R?seau d'interaction prot?ine-prot?ine pour une liste de g?nes dans R

Fri, 15 Jun 2012 23:53:01 +0200

Construire un r?seau d'interactions entre un groupe de g?nes peut aider beaucoup dans la compr?hension des relations entre les ?l?ments de votre liste de g?nes. Il peut sembler difficile ? premier abord de construire un tel r?seau, mais il est moins compliqu? qu'il n'y para?t. Voici une approche que j'utilise.

Les ressources pour obtenir des informations d'interactions prot?ine-prot?ine (PPI, pour proteine-proteine interaction) sont nombreuses. Malheureusement, il n'existe pas une base de donn?es centrale pour ces interactions. Ils existent plusieurs bases de donn?es telles que : IntAct, BioGRID, HPRD, STRING,...

Pour utiliser les API (Application Programming Interface ou Interface de Programmation) d?velopp?es pour interroger ces bases de donn?es, il faudrait du temps. Heureusement, la page web NCBI Entrez gene compile les interactions de BioGRID et HPRD. Ceci est un compromis raisonnable et robuste. D'autres parts, nous pouvons utiliser le package XML de R pour analyser la page Web.

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Mon, 04 Jun 2012 22:55:01 +0200

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Actualités - STHDA : R

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