Lire un fichier Excel

La fonction xlsx.readFile() peut ?tre utilis?e. Un format simplifi? est :

xlsx.readFile(file, sheetIndex = 1, header = TRUE)

file : le chemin du fichier ? lire
sheetIndex : le num?ro de la feuille ? lire dans le classeur Excel
header : valeur logique. Si TRUE, la premi?re ligne est prise comme noms des variables

Exemples :

file <- system.file("tests", "test_import.xlsx", package = "xlsx")
res <- xlsx.readFile(file, 1)  # Lire la pr?mi?re feuille
head(res)

##   Population Income Illiteracy Life.Exp Murder HS.Grad Frost   Area
## 1       3615   3624        2.1    69.05   15.1    41.3    20  50708
## 2        365   6315        1.5    69.31   11.3    66.7   152 566432
## 3       2212   4530        1.8    70.55    7.8    58.1    15 113417
## 4       2110   3378        1.9    70.66   10.1    39.9    65  51945
## 5      21198   5114        1.1    71.71   10.3    62.6    20 156361
## 6       2541   4884        0.7    72.06    6.8    63.9   166 103766

Ecrire un fichier Excel

La fonction xlsx.writeFile peut ?tre utilis?e. Un format simplifi? est :

xlsx.writeFile(data, file, sheetName = "Sheet1",
  col.names = TRUE, row.names = TRUE, append = FALSE)

data : une data.frame ? ?crire dans le classeur
file : chemin du fichier r?sultat
sheetName : texte indiquant le nom de la feuille Excel
col.names, row.names : une valeur logique indiquant si le nom des colonnes/lignes doit ?tre ?crit dans le fichier
append : une valeur logique indiquant si les donn?es doivent ?tre ajout?e dans un fichier d?j? existant.

Exemples :

xlsx.writeFile(USArrests, file="myworkbook.xlsx", 
               sheetName="USA Arrests")
xlsx.openFile("myworkbook.xlsx")# Voir le fichier

Utiliser l?argument append = TRUE pour ajouter plusieurs data.frames dans le m?me classeur Excel :

# Ecrire la pr?miere table dans un nouveau classeur
xlsx.writeFile(USArrests, file="myworkbook.xlsx", 
            sheetName="USA-ARRESTS", append=FALSE)
# Ajouter une deuxi?me table
xlsx.writeFile(mtcars, file="myworkbook.xlsx",
          sheetName="MTCARS", append=TRUE)
# Ajouter une troisi?me table
xlsx.writeFile(Titanic, file="myworkbook.xlsx", 
          sheetName="TITANIC", append=TRUE)
xlsx.openFile("myworkbook.xlsx")# voir le fichier

La m?thode ci-dessus est tr?s r?p?titive. Vous pouvez utiliser la fonction xlsx.writeMultipleData() pour ajouter plusieurs data sets dans le m?me classeur en une seule ligne de code.

xlsx.writeMultipleData("myworkbook.xlsx", 
          mtcars, Titanic, AirPassengers, state.x77)
xlsx.openFile("myworkbook.xlsx")# view the file

La fonction xlsx.writeMultipleData marche pour les donn?es de types data frames (mtcars), matrices (state.x77), s?ries temporelles (AirPassengers) et tables (Titanic).

Un rapport Excel complet avec le logiciel R

Le code R suivant peut ?tre utilis? :

# Cr?er un classeur Excel. 
# Les formats .xls et .xlsx peut ?tre utilis?s
filename<-"r2excel-example.xlsx"
wb <- createWorkbook(type="xlsx")
# Cr?er une feuille dans le classeur
sheet <- xlsx::createSheet(wb, sheetName = "example1")

# Ajouter un titre
#+++++++++++++++++++++++++++++++
# Titre et sous-titre de la feuille Excel
xlsx.addHeader(wb, sheet, value="Excel file written with r2excel packages",
            level=1, color="darkblue", underline=2)         
xlsx.addLineBreak(sheet, 2)

# Ajouter un paragraphe : Autheur
author=paste("Author : Alboukadel KASSAMBARA. \n",
             "@:alboukadel.kassambara@gmail.com.",
             "\n Website : http://ww.sthda.com", sep="")
xlsx.addParagraph(wb, sheet,value=author, isItalic=TRUE, colSpan=5, 
                  rowSpan=4, fontColor="darkgray", fontSize=14)
xlsx.addLineBreak(sheet, 3)

# Ajouter une table
#+++++++++++++++++++++++++++++
# ajouter la table iris avec les param?tres par d?faut
data(iris)
xlsx.addHeader(wb, sheet, value="Add iris table using default settings", level=2)
xlsx.addLineBreak(sheet, 1)
xlsx.addTable(wb, sheet, head(iris), startCol=2)
xlsx.addLineBreak(sheet, 2)
 
# Table personnalis?e
xlsx.addHeader(wb, sheet, value="Customized table", level=2)
xlsx.addLineBreak(sheet, 1)
xlsx.addTable(wb, sheet, data= head(iris),
              fontColor="darkblue", fontSize=14,
              rowFill=c("white", "lightblue")
)
xlsx.addLineBreak(sheet, 2)


# Ajouter un paragraphe
#+++++++++++++++++++++++++++++
xlsx.addHeader(wb, sheet, "Add paragraph", level=2)
xlsx.addLineBreak(sheet, 2)
paragraph="Lorem Ipsum is simply dummy text of the printing and typesetting industry. Lorem Ipsum has been the industry's standard dummy text ever since the 1500s, when an unknown printer took a galley of type and scrambled it to make a type specimen book. It has survived not only five centuries, but also the leap into electronic typesetting, remaining essentially unchanged."
xlsx.addParagraph(wb, sheet, paragraph, fontSize=14, isItalic=TRUE, 
                  fontColor="darkred", backGroundColor="gray")
xlsx.addLineBreak(sheet, 2)

# Ajouter un lien
#+++++++++++++++++++++++++++++
xlsx.addHeader(wb, sheet, " Add Hyperlink", level=2)
xlsx.addLineBreak(sheet, 1)
xlsx.addHyperlink(wb, sheet, "https://www.sthda.com", "Click-me!!", fontSize=12)
xlsx.addLineBreak(sheet, 2)

# Ajouter un box plot
#+++++++++++++++++++++++++++++
data(ToothGrowth)
xlsx.addHeader(wb, sheet, " Add Plot", level=2)
xlsx.addLineBreak(sheet, 1)
plotFunction<-function(){boxplot(len ~ dose, data = ToothGrowth, col = 1:3)}
xlsx.addPlot(wb, sheet, plotFunction())

# Enregistrez le classeur Excel
xlsx::saveWorkbook(wb, filename)
xlsx.openFile(filename) # open file

Infos

Cette analyse a ?t? r?alis?e avec R (ver. 3.1.0).

Importer et exporter des données avec R

Tue, 06 Jan 2015 01:41:10 +0100

Vous trouverez plus bas des articles sur l'importation et l'exportation des donn?es en utilisant le logiciel R