<![CDATA[Documentation]]> https://www.sthda.com (C) 2005-2026 PHPBoost fr PHPBoost <![CDATA[Maxstat et courbe de survie pour une variable continue avec RQuery]]> https://www.sthda.com/french/wiki/maxstat-et-courbe-de-survie-pour-une-variable-continue-avec-rquery https://www.sthda.com/french/wiki/maxstat-et-courbe-de-survie-pour-une-variable-continue-avec-rquery rquery.maxstat


Format du fichier



Le fichier accept? est au format .txt tabulation. Les variables sont en colonnes.

T?l?charger un exemple de fichier en cliquant ici

Enregistrer le fichier au format .txt tabulation.
Les variables sont en colonne. Le fichier contient une colonne "ev?nement" appel?e ici event , une colonne "temps" appel?e ici "time" et 2 autres variables continues (gene1, gene2).

Pour en savoir plus sur le format de fichier accept? suivre le lien suivant : Importation et exportation des donn?es avec RQuery-1.0


Utilisation de la fonction rquery.maxstat



Maxstat et courbe de survie de la variable gene1


Code R :
rquery.maxstat(eventName="event", timeName="time", varName="GENE1")


La fonction prend comme param?tre:
  • Le nom de la colonne contenant l’?v?nement (eventName="event")
  • Le nom de la colonne contenant le temps (timeName="time")
  • Le nom de la colonne contenant la variable d'int?r?t (varName="gene1")



R vous demandera d'indiquer le fichier contenant les donn?es. Indiquer le chemin du fichier que vous venez de t?l?charger.

Ci-dessous le graphique g?n?r?:


cliquez pour agrandir

La fonction cr?e un dossier Result/Maxstat contenant les fichiers g?n?r?s. Ce dossier inclue entre autres un fichier txt contenant les r?sultats de l'analyse maxstat pour chacune des variables interrog?es.


Maxstat et courbe de survie pour une liste de variable



Il suffit d'indiquer la liste dans le param?tre varName.

Code R :
 
res<-rquery.maxstat(eventName="event", timeName="time", varName=c( "GENE1", "GENE2"))
 


Dans ce cas un fichier pdf est g?n?r? contenant l'ensemble des graphique.

Cliquez ici pour voir un exemple de fichier pdf g?n?r?.


Un fichier .txt est ?galement g?n?r? : exemple

Utilisateur avanc?




rquery.maxstat]]> Tue, 01 May 2012 17:15:48 +0200 <![CDATA[Modéle de régression Cox avec RQuery]]> https://www.sthda.com/french/wiki/modele-de-regression-cox-avec-rquery https://www.sthda.com/french/wiki/modele-de-regression-cox-avec-rquery rquery.coxph

Elle permet de faitre un cox univari? ou multivari?.
Dans le cas d'un cox univari? la valeur pronostique et le hazard ratio de la variable d'int?r?t sont d?termin?s.

Le cox multivari? permet de d?terminer si, par exemple, 2 variables sont d?pendantes (ou pas ) pour expliquer la survie des ?chantillons.


Format du fichier



Le fichier accept? est au format .txt tabulation. Les variables sont en colonnes.

T?l?charger un exemple de fichier en cliquant ici

Enregistrer le fichier au format .txt tabulation.
Les variables sont en colonne. Le fichier contient une colonne "ev?nement" appel?e ici event , une colonne "temps" appel?e ici "time" et 2 autres variables continues (gene1, gene2).

Pour en savoir plus sur le format de fichier accept? suivre le lien suivant : Importation et exportation des donn?es avec RQuery-1.0


Utilisation de la fonction rquery.coxph



Code R :
rquery.coxph(eventName="event", timeName="time", varName="gene1", type="univariate")


La fonction prend comme param?tre:
  • Le nom de la colonne contenant l’?v?nement (eventName="event")
  • Le nom de la colonne contenant le temps (timeName="time")
  • Le nom de la colonne contenant la variable d'int?r?t (varName="gene1")



R vous demandera d'indiquer le fichier contenant les donn?es. Indiquer le chemin du fichier que vous venez de t?l?charger.

Un fichier .txt tabulation, contenant les donn?es ci-dessous, est g?n?r? et automatiquement ouvert ? la fin de l'ex?cution de la fonction



Name Beta Univariate.HR (exp(beta)) wald test Univariate.P
gene1 0.84 2.3 15 0.00013


La fonction cr?e un dossier Result/Coxph contenant les fichiers g?n?r?s. Ce dossier inclue entre autres un fichier txt contenant les r?sultats de l'analyse coxph pour chacune des variables interrog?es.


Faire un Cox univari? pour une liste de variables



Il suffit d'indiquer la liste dans le param?tre varName de la mani?re suivante : varName=c("gene1", "gene2")

Code R :
rquery.coxph(eventName="event", timeName="time", varName=c("gene1", "gene2"), type="univariate")


Le r?sultat pour l'ensemble des variables est enregistr? dans le m?me fichier .txt.

La p value et le hazard ratio du cox univari? sont montr?s.



Cliquez ici pour voir un exemple de fichier txt g?n?r?.



Cox multivari?



Dans le code ci-dessous type="multivariate"

Code R :
rquery.coxph(eventName="event", timeName="time", varName=c("gene1", "gene2"), type="multivariate")


Dans le fichier txt g?n?r? le hazard ratio et la p value du test multivari? sont montr?s pour chacune des variables


Cliquez ici pour voir un exemple de fichier txt g?n?r?.



Utilisateur avanc?




rquery.coxph]]> Fri, 26 Aug 2011 23:10:27 +0200 <![CDATA[Courbe de survie avec RQuery]]> https://www.sthda.com/french/wiki/courbe-de-survie-avec-rquery https://www.sthda.com/french/wiki/courbe-de-survie-avec-rquery rquery.survival


Format du fichier



Le fichier accept? est au format .txt tabulation. Les variables sont en colonnes.

T?l?charger un exemple de fichier en cliquant ici

Enregistrer le fichier au format .txt tabulation.
Les variables sont en colonne. Le fichier contient une colonne "ev?nement" appel?e ici OS (pour overall survival), une colonne "temps" appel?e ici "Days" et 4 autres variables qualitatives(gene1, gene2, gene3, gene4).

Pour en savoir plus sur le format de fichier accept? suivre le lien suivant : Importation et exportation des donn?es avec RQuery-1.0


Utilisation de la fonction rquery.survival



Courbe de survie de la variable gene4 : gene4 r?partie les ?chantillons en 3 groupes (A, B, C)


Code R :
rquery.survival(eventName="OS", timeName="Days", varName="gene4")


La fonction prend comme param?tre:
  • Le nom de la colonne contenant l’?v?nement (eventName="OS")
  • Le nom de la colonne contenant le temps (timeName="Days")
  • Le nom de la colonne contenant la variable d'int?r?t (varName="gene4")



R vous demandera d'indiquer le fichier contenant les donn?es. Indiquer le chemin du fichier que vous venez de t?l?charger.

Ci-dessous le graphique g?n?r?:


cliquez pour agrandir

La fonction cr?e un dossier Result/survival contenant les fichiers g?n?r?s. Ce dossier inclue entre autres un fichier txt contenant les r?sultats de l'analyse de survie pour chacune des variables interrog?es.

Enregistrer les donn?es dans un fichier HTML



Utilisation de l'option output="html".

Par d?faut la table de survie et la statistique sont affich?es ? l'?cran. Avec l'option html tout est enregistr? dans un fichier .html lequel sera ouvert automatiquement ? la fin de l'ex?cution de la fonction

Code R :
res<-rquery.survival(eventName="OS", timeName="Days", varName="gene4", output="html)



Cliquez ici pour voir un exemple de fichier html g?n?r?.





Courbe de survie pour une liste de variable



Il suffit d'indiquer la liste dans le param?tre varName.

Code R :
 
res<-rquery.survival(eventName="OS", timeName="Days", varName=c( "gene1", "gene2","gene4"))
 


Dans ce cas un fichier pdf est g?n?r? contenant l'ensemble des graphique.

Cliquez ici pour voir un exemple de fichier pdf g?n?r?.





Utilisateur avanc?




rquery.survival]]> Thu, 18 Aug 2011 09:59:47 +0200 <![CDATA[Survie RQuery]]> https://www.sthda.com/french/wiki/survie-rquery https://www.sthda.com/french/wiki/survie-rquery Wed, 17 Aug 2011 23:47:13 +0200