<![CDATA[Documentation]]> https://www.sthda.com (C) 2005-2026 PHPBoost fr PHPBoost <![CDATA[rquery.read_file]]> https://www.sthda.com/french/wiki/rquery-read-file https://www.sthda.com/french/wiki/rquery-read-file Description

Importation des donn?es contenues dans un fichier sous forme de matrice

Utilisation



Code R :
 
rquery.read_file(file=NULL, header=TRUE, row.names=1, data.frame=F,...)
 


Valeurs



Renvoie une matrice

Exemple d'utilisation



Code R :
 
mydata<-rquery.read_file ()#R vous demandera le chemin du fichier ? importer
mydata #affichage des donn?es
 
]]> Sun, 09 Dec 2012 16:27:03 +0100 <![CDATA[rquery.chisq]]> https://www.sthda.com/french/wiki/rquery-chisq https://www.sthda.com/french/wiki/rquery-chisq Description

Cette fonction permet de faire un test de Khi2 et le test exact de Fisher

Utilisation



Code R :
 
 
rquery.chisq(data=NULL, file="", rowVar, colVar, 
                       percent=c("noPercent", "rowPercent", "colPercent"), fisher.test=FALSE, chisq=TRUE,
                       open.outputFile=TRUE,...)
 
 
 


Arguments



data : matrice; les variables sont en colonne.
file : fichier contenant les donn?es.
Il faudrait indiquer ? la fonction soit data, soit file. Si data n'est pas indiqu?, alors la fonction demandera automatiquement d'indiquer le chemin d'un fichier txt tabulation contenant les donn?es.

rowVar : Nom de la pr?mi?re variable (variable en ligne).
colVar : Nom de la deuxi?me variable (variable en colonne).
percent: permet de calculer le pourcentage par ligne ou par colonne.
fisher.test : La fonction fait le test exact de fisher si valeur = TRUE.
b]chisq[/b] : La fonction fait le test de khi2 si valeur = TRUE.
open.outputFile : La fonction ouvre le fichier r?sultat ? la fin si valeur = TRUE


rowVar et colVar sont des variables qualitatives

Valeurs



renvoie le r?sultat du test de khi2

Voir aussi



Test de Khi2 et test exact de Fisher avec RQuery]]> Tue, 23 Aug 2011 22:17:24 +0200 <![CDATA[rquery.boxplot]]> https://www.sthda.com/french/wiki/rquery-boxplot https://www.sthda.com/french/wiki/rquery-boxplot Description

Fait un boxplot


Utilisation



Code R :
 
rquery.boxplot(data=NULL, file="", yName, grpName=NULL, clusterName=NULL, 
                         las=1, log2=FALSE, outline=TRUE, marqueur=FALSE, jitter=0.1, colorieParGrpe=FALSE, color="lightgray",
                         boxwex=0.8, horizontal=F, new.plot=FALSE, time.sleep=0, ...)
 


Arguments



data : matrice; les variables sont en colonne.
file : fichier contenant les donn?es.
Il faudrait indiquer ? la fonction soit data, soit file. Si data n'est pas indiqu?, alors la fonction demandera automatiquement d'indiquer le chemin d'un fichier txt tabulation contenant les donn?es.

yName : Nom de la variable d’int?r?t pour laquelle on souhaite dessiner le boxplot
grpName : Nom du groupe, si jamais il y en a.
clusterName : Nom d'un cluster de groupes.

las: style des ?tiquettes des axes (0: toujours parall?le aux axes; 1: toujours horizontal; 2: toujours perpendiculaire aux axes; 3:toujours vertical)
log2 : transformation logarithmique base 2 des donn?es si valeur ?gal ? TRUE
outline : Affichage des valeurs atypiques si TRUE
marqueur : Affichage de chaque point si TRUE.
jitter : pour ?viter le chevauchement des points correspondant ? des valeurs identiques.
colorieParGrpe : Une couleur est attribu?e ? chaque groupe si TRUE
color : Couleur par d?faut du boxplot.
boxwex: Largeur des bo?tes.
horizontal: Boxplot horizontal si valeur ?gal TRUE.
new.plot: Cr?ation d'une nouvelle zone de dessin si valeur = TRUE
time.sleep: Met R en pause pendant un certain temps correspondant ? la valeur que vous aurez donn?e ? 'time.sleep' en seconde.
Ne modifiez pas la valeur de time.sleep


Voir aussi



Boxplot avec RQuery]]> Tue, 23 Aug 2011 21:42:25 +0200 <![CDATA[rquery.shapiro_test]]> https://www.sthda.com/french/wiki/rquery-shapiro-test https://www.sthda.com/french/wiki/rquery-shapiro-test Description

teste si un ?chantillon suit une loi normale ou non

Utilisation



Code R :
 
 
rquery.shapiro_test(data=NULL, file="", varName)
 
 
 


Arguments



data : matrice; les variables sont en colonne.
file : fichier contenant les donn?es.
Il faudrait indiquer ? la fonction soit data, soit file. Si data n'est pas indiqu?, alors la fonction demandera automatiquement d'indiquer le chemin d'un fichier txt tabulation contenant les donn?es.

varName : Nom de la variable d'int?r?t.

Valeurs



renvoie le r?sultat du test de Shapiro-Wilk

Voir aussi



Test de Shapiro Wilk avec RQuery]]> Tue, 23 Aug 2011 21:00:38 +0200 <![CDATA[rquery.wilcoxon]]> https://www.sthda.com/french/wiki/rquery-wilcoxon https://www.sthda.com/french/wiki/rquery-wilcoxon Description

Cette fonction permet de faire un test de wilcoxon sur des ?chantillons ind?pendants ou appari?s.

Utilisation



Code R :
 
 
rquery.wilcoxon(data=NULL, file="", var, var2=NULL, grpName=NULL, paired=FALSE,...)
 
 
 


Arguments



data : matrice; les variables sont en colonne.
file : fichier contenant les donn?es.
Il faudrait indiquer ? la fonction soit data, soit file. Si data n'est pas indiqu?, alors la fonction demandera automatiquement d'indiquer le chemin d'un fichier txt tabulation contenant les donn?es.

var : Nom de la variable pour le test de student.
var2 : Nom d'une variable optionnelle ( ? renseigner dans le cas d'un test appari?)
grpName: Nom de groupe (optionnel), ? renseigner dans le cas d'un test appari?.
paired : la fonction fait un test appari? si paired=TRUE
... : Accepte tout param?tre reconnu par la fonction wilcox.test



Valeurs



renvoie le r?sultat du test

Voir aussi



Test de Wilcoxon avec RQuery]]> Mon, 22 Aug 2011 21:07:22 +0200 <![CDATA[rquery.var_test]]> https://www.sthda.com/french/wiki/rquery-var-test https://www.sthda.com/french/wiki/rquery-var-test Description

Test F : Comparaison de 2 variances

Utilisation



Code R :
 
 
rquery.var_test(data=NULL, file="", var, grpName=NULL,...)
 
 


Arguments



data : matrice; les variables sont en colonne.
file : fichier contenant les donn?es.
Il faudrait indiquer ? la fonction soit data, soit file. Si data n'est pas indiqu?, alors la fonction demandera automatiquement d'indiquer le chemin d'un fichier txt tabulation contenant les donn?es.

var : Nom de la variable d'int?r?t.
grpName: Nom de groupe.

Voir aussi



Test F: Comparaison de deux variances avec RQuery]]> Sun, 21 Aug 2011 22:05:38 +0200 <![CDATA[rquery.anova]]> https://www.sthda.com/french/wiki/rquery-anova https://www.sthda.com/french/wiki/rquery-anova Description

Cette fonction fait une analyse de variance (ANOVA)

Utilisation



Code R :
 
 
rquery.anova(data=NULL, file="", varName, grpName, open.outputFile=TRUE)
 
 


Arguments



data : matrice; les variables sont en colonne.
file : fichier contenant les donn?es.
Il faudrait indiquer ? la fonction soit data, soit file. Si data n'est pas indiqu?, alors la fonction demandera automatiquement d'indiquer le chemin d'un fichier txt tabulation contenant les donn?es.

varName : Nom de la variable d'int?r?t.
grpName: Nom de groupe.
open.outputFile: Ouvre le fichier r?sultat si valeur = TRUE


Voir aussi



Analyse de variance avec RQuery]]> Sun, 21 Aug 2011 21:13:40 +0200 <![CDATA[rquery.summary]]> https://www.sthda.com/french/wiki/rquery-summary https://www.sthda.com/french/wiki/rquery-summary Description

Cette fonction cr?e une table format?e contenant la moyenne, le SD et les quartiles pour une variable num?rique.
Si grpName est indiqu? le r?sum? est fait pour chaque groupe

Utilisation



Code R :
 
 
rquery.summary (data=NULL, file="", varName, statistics = c("mean", "sd", "quantiles"), quantiles = c(0, 
    0.25, 0.5, 0.75, 1), grpName)
 


Arguments



data : matrice; les variables sont en colonne.
file : fichier contenant les donn?es.
Il faudrait indiquer ? la fonction soit data, soit file. Si data n'est pas indiqu?, alors la fonction demandera automatiquement d'indiquer le chemin d'un fichier txt tabulation contenant les donn?es.

varName : Nom de la variable d'int?r?t.
statistics : peut prendre comme valeur la moyenne "mean", l'?cart type "sd" ou les quartiles "quantiles". Par d?faut les valeurs correspondants aux 3 options sont affich?es.
quantiles : les quantiles ? calculer. Par d?faut : c(0, 0.25, 0.5, 0.75, 1)
grpName: Nom de groupe (optionnel).


Valeurs



renvoie un objet de type numSummary contenant la table statistique

Voir aussi



Statistiques descriptives avec RQuery]]> Sun, 21 Aug 2011 12:45:38 +0200 <![CDATA[rquery.coxph]]> https://www.sthda.com/french/wiki/rquery-coxph https://www.sthda.com/french/wiki/rquery-coxph Description

Mod?le de r?gression cox


Utilisation



Code R :
 
 
rquery.coxph(data=NULL, file="", eventName="", timeName="", varName="",
                       type=c("univariate", "multivariate"), time.sleep=0)                     
 
 


Arguments



data : matrice; les variables sont en colonne.
file : fichier contenant les donn?es.
Il faudrait indiquer ? la fonction soit data, soit file. Si data n'est pas indiqu?, alors la fonction demandera automatiquement d'indiquer le chemin d'un fichier txt tabulation contenant les donn?es.

eventName : Nom de la colonne contenant l'ev?nement
timeName : Nom de la colonne contenant le temps
varName : vecteur contenant le(les) nom(s) des variables pour lesquelles on souhaite faire le cox.
type : Le type peut ?tre "univariate" (cox univari? pour chacune des variables contenues dans varName) ou "multivariate" (cox multivari? pour la liste de variable contenue dans varName).
time.sleep: Met R en pause pendant un certain temps correspondant ? la valeur que vous aurez donn?e ? 'time.sleep' en seconde.
Ne modifiez pas la valeur de time.sleep

Valeurs



Enregistre un fichier txt ouvert ? la fin de l'ex?cution de la fonction

Voir aussi



Mod?le de r?gression Cox avec RQuery]]> Fri, 19 Aug 2011 20:43:13 +0200 <![CDATA[rquery.survival]]> https://www.sthda.com/french/wiki/rquery-survival https://www.sthda.com/french/wiki/rquery-survival Description

Fait des courbes de survie de type kaplan-Meier


Utilisation



Code R :
 
rquery.survival(data=NULL, file="", eventName="", timeName="", varName="",
                            legend=TRUE, plotSignificantOnly=FALSE, display=c("survStatistic", "survMedian", "survTable"),
                            color=c('green','red', 'blue','orange','magenta','cyan','yellow','gray'),                          
                           output=c("screen", "html","none"), new.plot=F, time.sleep=0)                        
 
 


Arguments



data : matrice; les variables sont en colonne.
file : fichier contenant les donn?es.
Il faudrait indiquer ? la fonction soit data, soit file. Si data n'est pas indiqu?, alors la fonction demandera automatiquement d'indiquer le chemin d'un fichier txt tabulation contenant les donn?es.

eventName : Nom de la colonne contenant l'ev?nement
timeName : Nom de la colonne contenant le temps
varName : vecteur contenant le(les) nom(s) des variables pour lesquelles on souhaite faire les courbes de survie. Si varName contient une liste de variable, un fichier pdf est g?n?r? contenant l'ensemble des graphiques. VarName peut avoir ?galement des valeurs num?riques correspondant aux num?ros de colonnes des variables d'int?r?t
legend :Affiche la l?gende du graphique si valeur=TRUE
plotSignificantOnly : Si valeur=TRUE, fait le graphique de la courbe de survie si seulement si la statistique est significative (p<0.05)
display : Le r?sultat ? afficher. Par d?faut, la statistique, la m?diane de survie et la table de survie sont montr?es. Si vous souhaitez afficher uniquement la statistique, faites display=c("survStatistic")
color : Couleurs des groupes. Il faut autant de couleurs que de groupes
output : Permet d'afficher les r?sultats soit ? l'?cran ou enregistre un fichier html contenant les donn?es. Il peut prendre les valeur "none" (rien faire) , "screen" (Affichage ? l'?cran) ou "html" (enregistrement d'un fichier html)
new.plot : Utilisation d'une nouvelle fen?tre de dessin si valeur = TRUE.
time.sleep: Met R en pause pendant un certain temps correspondant ? la valeur que vous aurez donn?e ? 'time.sleep' en seconde.
Ne modifiez pas la valeur de time.sleep

Valeurs



Retourne une liste:

fit : r?sultat de la fonction survfit. Contient la m?diane de survie
dif : r?sultat de la fonction survdiff. Contient la statistique (log-rank, p.value)
ngrp: Nombre de groupes
chisq: log-rank
pValue: P value correspondant au log-rank
HR: Hazard ratio
prognostic : valeur prognostic


Voir aussi



Courbe de survie avec RQuery]]> Thu, 18 Aug 2011 23:58:41 +0200