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R2XLSX : lire, ?crire et formater un document Excel dans R

Sun, 28 Jul 2013 07:35:00 +0200

R2XLSX est un fichier contenant un ensemble de fonctions R, que j'ai ?crite, permettant de lire et ?crire un fichier Excel dans R de mani?re simple et rapide. Il offre ?galement la possibilit? d'ajouter des graphiques et de formater les donn?es.

Installation

Pour pouvoir utiliser les fonctions contenues dans le fichier R2XLSX, vous devez ex?cuter le code suivant ? chaque session R. Les fonctions d?pendent du package xlsx. Le package xlsx est automatiquement install? par le script dans le cas o? il n'existe pas.

Code R :

 
source("https://www.sthda.com/french/upload/r2xlsx.r")

Les fonctions disponibles

xlsx.addPlot pour ajouter un graphique.
xlsx.addParagraph pour ajouter un paragraphe de textes
xlsx.addTable pour ajouter des tables.
xlsx.addHeader pour ajouter des titres.
xlsx.addLineBreak pour ajouter un saut de ligne.
xlsx.addHyperlink pour ajouter un lien hypertext.
xlsx.readFile pour lire un fichier excel.
xlsx.writeFile pour ?crire un fichier excel.
xlsx.openFile pour ouvrir le fichier excel.

Votre premier document Excel

Code R :

 
source("https://www.sthda.com/french/upload/r2xlsx.r")
 
#create an Excel workbook. Both .xls and .xlsx file formats can be used.
filename <- "Example1.xlsx"
wb <- createWorkbook(type="xlsx")
#Create a sheet in that workbook to contain the table
sheet <- createSheet(wb, sheetName = "example1")
 
#Add header
#+++++++++++++++++++++++++++++++
xlsx.addHeader(wb, sheet, value="Add table",level=1, color="black", underline=1)
xlsx.addLineBreak(sheet, 1)
 
#Add Text :Author
#+++++++++++++++++++++++++++++++
xlsx.addText(wb, sheet, 
             value="Author : Alboukadel KASSAMBARA. \n@:alboukadel.kassambara@gmail.com.\n Website : http://ww.sthda.com",
             isItalic=TRUE, colSpan=5, rowSpan=3, fontColor="darkgray", fontSize=14)
xlsx.addLineBreak(sheet, 3)
 
#Add table
#+++++++++++++++++++++++++++++++
xlsx.addTable(wb, sheet, head(iris), startCol=2)
xlsx.addLineBreak(sheet, 2)
 
#saving a workbook to an Excel file and writes the file to disk.
saveWorkbook(wb, filename)
 
#View the file
xlsx.openFile(filename)

Ajout de titre

Code R :

 
#......
#Don't forget to create a workbook and a sheet as previously
#......
#Header
#**************************************
#header level 1
xlsx.addHeader(wb, sheet, value="Header 1",level=1, color="black")
#header level 2
xlsx.addHeader(wb, sheet, value="Header 2",level=2, color="black")
#header level 3
xlsx.addHeader(wb, sheet, value="Header 3",level=3, color="black")
#header level 4
xlsx.addHeader(wb, sheet, value="Header 4",level=4, color="black")
#header level 5
xlsx.addHeader(wb, sheet, value="Header 5",level=5, color="black")
#header level 6
xlsx.addHeader(wb, sheet, value="Header 6",level=6, color="black")
 
#......
#Don't forget to save the workbook
#......

Ajout de textes

Code R :

 
#......
#Don't forget to create a workbook and a sheet as previously
#......
 
# Add texts
#**************************************
#Add Text :Author
#+++++++++++++++++++++++++++++++
xlsx.addHeader(wb, sheet, value="Author",level=2, color="black", underline=1)
xlsx.addText(wb, sheet, value="Author : Alboukadel KASSAMBARA. \n@:alboukadel.kassambara@gmail.com.\n Website : http://ww.sthda.com",
             isItalic=TRUE, colSpan=5, rowSpan=3, fontColor="darkgray", fontSize=14)
xlsx.addLineBreak(sheet, 3)# Three line breaks
 
#Add paragraph
#+++++++++++++++++++++++++++++
xlsx.addHeader(wb, sheet, " Add paragraph", level=2, underline=1)
xlsx.addLineBreak(sheet, 2)
paragraph="Lorem Ipsum is simply dummy text of the printing and typesetting industry. Lorem Ipsum has been the industry's standard dummy text ever since the 1500s, when an unknown printer took a galley of type and scrambled it to make a type specimen book. It has survived not only five centuries, but also the leap into electronic typesetting, remaining essentially unchanged."
#customized
xlsx.addParagraph(wb, sheet, paragraph, fontSize=14, isItalic=TRUE, 
                  fontColor="darkred", backGroundColor="gray")
xlsx.addLineBreak(sheet, 2)
#......
#Don't forget to save the workbook
#......

Ajouter un hyperlien

Code R :

 
#......
#Don't forget to create a workbook and a sheet as previously
#......
#Header
#**************************************
 
#Add Hyperlink
#+++++++++++++++++++++++++++++
xlsx.addHeader(wb, sheet, " Add Hyperlink", level=2, underline=1)
xlsx.addLineBreak(sheet, 1)
xlsx.addHyperlink(wb, sheet, "https://www.sthda.com", "Click-me!!", fontSize=12)
xlsx.addLineBreak(sheet, 2)
 
#......
#Don't forget to save the workbook
#......

Ajouter une table

Code R :

 
#......
#Don't forget to create a workbook and a sheet as previously
#......
 
#Add table
#+++++++++++++++++++++++++++++
#add iris data using default settings
data(iris)
#header
xlsx.addHeader(wb, sheet, value="Add table",level=2, color="black", underline=1)
xlsx.addLineBreak(sheet, 1)
 
#header
xlsx.addHeader(wb, sheet, value="Simple Table",level=3, color="black")
xlsx.addLineBreak(sheet, 1)
xlsx.addTable(wb, sheet, head(iris), startCol=2)
xlsx.addLineBreak(sheet, 2)
 
#Customized table : column data format
xlsx.addHeader(wb, sheet, value="Customized table : font color and size",
               level=3, color="black")
xlsx.addLineBreak(sheet, 1)
xlsx.addTable(wb, sheet, data= head(iris),
              fontColor="darkblue", fontSize="16"             
)
xlsx.addLineBreak(sheet, 2)
#......
#Don't forget to save the workbook
#......

Ajouter un graphique

Boxplot basic

Code R :

 
#......
#Don't forget to create a workbook and a sheet as previously
#......
#Add Plot
#+++++++++++++++++++++++++++++
#boxplot
data(ToothGrowth)
xlsx.addHeader(wb, sheet, " Add Plot", level=2, underline=1)
xlsx.addLineBreak(sheet, 1)
plotFunction<-function(){boxplot(len ~ dose, data = ToothGrowth,
                                 subset = supp == "VC", col = "yellow",
                                 main = "Guinea Pigs' Tooth Growth",
                                 xlab = "Vitamin C dose mg", ylab = "tooth length",
                                 xlim = c(0.5, 3.5), ylim = c(0, 35), yaxs = "i")
}
xlsx.addPlot(wb, sheet, plotFunction())
#......
#Don't forget to save the workbook
#......

GGPLOT2 : Courbe de densit?

Code R :

 
#......
#Don't forget to create workbook and sheet as previously
#......
#Add Plot
#+++++++++++++++++++++++++++++
#ggplot2
rquery.loadPackages("ggplot2")#for plot
set.seed(1234)
df <- data.frame(cond = factor( rep(c("A","B"), each=200) ), 
                 rating = c(rnorm(200),rnorm(200, mean=.8)))
 
# Density plots with semi-transparent fill
xlsx.addHeader(wb, sheet, "Density plots with semi-transparent fill", level=2, underline=1)
xlsx.addLineBreak(sheet, 1)
 
gg.p<-ggplot(df, aes(x=rating, fill=cond)) + geom_density(alpha=.3)
xlsx.addPlot(wb, sheet, function(){print(gg.p)})
#......
#Don't forget to save the workbook
#......

Lire un fichier Excel

Code R :

 
file <- system.file("tests", "test_import.xlsx", package = "xlsx")
res <- xlsx.readFile(file, 1)  # read first sheet
head(res)

Ecrire un fichier Excel

LA fonction suivante permet d'?crire une table de donn?es dans un fichier excel.

Code R :

 
res <- xlsx.writeFile(USArrests, file="USArrests.xlsx", sheetName="USArrests")

Un document Excel complet

Le script complet utilis? pour cr?e le document word suivant est t?l?chargeable ici : howToUse_R2XLSX.R

Le fichier Excel est t?l?chargeable en cliquant sur le lien suivant:R2XLSX_Example1.xlsx

Document Excel complet

Utilisation avanc?e - prototype des fonctions

Les prototypes des fonctions sont montr?es ci-dessous pour une utilisation avanc?e.

xlsx.addHeader

Code R :

 
#****************************************
#Add header :sheet title and subtitle
#****************************************
#wb :workbook object
#sheet : sheet object
#value : your header value
#level : header level; possible value (1 to 6)
#startRow : row index to start to write
#startCol : col index to start to write
#rowBreak : number of rows to jump before appending the data
#underline : a numeric value specifying the thickness of the underline.
#Allowed values are 0, 1, 2.
xlsx.addHeader(wb, sheet, value="Header", level=1, color="#FFFFFF",
                         startRow=NULL, startCol=2, underline=c(0,1,2))

xlsx.addText

Code R :

 
#****************************************
#Add Text : add a simple line text
#****************************************
#the function is similar to xlsx.addParagraph
#wb :workbook object
#sheet : sheet object
#value : paragraph text
#fontColor: text color. default is black. value : all colors returned by colors() can be used
#backGroundColor : fill color of the cell
#fontSize : text size
#isBold : if TRUE, the text is written in bold format
#isItalic : if TRUE, the text is written in italic format
#startRow : row index to start to write
#startCol : col index to start to write
#colSpan : number of column to be merged (paragraph : width)
#rowSpan : number of rows to be merged corresponding to paragrath height
xlsx.addText(wb,sheet, value, fontColor="#FFFFFF", fontSize=12, backGroundColor="#FFFFFF",
                            isBold=FALSE, isItalic=FALSE,
                            startRow=NULL, startCol=2, colSpan=1, rowSpan=1)

xlsx.addParagraph

Code R :

 
#****************************************
#Add paragraph
#****************************************
#wb :workbook object
#sheet : sheet object
#value : paragraph text
#fontColor: text color. default is black. value : all colors returned by colors() can be used
#fontSize : text size
#backGroundColor : fill color of the cell
#isBold : if TRUE, the text is written in bold format
#isItalic : if TRUE, the text is written in italic format
#startRow : row index to start to write
#startCol : col index to start to write
#colSpan : number of column to be merged (paragraph : width)
#rowSapn : number of rows to be merged corresponding to paragrath height
xlsx.addParagraph(wb,sheet, value, fontColor="#FFFFFF", fontSize=12, backGroundColor="#FFFFFF",
                            isBold=FALSE, isItalic=FALSE,
                            startRow=NULL, startCol=2, colSpan=10, rowSpan=5)

xlsx.addHyperlink

Code R :

 
#****************************************
#Add Hyperlink
#****************************************
#wb :workbook object
#sheet : sheet object
#value : paragraph text
#fontColor: text color. default is black. value : all colors returned by colors() can be used
#fontSize : text size
#isBold : if TRUE, the text is written in bold format
#isItalic : if TRUE, the text is written in italic format
#startRow : row index to start to write
#startCol : col index to start to write
xlsx.addHyperlink(wb,sheet, address, friendlyName, 
                            fontColor="blue", fontSize=12,
                            isBold=FALSE, isItalic=FALSE, startRow=NULL, startCol=2)

xlsx.addLineBreak

Code R :

 
#****************************************
#Add Line break to the sheet
#****************************************
#wb :workbook object
#sheet : sheet object
#value : your header value
#level : header level; possible value (1 to 6)
#startRow : row index to start to write
#startCol : col index to start to write
#numberOfLine : number of rows to jump before appending the data
xlsx.addLineBreak(sheet, numberOfLine=1)

xlsx.addTable

Code R :

 
#****************************************
#add table 
#****************************************
#wb :workbook object
#sheet : sheet object
#data : data frame
#level : header level; possible value (1 to 6)
#startRow : row index to start to write
#startCol : col index to start to write
#rowBreak : nimber of rows to jum before appending the data
#if col.names and row.names : column and row names  are written
#fontColor : color of text
#fontSize : text size
#rownamesFill: background color of table row names
#colnamesFill : background color of table column names
#rowFill : background color of pair rows (i.e : 2, 4, 6). For table styling.
#mergedColumnForRownames : number of column to merge for rownames. 
#Be carrefull : using mergedColumnForRownames is a  very slow process
xlsx.addTable(wb, sheet, data, startRow=NULL,startCol=2,
                        col.names=TRUE, row.names=TRUE, columnWidth=14,
                        fontColor="#FFFFFF", fontSize=12, rownamesFill="white", colnamesFill="white", rowFill="white",
                        mergedColumnForRownames=1,   ...)

xlsx.addPlot

Code R :

 
#****************************************
#add Plot 
#****************************************
#wb :workbook object
#sheet : sheet object
#startRow : row index to start to write
#startCol : col index to start to write
#plotFunction: plot function
xlsx.addPlot( wb, sheet, plotFunction, startRow=NULL,startCol=2,
               width=480, height=480,... )

xlsx.writeFile

Code R :

 
#****************************************
#Write a data.frame to an Excel workbook
#****************************************
#data : data frame
#file : output file name
#if col.names and row.names : column and row names  are written
#append :if TRUE data should be appended to an existing file. 
#usage : res <- xlsx.writeFile(USArrests, file="USArrests.xlsx", sheetName="USArrests")
xlsx.writeFile(data, file, sheetName="Sheet1",
               col.names=TRUE, row.names=TRUE, append=FALSE, ...)

xlsx.readFile

Code R :

 
#****************************************
#Read a data.frame from an Excel workbook
#****************************************
#file :the path to the file to read
#sheetIndex: a number representing the sheet index in the workbook.
#startRow : index of starting row
#colIndex: a numeric vector indicating the cols you want to extract. If NULL, all columns found will be extracted
#endRow: The index of the last row to pull. If NULL, read all the rows in the sheet.
#header : if TRUE, the first row is considered as row names
#usage : 
#file <- system.file("tests", "test_import.xlsx", package = "xlsx")
#res <- xlsx.readFile(file, 1)  # read first sheet
#head(res)
xlsx.readFile(file, sheetIndex=1, startRow=1, colIndex=NULL, endRow=NULL, header=TRUE,...)

xlsx.openFile

Code R :

 
#++++++++++++++++++++++++++++
#Open file
#++++++++++++++++++++++++++++
xlsx.openFile(filename)

Voir aussi

XLConnect: lire, ?crire et manipuler des fichiers Microsoft Excel ? partir de R

R2DOCX : Cr?er un document word avec R

Sat, 06 Jul 2013 08:26:00 +0200

Deux possibilit?s pour g?n?rer un document word. Soit avec Knitr et pandoc ou avec R2DOCX.

Pandoc : Convertir un document Markdown vers d'autres formats

Pour plus de d?tails cliquez-ici

La fonction pandoc() est incluse dans le package knitr (version 1.2) permettant de convertir des documents Markdown ? d'autres formats tels que Latex/PDF, HTML et word (.doc, .docx).

Cette fonction permet juste d?ex?cuter de mani?re simple la ligne de commande suivante:
Code R :

 
FILE <- "example"
system(paste0("pandoc -o ", FILE, ".docx ", FILE, ".md"))

Pour le fichier.md, le chemin absolu est necessaire.
Utilisez donc la commande :
Code R :

 
commande<-paste("pandoc -o ",  "myfile.docx ", getwd(), "/myfile.md ", sep="")
system(commande)

Pour installer pandoc suivre ce lien

Utilisation simple

Code R :

 
library(knitr)
pandoc('foo.md', format='html')  # HTML
pandoc('foo.md', format='latex') # LaTeX/PDF
pandoc('foo.md', format='docx')  # MS Word
pandoc('foo.md', format='odt')   # OpenDocument

Cr?er un document word avec R2DOCX

R2DOCX permet de cr?er, de mani?re simple, un document word ? partir d'un template ou pas, d'ins?rer des graphiques et des tables.

Une documentation est compl?te est fournie ici
Un exemple est montr? ici

Installation

Compatibilit? R >= 3.0

Code R :

 
install.packages("devtools")
devtools::install_github('R2DOC', 'davidgohel')
devtools::install_github('R2DOCX', 'davidgohel')

Pour les utilisateurs de Mac :

Code R :

 
Sys.setenv(NOAWT=1) #prevents usage of awt.[http://cran.r-project.org/doc/manuals/r-devel/R-admin.html#Java-_0028OS-X_0029]
install.packages("devtools")
devtools::install_github('R2DOC', 'davidgohel')
devtools::install_github('R2DOCX', 'davidgohel')

Les fonctions disponibles

addPlot pour ajouter un graphique.
addParagraph pour ajouter un paragraphe de textes
addTable pour ajouter des tables.
addHeader pour ajouter des titres.
addTOC pour ajouter une table des mati?res.
addPageBreak pour ajouter un saut de page.
addLineBreak pour ajouter un saut de ligne.
replaceText pour remplacer du texte.

Votre premier document

Code R :

 
Sys.setenv(NOAWT=1) #prevents usage of awt - required on Mac
library(R2DOCX)
# Nom du fichier ? cr?er
docx.file <- "document.docx"
# Objet Docx ? manipuler
doc <- new ("Docx", title = "My example" )
#ajouter une table
doc = addTable( doc, iris[1:10,] )
# Ajouter du texte
doc <- addParagraph( doc, value = "Hello World!", stylename = "Normal" )
# ajouter un graphique
doc = addPlot( doc, function() plot( rnorm(10), rnorm(10) )
               , width = 10, height = 8
)
# Ecriture du fichier 
writeDoc( doc, docx.file )

Cr?er un document word ? partir d'un template

Code R :

 
# document word ? cr?er
docx.file = "document.docx"
# Document word ? utiliser comme template
template.file = file.path( find.package("R2DOCX"), "templates/TEMPLATE_01.docx", fsep = "/" )
# Cr?er un nouveau objet
doc = new("Docx"
, title = "My example" 
, basefile = template.file
)
# Dans le document de base, 2 mots cl?s existent- Rempla?ons les
doc = replaceText( doc, pattern = "AUTHOR", replacement = "John Doe" )
doc = replaceText( doc, pattern = "DATE", replacement = date() )

Titre principal

Code R :

 
#Titre principale
#**************************************
doc = addParagraph( doc, value = "Exemple", stylename = "TitleDoc" )
doc = addPageBreak( doc ) #saut de page

Table des mati?res

Code R :

 
#Table des mati?re (table of content : TOC)
#**************************************
#On vous demandera de mettre ? jour la table de mati?res
#la pr?mi?re fois que le document sera ouvert
doc = addHeader(doc, "Table des mati?res", 1);
doc = addTOC(doc)
doc = addPageBreak( doc )#saut de page

Ajout de textes (Normal et liste)

Code R :

 
# Ajout de textes (normal and liste)
#**************************************
doc = addHeader(doc, "Dataset presentation", 1);
#texte normal
doc = addParagraph( doc, value = "Dataset 'measured.weights' is set of weights measurements collected on few people before savate training.", stylename = "Normal" )
#liste non ordonn?e
texts = c( "Column 'gender' is the subject gender." 
           , "Column 'id' is the unique subject identifier." 
           , "Column 'cat' is the subject weight category." 
           , "Column 'competitor' tells wether or not subject practice competition." 
           , "Column 'day' is the day of measurement." 
           , "Column 'weight' is the measured weight." 
)
doc = addParagraph( doc, value = texts, stylename = "BulletList" )

Formatage conditionnel du texte

La fonction addParagraph permet d'ajouter simplement du texte comme montr? ci-dessus. Elle peut ?galement ?tre utilis?e pour faire du remplacement de textes et du formatage conditionnel.

Code R :

 
# template text
x = "[animal] eats [food]."
# define formatting properties for replacement text ? see chapter "styles"
textProp = textProperties( color = "blue" )
replacement.styles = list( animal= textProp, food= textProp )
# define replacement text
replacements = list( animal = "donkey", food = "grass" )
doc <- addParagraph( doc, value = x, stylename = "Normal"
                     , replacements = replacements
                     , replacement.styles = replacement.styles
)

La fonction textProperties
Code R :

textProperties(color = "black", font.size = 10
, font.weight = "normal", font.style = "normal"
, font.family = "Arial" )

color: couleur de la police; font.size: taille en pixel; font.weight : "normal" ou "bold"; font.style: "normal" ou "italic"; font.family: police.

Ajouter une table

Table simple:

Code R :

 
# Ajouter une table
#**************************************
# Table utilisee
data( measured.weights )
doc = addHeader(doc, "Dataset", 1);
doc = addHeader(doc, "Dataset first lines", 2);
#Table simple
doc = addTable( doc
                , data = head( measured.weights, n = 10 )
                , formats = get.light.formats()
)
doc = addLineBreak( doc )#saut de ligne

Renommer les ent?tes de la table:

Avant d'avoir renomm? :

Code R :

 
doc = addTable( doc, data = weights.summary)

Apr?s avoir renomm? :

Code R :

 
doc = addTable( doc
, data = weights.summary
, header.labels = list("id" = "Subject Identifier", "avg.weight" = "Average Weight"
, "regularity" = "Regularity", "visit.n" = "Number of visits", "last.day" = "Last visit"
) # columns labels to display
)

Table simple personnalis?e avec fusion des lignes :

Dans la table ci-dessous, les lignes sont fusionn?es sur la colonne 'day'. La colonne 'gender' est color?e en fonction du genre.

Code R :

 
# simple addTable with row merging on 'day' column
doc = addHeader(doc, "Dataset last lines", 2);
sampledata = tail( measured.weights[ order(measured.weights$day), ], n = 20 )
doc = addTable( doc
, data = sampledata
, span.columns = c("day")
, col.colors = list( "gender" = ifelse( sampledata$gender == "male" , "#00c2ff", "#ffcdd1") )
)

Table personnalis?e avec ent?tes group?es:

Dans cette table les ent?tes ont ?t? renomm?es, des ent?tes group?es sont cr?es, le type des colonnes est pr?cis? (%, entier, caract?re, nombre d?cimal, date). Les valeurs de la colonne "Regularity" ont ?t? color?es en fonction de la valeur (couleur grise si < 0.5 et bleu si >= 0.5).

Code R :

 
# customized table
doc = addHeader(doc, "Dataset summary", 1);
doc = addTable( doc
, data = weights.summary
, header.labels = list("id" = "Subject Identifier", "avg.weight" = "Average Weight"
, "regularity" = "Regularity", "visit.n" = "Number of visits", "last.day" = "Last visit"
) # columns labels to display
, grouped.cols=list( "id" = "id"
, "Summary" = c( "avg.weight",  "regularity", "visit.n", "last.day" ) 
) # grouped headers line to add before headers line
, col.types = list( "id" = "character", "avg.weight" = "double"
, "regularity" = "percent", "visit.n" = "integer"
, "last.day" = "date" ) # reporting types of each columns 
, col.fontcolors = list( "regularity" = ifelse( weights.summary$regularity < 0.5 , "gray", "blue") ) # customized font colors for column "regularity"
)

Ajouter un graphique

Code R :

 
# Ajouter un grahique
#**************************************
doc = addPageBreak( doc )
doc = addHeader(doc, "Graphics", 1);
doc = addPlot( doc,
               function() boxplot(measured.weights$weight ~ measured.weights$id,
                                  xlab = "Subjects", ylab = "Weights" , col = "#0088cc",
                                  legend = "My boxplot"),
               width=7, height=7
              )

Remplacement de texte

Pour remplacer le mot cl? "AUTHOR", dans le document word, avec "Pearson" :

Code R :

 
doc = replaceText( doc, "AUTHOR", "Pearson")

Les styles de titres disponibles dans votre document

Code R :

 
doc <- new("Docx", title = "My example" )
styles( doc )
# [1] "Normal"                  "Titre1"                  "Titre2"                 
# [4] "Titre3"                  "Titre4"                  "Titre5"                 
# [7] "Titre6"                  "Titre7"                  "Titre8"                 
#[10] "Titre9"                  "Policepardfaut"          "TableauNormal"          
# ...
doc <- setHeaderStyle(doc, stylenames = c("Titre1", "Titre2", "Titre3", "Titre4", "Titre5", "Titre6", "Titre7", "Titre8", "Titre9" ) ) 
doc = addHeader( doc, "title 1", 1 )

Un document word complet

Le script complet utilis? pour cr?e le document word suivant est t?l?chargeable ici : R2DOCX.r

Document word complet

Voir Aussi

R2XLSX : lire, ?crire et formater un document Excel dans R

R et LaTeX: Sweave avec Rstudio

Sat, 08 Jun 2013 10:09:00 +0200

Sweave, un m?lange de R et du code LATEX, permet de g?n?rer automatiquement un document contenant du code R, les r?sultats de ces codes et des commentaires. Ceci permet un gain de temps tr?s important permettant de g?n?rer des analyses reproductibles en cas d??ventuel changement des donn?es.

Un article sur LaTeX est disponible en suivant ce lien : https://www.sthda.com/articles/articles-19-53+latex.php

Logiciels r?quis

Il faudrait installer R, RStudio et les outils Latex ( http://latex-project.org/ftp.html).

Proc?dure

1- A partir de Rstudio, cr?er un fichier .Rnw en cliquant sur Fichier -> Nouveau -> R Sweave -> ?crire et enregistrez votre document : myfile.Rnw
2- Compiler votre fichier en .pdf

Lors de la compilation le fichier myfile.Rnw est tout d'abord converti en fichier LaTeX myfile.tex

Squelette du fichier *.Rnw

Les codes R sont inclus entre les balises <<>>= et @ qui d?finissent ce que l'on appelle "chunk" :

Code LATEX :

 
\documentclass[a4paper]{article}
\title{Titre de mon document}
\author{A Kass}
\usepackage[latin1]{inputenc} % Encodage pour ?criture de document en fran?ais
\begin{document} %D?but du document
\maketitle %Permet la cr?ation d'une page de garde (Autheur, Titre, Date)
.
.
<<>>=
VOTRE CODE R ICI
@
.
.
\end{document} %Fin du document

Les options basiques du chunk (morceaux de codes R)

label : nom du chunk
echo : TRUE/FALSE. Affichage des commandes. Si TRUE, le code est affich?. Valeur par d?faut : TRUE.
fig : TRUE/FALSE. Cr?ation d'un figure. Si TRUE, le graphique cr?? par le code est inclus. Valeur par d?faut : FALSE.
eval: TRUE/FALSE. Si FALSE, le morceau de code n'est pas ex?cut?. Valeur par d?faut : TRUE.
results: verbatim/hide/tex. Affichage des r?sultats des commandes. Si verbatim, le r?sultat est affich? comme dans l'environnement R. Si tex, le r?sultat du code est consid?r? comme du Latex et il est inclus comme tel. Si hide, le code est ex?cut? mais le r?sultat est non affich?. Valeur par defaut : verbatim.
prefix:TRUE/FALSE. If TRUE, les figures g?n?r?es et l'output ont le m?me prefix. Valeur par d?faut : TRUE.
prefix.string: prefix des fichiers g?n?r?s. La valeur par d?faut est le nom du fichier .Rnw.
include: TRUE/FALSE. Indique si le r?sultat text ou figure doit ?tre int?gr? automatiquement. Utilisez include=FALSE, si le r?sultat doit appara?tre ? un endroit diff?rent du morceau de code (en pla?ant le r?sulat manuellement).
eps: TRUE/FALSE. G?n?re des figures EPS.
width: Largeur des figures en inch (6).
height:Hauteur des figures en inch (6).

Les options peuvent ?tre configur?es globalement au d?but du fichier (et peuvent ?tre chang?es ailleurs au cas par cas) en utilisant la commande :
\SweaveOpts(option1=value1,option2=value2,...)

Les options width et height correspondent ? la taille du graphique g?n?r? par R. Elles ne correspondent pas ? la taille du graphique inclus dans le document Latex.

Pour changer la taille de la figure incluse dans le Latex, utiliser la commande :
\setkeys{Gin}{width=0.8\textwidth} et changer 0.8 avec une autre valeur.
On peut ?galement changer la taille manuellement en utilisant la commande d'inclusion manuelle: \includegraphics

Exemple 1: Test statistique et graphique

Code LATEX :

 
\documentclass[a4paper]{article}
\title{Sweave Example 1}
\author{Alboukadel Kassambara}
\begin{document}
\SweaveOpts{concordance=TRUE}
\maketitle
Dans cet exemple, nous allons inclure un exemple du test kuskal wallis et un boxplot analysant le param?tre ozone en fonction du mois:
 
<<>>=
data(airquality)
kruskal.test(Ozone ~ Month, data = airquality)
@
La table contient \Sexpr{nrow(airquality)} lignes et \Sexpr{ncol(airquality)} colonnes.
Le test montre que la distribution du param?tre Ozone varie significativement de mois en mois. 
Enfin, nous incluons le boxplot des donn?es :
\begin{center}
<>=
boxplot(Ozone ~ Month, data = airquality)
@
\end{center}
\end{document}

\Sexpr{} (comme dans l'exemple 1) permet d?ex?cuter du code R dans la documentation.

Resultat-Sweave-example-1

Exemples 2 : Positionnement manuel d'une figure

Dans cet exemple la figure n'est pas positionn?e ? l'endroit du code ex?cut?. Elle est plac?e manuellement, un peu plus bas, dans le document LaTeX.

Code LATEX :

 
\documentclass[a4paper]{article}
\title{Sweave Exemple 2}
\begin{document}
\SweaveOpts{concordance=TRUE, prefix.string=sthda}
\maketitle
<>=
x<-rnorm(1000)
hist(x, col="lightblue", border="darkblue")
@
Dans cet exemple la figure n'est pas positionn?e ? l'endroit du code ex?cut?. Elle est plac?e manuellement, un peu plus bas, dans le document Latex.
\begin{figure}[h!]
\includegraphics[width=5in]{sthda-histx}
\caption{Histogram of x.} \label{histogram-x}
\end{figure}
\end{document}

Lorsqu'on utilise \begin{figure}, la figure commence sur une nouvelle page. Pour ?viter cela, utilisez \begin{figure}[h!]

Cliquez ici pour voir le PDF

Plusieurs graphiques dans un chunk

Il faudrait utiliser pdf() ou postscript () pour les cr?er et puis les ajouter dans le Latex.

Code LATEX :

 
\begin{center}
<>=
set.seed(672)
for(i in 1:4){
file=paste("myfile", i, ".pdf", sep="")
pdf(file=file, paper="special", width=6, height=6)
plot(rnorm(100)+i)
dev.off()
cat("\\includegraphics[height=2in, width=2in]{"
, file, "}\n", sep="")
}
@
\end{center}

Rappeler un morceau de code R par son nom

Code LATEXT :

 
<>=
x <- 10
@
<>=
x+y
@
<>=
<>
y <- 20
<>
@

Les figures

Code LATEX : \begin{figure} \begin{center} <>= hist(rnorm(1000,0,1) @ \end{center} \caption{Scatter Plot with Regression Line} \label{fig:one} \end{figure}

Les tables

Installer le package xtable :
Code R :
install.packages("xtable")

Code LATEX :
<>= library(xtable) x <- rnorm(100) y <- 4 + 3 * x + rnorm(100, 0, 2) lmodel <- lm(y ~ x) lan <- anova(lmodel) xtable(lmodel, caption = "La legende.", label = "tab:coef" ) @

Il est possible de faire reference a la table en utilisant le code :
\ref{tab:coef} dans le code LATEX.

Exemple 3 : R?f?rencement des Tables et Figures dans la documentation

Code LATEX :
\documentclass[a4paper]{article} \begin{document} \SweaveOpts{concordance=TRUE} <>= library(lattice) library(xtable) data(cats, package="MASS") @ A linear regression model of heart weight by sex and gender can be fitted in R using the command <<>>= lm1 = lm(Hwt~Bwt*Sex, data=cats) lm1 @ Tests for significance of the coefficients are shown in Table~\ref{tab:coef}, a scatter plot including the regression lines is shown in Figure~\ref{fig:cats}. \SweaveOpts{echo=false} <>= xtable(lm1, caption="Linear regression model for cats data.", label="tab:coef") @ \begin{figure} \centering <>= trellis.par.set(col.whitebg()) print(xyplot(Hwt~Bwt|Sex, data=cats, type=c("p", "r"))) @ \caption{The cats data from package MASS.} \label{fig:cats} \end{figure} \begin{center} \end{center} \end{document}

Cliquez ici pour voir le PDF

Extraction du code R ? partir d'un document Latex

La commande suivante permet d'extraire tous les codes R d'un fichier Latex :

Code R :
Stangle("myfile.Rnw")

Un fichier .R est cr??.

Une fonction R pour compiler du Sweave en pdf

Code R :
#usage : ezSweave("sweave-example-4", preview=T) ezSweave<-function(filename, extension='Rnw', preview=TRUE, encoding="ISO-8859-1") { Sweave(paste(filename,".", extension,sep=''), encoding=encoding) library(tools) texi2dvi(paste(filename,".tex",sep=''), pdf=TRUE) if (preview) { system(paste(options('pdfviewer')[[1]],' ',filename,'.pdf',sep='')) } }

Divers

Sweaveinput{AnotherFile.Rnw} : Inclusion d'un autre fichier . Analogue ? la commande Latex \input ou \include
SweaveOpts{keep.source=TRUE} : Permet de garder les commentaires dans le code
SweaveOpts{} : Permet de changer les options par d?faut

RCMDR GGPLOT2

Sun, 09 Dec 2012 12:33:06 +0100
http://www.r-bloggers.com/rggplot2r-bloggersrcmdrplugin-kmggplot2_0-0-3-is-on-cran-now/

Importing Data Into R from Different Sources

Fri, 07 Dec 2012 15:41:17 +0100
http://www.r-bloggers.com/importing-data-into-r-from-different-sources/

Qgraph

Sat, 29 Sep 2012 13:40:01 +0200
http://www.r-bloggers.com/qgraph-version-1-1-0-and-how-to-simply-make-a-gui-using-rpanel/

Lecture de donn?es de cytometrie (format FCS) avec R

Thu, 30 Aug 2012 19:59:01 +0200

Installation du package prada

Code R :
source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("prada")

La fonction readFCS peut ?tre utilis?e pour lire les fichiers au format FCS.

Code R :
library('prada') #selection d'un fichier file=system.file("extdata", "fas-Bcl2-plate323-04-04.A01", package="prada"); #lecture du fichier data <- readFCS(file)

La fonction readFCS retourne un objet de type cytoFrame.

A ce stade deux fonctions peuvent ?tre appliqu?es sur l'objet de type cytoFrame. Ce sont les fonctions description et exprs

La fonction description donne la description de l'exp?rience :

Code R :
#description de data description(data)

La fonction exprs renvoie une matrice contenant les intensit?s de fluorescence. Les lignes correspondent aux cellules et les colonnes correspondent aux diff?rents canaux de fluorescence.

Code R :
exprs(data)[1:6,]

FSC-H SSC-H FL1-H FL2-H FL3-H FL2-A FL4-H Time [1,] 467 532 87 146 14 0 449 2 [2,] 437 431 28 145 16 0 478 2 [3,] 410 214 0 30 7 0 358 2 [4,] 433 204 7 92 0 0 440 2 [5,] 436 413 58 143 0 0 460 2 [6,] 450 230 11 53 0 0 474 2

Les donn?es pr?sent?es ci-dessus ont ?t? acquises par "CellQuest Pro 4.0.2"

Visualisation des donn?es : FSC/SSC

FSC (Forward light scatter) : Mesure de la taille des cellules
SSC(Sideward light scatter) : Mesure de la granulosit? des cellules

Faire un nuage de points SSC-H en fonction de FSC-H :

Code R :
#1- SSC en fonction de FSC x<-exprs(data)[, c("FSC-H", "SSC-H")] plot(x, pch=20, col=densCols(x), cex=0.5)

Pour ajouter un 'gate' automatiquement (?liminant les d?bris cellulaire sur le coin du graphique au niveau de l'origine 0) :

Code R :
#2- Gate scalefac=2 nfit<-fitNorm2(x, scalefac=2) plotNorm2(nfit, ellipse=TRUE, cex=0.5) #3-Gate scalefac=3 nfit<-fitNorm2(x, scalefac=3) plotNorm2(nfit, ellipse=TRUE, cex=0.5)

Le param?tre scalefac permet de contr?ler la largeur de l'ellipse.

1-
2-
3-

La fonction densCols permet de colorer les points en fonction de leur densit? locale.

La valeur nfit retourn?e par la fonction fitNorm2 est une liste. Un des ?l?ments de la liste est un vecteur logic nfit$sel. Il a la m?me longueur que le nombre de points et une valeur TRUE indique que le point est compris dans l'ellipse.

Pour s?lectionner les points contenus dans l'ellipse :

Code R :
data.selected<-data[nfit$sel,]

Le code R suivant permet de faire le graphique du canal FL4-H en fonction de FL1-H en utilisant les donn?es d'origines (data) et les donn?es gat?es (data.selected)

Code R :
myplot<-function(x){ ex<-exprs(x)[, c("FL1-H", "FL4-H")] plot(ex, pch=20, col=densCols(ex), cex=0.5) } myplot(data) myplot(data.selected)

Exploration des matrices de corr?lation

Wed, 29 Aug 2012 18:40:29 +0200
http://www.r-bloggers.com/more-on-exploring-correlations-in-r/

Cr?er une image .gif anim?e avec R et ImageMagick

Thu, 09 Aug 2012 17:40:01 +0200

Le but de ce tutoriel est de vous montrer les ?tapes ? suivre pour cr?er une image gif anim?e avec R et ImageMagick. Il vous faut d'abord installer ImageMagick si vous ne l'avez pas d?j?.

Il est aussi possible de cr?er des images .gif anim?es en utilisant uniquement R, gr?ce ? la fonction write.gif() du package caTools

Les fonctions d?crites dans ce tutotriel ont ?t? test?es sur Mac OS X 10.6.8 avec R 2.13

Exemple 1 : Cr?er un compte ? rebours

code R

Le compte ? rebours d?compte de 10 ? 1. Nous allons le cr?er en 4 ?tapes.

1 - Cr?ation d'un r?pertoire de travail propre que l'on va appeler 'examples'.
2 - Cr?ation des images png, chacune contenant un chiffre ( de 10 ? 1).
3 - Cr?ation d'une seule image .gif en utilisant ImageMagick
4- suppression des fichiers png dont on n'a plus besoin

Ci-dessous le code R correspondant :

Code R :
#cr?ation d'un r?pertoire de travail dir.create("examples") #cr?ation du r?pertoire setwd("examples") # on se place dans le repertoire # Cr?ation des fichiers .png du compte ? rebours de 10 ? "GO!" png(file="example%02d.png", width=200, height=200) for (i in c(10:1, "G0!")){ plot.new() text(.5, .5, i, cex = 6) } dev.off() # Conversion des fichiers .png en un seul fichier .gif avec ImageMagick system("/opt/local/bin/convert -delay 80 *.png example_1.gif") # On supprime les fichiers .png file.remove(list.files(pattern=".png"))

1- La fonction system() ex?cute la commande de conversion comme dans un Terminal (console shell). J'ai mis le chemin absolu vers la commande convert. Dans mon cas c'est : /opt/local/bin/convert. Dans certains cas la commande system("convert -delay 80 *.png example_1.gif") marche.

2- le flag -delay correspond au temps d'affichage entre deux images ( c'est la vitesse de l'animation).
3-La partie "%02d" du nom de fichier permet d'incr?menter automatiquement le nom des fichiers .png gener?s

R?sultat

Le r?sulat est le suivant :

Exemple 2 : cr?ation d'un graphique 3D

Nous allons cr?er une surface 3D pour visualiser un mod?le lin?aire en utilisant le package lattice. Des graphiques 3D peuvent ?tre cr??s ?galement avec le package rgl.

Code R

Code R :
library(lattice) b0 <- 10 b1 <- .5 b2 <- .3 g <- expand.grid(x = 1:20, y = 1:20) g$z <- b0 + b1*g$x + b2*g$y png(file="example%03d.png", width=300, heigh=300) for (i in seq(0, 350 , 10)){ print(wireframe(z ~ x * y, data = g, screen = list(z = i, x = -60))) } dev.off() # conversion du pdf en gif, en utilisant ImageMagick system("/opt/local/bin/convert -delay 40 *.png example_2_reduced.gif") # On efface les fichiers png file.remove(list.files(pattern=".png"))

R?sultat

Source :
http://ryouready.wordpress.com/2010/11/21/animate-gif-images-in-r-imagemagick/

Importation des donn?es dans R ? partir d'internet

Sat, 04 Aug 2012 18:16:01 +0200

Importer un fichier *.txt ? partir d'internet

Importation du fichier decathlon.txt ? partir du site STHDA :

Code R :
data=read.table(file="https://www.sthda.com/upload/decathlon.txt", header=T, row.names=1, sep="\t") #Importation des donn?es print(data) # Affichage des donn?es

Importer un fichier .Rdata ? partir d'internet

Pour cela, il faut d'abord cr?er une connexion avec la fonction url de R. On importe ensuite la connexion.

Code R :
con<-url('https://www.sthda.com/upload/decathlon.rdata') # cr?ation d'une connexion load(con) #importation des donn?es close(con) #fermeture de la connexion print(d) # Affichage des donn?es

T?l?chargement d'un fichier avec R

Pour t?l?charger un fichier ? partir d'internet avec R, on utilise la fonction download.file :

Code R :
download.file(url='https://www.sthda.com/upload/decathlon.rdata', destfile ="decathlon.rdata")

Le fichier sera t?l?charg? et enregistr? dans le r?pertoire courant avec le nom decathlon.rdata