<![CDATA[Derniers articles - STHDA : easyGgplot2]]> https://www.sthda.com (C) 2005-2026 PHPBoost fr PHPBoost <![CDATA[ggplot2.dotplot: Dessiner facilement un dotplot avec le package R ggplot2]]> https://www.sthda.com/french/articles/21-easyggplot2/65-ggplot2-dotplot-dessiner-facilement-un-dotplot-avec-le-package-r-ggplot2/ https://www.sthda.com/french/articles/21-easyggplot2/65-ggplot2-dotplot-dessiner-facilement-un-dotplot-avec-le-package-r-ggplot2/

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Documentation for ggplot2.dotplot
Author : Alboukadel KASSAMBARA
e-mail : alboukadel.kassambara@gmail.com
Date : 2014 - 01 - 19
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Objectif

ggplot2.dotplot est une fonction personnalisée, pour dessiner facilement un dotplot avec le package R ggplot2.


Prérequis: R >= 2.15.1 | ggplot2 >= 0.9.2.1

Sourcer le fichier du script R

Vous devez sourcer le fichier easyGgplot2.r en utilisant le code R suivant.

source("https://www.sthda.com/upload/easyggplot2.r")


Pour utiliser les fonctions contenues dans le fichier easyggplot2.r, des packages R('ggplot2', 'plyr', 'reshape2' et 'scales) doivent être installées. Le script R fourni dans ce document vérifie automatiquement si les packages nécessaires sont installés. Dans le cas échéant, ils sont installés automatiquement par le script. Vous avez juste à attendre quelques minutes.

Dotplot simple

Format des données

Les données doivent être une data.frame.

set.seed(1234)
df <- data.frame(cond = factor( rep(c("A","B"), each=200) ), 
                   rating = c(rnorm(200),rnorm(200, mean=.8)))
head(df)

##   cond  rating
## 1    A -1.2071
## 2    A  0.2774
## 3    A  1.0844
## 4    A -2.3457
## 5    A  0.4291
## 6    A  0.5061

Graphiques

# Basic dotplot from the vector "rating"
ggplot2.dotplot(data=df, xName='cond', yName='rating', dotsize=0.25, stackratio=2)

## stat_bindot: binwidth defaulted to range/30. Use 'binwidth = x' to adjust this.

Ggplot2 basic dotplot

# change the color of dots 
ggplot2.dotplot(data=df, xName='cond',yName='rating', dotsize=0.25, stackratio=2, 
                       colour="darkred")

## stat_bindot: binwidth defaulted to range/30. Use 'binwidth = x' to adjust this.

Ggplot2 colored dotplot

# A basic dotplot with the conditions colored
#groupName is used to color the graph
ggplot2.dotplot(data=df, xName='cond',yName='rating', dotsize=0.35, stackratio=1.5, 
                      groupName='cond')

## stat_bindot: binwidth defaulted to range/30. Use 'binwidth = x' to adjust this.

Ggplot2 dotplot colored by group

#dotplot with mean point
ggplot2.dotplot(data=df, xName='cond',yName='rating', dotsize=0.35, stackratio=1.5, 
                       groupName='cond', addMean=TRUE,meanPointShape=23)

## stat_bindot: binwidth defaulted to range/30. Use 'binwidth = x' to adjust this.

Ggplot2 dotplot with mean point

#add a boxplot to the dotplot
ggplot2.dotplot(data=df, xName='cond',yName='rating', dotsize=0.35, stackratio=1.5, 
                groupName='cond', addMean=TRUE,meanPointShape=23,
                addBoxplot=TRUE)

## stat_bindot: binwidth defaulted to range/30. Use 'binwidth = x' to adjust this.

## Warning: Removed 3 rows containing missing values (geom_point).
## Warning: Removed 4 rows containing missing values (geom_point).

Ggplot2 dotplot with boxplot

dotplot avec deux ou plusieurs variables

Format des données

Les données doivent être une data.frame.

df <- ToothGrowth
head(df, 20)

##     len supp dose
## 1   4.2   VC  0.5
## 2  11.5   VC  0.5
## 3   7.3   VC  0.5
## 4   5.8   VC  0.5
## 5   6.4   VC  0.5
## 6  10.0   VC  0.5
## 7  11.2   VC  0.5
## 8  11.2   VC  0.5
## 9   5.2   VC  0.5
## 10  7.0   VC  0.5
## 11 16.5   VC  1.0
## 12 16.5   VC  1.0
## 13 15.2   VC  1.0
## 14 17.3   VC  1.0
## 15 22.5   VC  1.0
## 16 17.3   VC  1.0
## 17 13.6   VC  1.0
## 18 14.5   VC  1.0
## 19 18.8   VC  1.0
## 20 15.5   VC  1.0

Graphiques

#plot of variable 'len' according to xName 'dose'. The plot is colored by the groupName 'supp'
ggplot2.dotplot(data=df, xName='dose', yName='len',  dotsize=0.7, stackratio=2, 
                   groupName='supp'
              )             

## stat_bindot: binwidth defaulted to range/30. Use 'binwidth = x' to adjust this.

dotplot with two or more variables

]]> Sun, 02 Feb 2014 15:42:01 +0100 <![CDATA[ggplot2.boxplot: Dessiner facilement un boxplot avec le package R ggplot2]]> https://www.sthda.com/french/articles/21-easyggplot2/64-ggplot2-boxplot-dessiner-facilement-un-boxplot-avec-le-package-r-ggplot2/ https://www.sthda.com/french/articles/21-easyggplot2/64-ggplot2-boxplot-dessiner-facilement-un-boxplot-avec-le-package-r-ggplot2/

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Documentation for ggplot2.boxplot
Author : Alboukadel KASSAMBARA
e-mail : alboukadel.kassambara@gmail.com
Date : 2014 - 01 - 19
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Objectif

ggplot2.boxplot est une fonction personnalisée, pour dessiner facilement un boxplot avec le package R ggplot2.


Prérequis: R >= 2.15.1 | ggplot2 >= 0.9.2.1

Sourcer le fichier du script R

Vous devez sourcer le fichier easyGgplot2.r en utilisant le code R suivant.

source("https://www.sthda.com/upload/easyggplot2.r")


Pour utiliser les fonctions contenues dans le fichier easyggplot2.r, des packages R('ggplot2', 'plyr', 'reshape2' et 'scales) doivent être installées. Le script R fourni dans ce document vérifie automatiquement si les packages nécessaires sont installés. Dans le cas échéant, ils sont installés automatiquement par le script. Vous avez juste à attendre quelques minutes.

Boxplot simple

Format des données

Les données doivent être une data.frame.

set.seed(1234)
df <- data.frame(cond = factor( rep(c("A","B"), each=200) ), 
                   rating = c(rnorm(200),rnorm(200, mean=.8)))
head(df)

##   cond  rating
## 1    A -1.2071
## 2    A  0.2774
## 3    A  1.0844
## 4    A -2.3457
## 5    A  0.4291
## 6    A  0.5061

Graphiques

# Basic boxplot from the vector "rating"
ggplot2.boxplot(data=df, xName='cond',yName='rating')

Ggplot2 basic boxplot

# A basic boxplot with the conditions colored
#groupName is used to color the graph
ggplot2.boxplot(data=df, xName='cond',yName='rating', groupName='cond')

Ggplot2 colored boxplot

Boxplot avec deux ou plusieurs variables

Format des données

Les données doivent être une data.frame.

df <- ToothGrowth
head(df, 20)

##     len supp dose
## 1   4.2   VC  0.5
## 2  11.5   VC  0.5
## 3   7.3   VC  0.5
## 4   5.8   VC  0.5
## 5   6.4   VC  0.5
## 6  10.0   VC  0.5
## 7  11.2   VC  0.5
## 8  11.2   VC  0.5
## 9   5.2   VC  0.5
## 10  7.0   VC  0.5
## 11 16.5   VC  1.0
## 12 16.5   VC  1.0
## 13 15.2   VC  1.0
## 14 17.3   VC  1.0
## 15 22.5   VC  1.0
## 16 17.3   VC  1.0
## 17 13.6   VC  1.0
## 18 14.5   VC  1.0
## 19 18.8   VC  1.0
## 20 15.5   VC  1.0

Graphiques

#plot of variable 'len' according to xName 'dose'. The plot is colored by the groupName 'supp'
ggplot2.boxplot(data=df, xName='dose',yName='len', groupName='supp', 
            position=position_dodge(0.8) #interval between boxplot of the same group
)

Boxplot with two or more variables

]]> Sun, 02 Feb 2014 11:56:00 +0100 <![CDATA[ggplot2.density: Dessiner facilement une courbe de densit? avec le package R ggplot2]]> https://www.sthda.com/french/articles/21-easyggplot2/63-ggplot2-density-dessiner-facilement-une-courbe-de-densite-avec-le-package-r-ggplot2/ https://www.sthda.com/french/articles/21-easyggplot2/63-ggplot2-density-dessiner-facilement-une-courbe-de-densite-avec-le-package-r-ggplot2/ 
Cette analyse a ?t? faite avec R (ver. 3.1.0), easyGgplot2 (ver 1.0.0) et ggplot2 (ver 1.0.0).

Objectif

ggplot2.density est une fonction permettant de dessiner facilement un histogramme avec le package R ggplot2. L'objectif de ce document est de vous montrer ?tape par ?tape, comment dessiner et personnaliser une courbe de densit? avec la fonction ggplot2.density. A la fin de cet article, vous allez pouvoir faire avec peu de code R, les graphiques suivants:

ggplot2 densityggplot2 density

Les arguments de la fonction ggplot2.density sont d?crites ? la fin de ce document.

Installer et charger le package easyGgplot2

Pour installer le package, il faut utiliser le code R suivant (R >=3.1.0) :

install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github("easyGgplot2", "kassambara")

Charger le package dans R:

library(easyGgplot2)

Format des donn?es

Les donn?es doivent ?tre un vecteur de type num?rique ou une data.frame (les colonnes sont les variables et les lignes sont les observations).. Le jeu de donn?e weight du package easyGgplot2 sera utilis? dans les exemples suivants.

#cr?er un vecteur de type num?rique
numVector<-rnorm(100)
head(numVector)
## [1] -0.7272 -0.5700 -0.9648  0.6512 -0.2485  0.6668
#data.frame
head(weight)
##      sex weight
## 1 Female  63.79
## 2 Female  65.28
## 3 Female  66.08
## 4 Female  62.65
## 5 Female  65.43
## 6 Female  65.51

Courbe de densit? basique

#Courbe de densit? avec un vecteur de type num?rique
#ggplot2.density(data=numVector)

#Courbe de densit? basique avec le vecteur "Weight (Kg)"
ggplot2.density(data=weight, xName='weight')

#Ajouter la ligne de la moyenne sur la courbe
#Changer la couleur, le type et l'epaisseur du trait de la courbe de densit?
ggplot2.density(data=weight, xName='weight',
                addMeanLine=TRUE, meanLineColor="red", meanLineType="dashed", meanLineSize=1,
                colour="darkblue", linetype="dotted", size=1.5)

#Changer l'orientation: histogramme horizontal
ggplot2.density(data=weight, xName='weight', orientation="horizontal")

#Mettre l'axe des y ? l'envers
ggplot2.density(data=weight, xName='weight', orientation="yAxisReversed")

ggplot2 densityggplot2 densityggplot2 densityggplot2 density

Changer le type de ligne de la courbe de densit?

Diff?rents types de points et de types de lignes peuvent ?tre utilis?s. Par d?faut, ggplot2 utilise une ligne pleine (solide) et un cercle pour les points.

Les diff?rents types de points et de lignes disponibles dans R sont montr?s ci-dessous :

plot of chunk r_point_shapes_linetypesplot of chunk r_point_shapes_linetypes

#Changer la couleur des traits et le type de lignes de
#la courbe de densit?.
ggplot2.density(data=weight, xName='weight',linetype="longdash")

ggplot2 density

Courbe de densit? avec plusieurs groupes

#Plusieurs courbes de densit?s sur le m?me graphique
#Colorer la courbe de densit? en fonction du nom de groupe "sex"
ggplot2.density(data=weight, xName='weight', groupName='sex')

#Courbe de densit? avec un remplissage transparent.
#alpha est le d?gr? de transparence des couleurs chevauchantes
ggplot2.density(data=weight, xName='weight', groupName='sex',
    alpha=0.5, fillGroupDensity=TRUE )

#Courbe de densit? avec la ligne des moyennes
ggplot2.density(data=weight, xName='weight', groupName='sex',
                addMeanLine=TRUE)

Density with multiple groupsDensity with multiple groupsDensity with multiple groups

Personnaliser votre courbe de densit?

Titre principal et etiquettes des axes

Les param?tres qui peuvent ?tre utilis?s pour personnaliser l'axe des x et des y sont list?s ci-dessous :

Param?tres Description
xShowTitle, yShowTitle si TRUE, le titre des axes x et y sera affich?. Mettre la valeur ? FALSE pour cacher le titre des axes. La valeur par d?faut est TRUE.
xtitle, ytitle Titres des axes x et y. La valeur par d?faut est NULL.
xtitleFont, ytitleFont Un vecteur de longueur 3 indiquant respectivement la taille, le style et la couleur du titre des axes x et y. Les valeurs possibles pour le style : "plain", "italic", "bold", "bold.italic". La couleur peut ?tre sp?cifi?e par le code hexad?cimal(i.e: "#FFCC00") ou par le nom (i.e : "red", "green"). Valeurs par d?faut : xtitleFont=c(14,"bold", "black"), ytitleFont=c(14,"bold", "black").
xlim, ylim Limite des axes x et y. Valeur par d?faut : NULL.
xScale, yScale Echelle des axes x et y. Valeurs possibles : c("none", "log2", "log10"). e.g: yScale="log2". Valeur par d?faut : NULL.
xShowTickLabel, yShowTickLabel si TRUE, les ?tiquettes des graduations axes x et y seront affich?es. Valeur par d?faut : TRUE.
xTickLabelFont, yTickLabelFont Un vecteur de longueur 3 indiquant respectivement la taille, le style et la couleur des ?tiquettes des graduations des axes x et y. Valeur par d?faut : xTickLabelFont=c(12, "bold", "black"), yTickLabelFont=c(12, "bold", "black").
xtickLabelRotation, ytickLabelRotation Angle de rotation des ?tiquettes des graduations des axes x et y. Valeur par d?faut : 0.
hideAxisTicks si TRUE, les graduations des axes x et y sont cach?es. Valeur par d?faut : FALSE.
axisLine Un vecteur de longueur 3 indiquant respectivement, la taille, le type de ligne et la couleur des lignes des axes. Valeur par d?faut : c(0.5, "solid", "#E5E5E5").

Titres

#Changer le titre principal et le titre des axes
ggplot2.density(data=weight, xName='weight',
                mainTitle="Plot of var density curve",
                xtitle="Weight (Kg)", ytitle="Density")

#Personnaliser le texte des titres.
#Valeurs possibles pour le style:'plain', 'italic', 'bold', 'bold.italic'.
ggplot2.density(data=weight, xName='weight',
                xtitle="Weight (Kg)", ytitle="Density",
                mainTitle="Plot of var density curve",
                mainTitleFont=c(14,"bold.italic", "red"),
                xtitleFont=c(14,"bold", "#993333"), ytitleFont=c(14,"bold", "#993333"))

#Cacher le titre des axes x et y
ggplot2.density(data=weight, xName='weight',
                xShowTitle=FALSE, yShowTitle=FALSE)

ggplot2 densityggplot2 densityggplot2 density

Graduation des axes

#Orientation des etiquettes des graduations des axes
ggplot2.density(data=weight, xName='weight',
                xShowTitle=FALSE, yShowTitle=FALSE,
                xTickLabelFont=c(14,"bold", "#993333"),yTickLabelFont=c(14,"bold", "#993333"),
                xtickLabelRotation=45, ytickLabelRotation=45)

#Cacher les ?tiquettes des graduations des axes
ggplot2.density(data=weight, xName='weight',
                xShowTitle=FALSE, yShowTitle=FALSE,
                xShowTickLabel=FALSE, yShowTickLabel=FALSE)

#Cacher les graduations des axes
ggplot2.density(data=weight, xName='weight',
                xShowTitle=FALSE, yShowTitle=FALSE,
                xShowTickLabel=FALSE, yShowTickLabel=FALSE,hideAxisTicks=TRUE)

#AxisLine : Un vecteur de longueur 3 indiquant la taille,
  #le type et la couleur des lignes des axes.
ggplot2.density(data=weight, xName='weight', axisLine=c(1, "solid", "darkblue"))

ggplot2 densityggplot2 densityggplot2 densityggplot2 density

Fond et couleurs

Changer le fond et la couleur de remplissage de la courbe de densit?

#Changer la couleur de fond en "white". Couleur par d?faut : "gray"
ggplot2.density(data=weight, xName='weight',
                backgroundColor="white")

#Changer la couleur de fond en "lightblue" 
#et la couleur du quadrillage en "white"
ggplot2.density(data=weight, xName='weight',
                backgroundColor="lightblue", gridColor="white")

#Changer la couleur de remplissage
ggplot2.density(data=weight, xName='weight',
                backgroundColor="white", densityFill='#FFAAD4')

#Supprimer le quadrillage; supprimer les bordures autour du graphique;
#Changer la ligne des axes
ggplot2.density(data=weight, xName='weight',
                backgroundColor="white", densityFill='#FFAAD4',
                removePanelGrid=TRUE,removePanelBorder=TRUE,
                axisLine=c(0.5, "solid", "black"))

ggplot2 densityggplot2 densityggplot2 densityggplot2 density

Sp?cifications des couleurs

Les couleurs peuvent ?tre sp?cifi?es en utilisant du code hexad?cimal, tel que "#FFCC00". Vous pouvez ?galement utiliser des couleurs provenant du package RColorBrewer.

Code hexad?cimal Palettes RColorBrewer
Hexadecimal color code RColorBrewer

Le code R suivant peut ?tre utilis? pour afficher les palettes RColorBrewer:

rquery.loadPackages("RColorBrewer")
#Afficher toutes les palettes du packages
display.brewer.all()
#Afficher une seule palette en sp?cifiant le nom
display.brewer.pal(n = 8, name = 'Dark2')
#Afficher le code hexad?cimal d'une palette
brewer.pal(n = 8, name = "Dark2")

Les couleurs peuvent ?tre sp?cifi?es en utilisant le nom, tel que "red", "blue", "lightblue". Vous trouverez ci-dessous, un graphique de certains des noms de couleurs reconnues par R.

Pour voir l'ensemble des couleurs reconnues par R ( n = 657), utiliser le code R suivant:

colornames<-colors()
head(colornames)
showCols(cl=colornames, bg="gray33", rot=30, cex=0.75)

Les 200 premi?res couleurs sont montr?es ci-dessous :

plot of chunk r_colornamesplot of chunk r_colornames

Changer la couleur des histogrammes en fonction du groupe

Pour changer la couleur en fonction du groupe, vous devez indiquer le nom de la colonne contenant les groupes en utilisant le param?tre groupName. Il faut utiliser l'argument groupColors, pour sp?cifier les couleurs par le code hexad?cimal ou par le nom. Dans ce cas, la longueur du param?tre groupColors devrait ?tre la m?me que le nombre de groupes. Il faut utiliser l'argument brewerPalette, pour sp?cifier la couleur en utilisant les palettes RColorBrewer.

#Changer la couleur des groupes en utilisant le code hexad?cimal. 
#alpha est le d?gr? de transparence des couleurs ch?vauchantes
  #La valeur peut varier de 0 (transparence totale) ? 1 (pas de transparence)
ggplot2.density(data=weight, xName='weight', groupName='sex',
                groupColors=c('#999999','#E69F00'),
                fillGroupDensity=TRUE, alpha=0.5 )

#Changer la couleur des groupes en utilisant l'argument brewerPalette: "Paired"
ggplot2.density(data=weight, xName='weight', groupName='sex',
                brewerPalette="Paired",
                fillGroupDensity=TRUE, alpha=0.5)

#Changer la couleur des groupes en utilisant le nom des couleurs
ggplot2.density(data=weight, xName='weight', groupName='sex',
                groupColors=c('aquamarine3','goldenrod1'),
                fillGroupDensity=TRUE, alpha=0.5 )

ggplot2 densityggplot2 densityggplot2 density

L?gende

Position de la l?gende

#Changer la position de la l?gende en "top" (Valeurs possibles: "top", "left", "right", "bottom")
ggplot2.density(data=weight, xName='weight', groupName='sex',
                legendPosition="top")

#legendPosition peut ?tre aussi un vecteur de type num?rique c(x, y) indiquant les coordonn?es
#Les valeurs de x et y doivent ?tres entre 0 et 1. c(0,0) corresponds ? "bottom left"
# et c(1, 1) correspond ? "top right" position
ggplot2.density(data=weight, xName='weight', groupName='sex',
                legendPosition=c(0.8,0.2))

#Remove legend
ggplot2.density(data=weight, xName='weight', groupName='sex',
                showLegend=FALSE)

ggplot2 densityggplot2 densityggplot2 density

Il est aussi possible de mettre la l?gende ? l'int?rieur du graphique. Vous avez juste ? indiquer les coordonn?es x et y de la l?gende. Les valeurs de x et y doivent ?tre entre 0 et 1. c(0,0) correspond ? "bottom left" et c(1,1) correspond ? la position "top right".

Couleur de fond de la l?gende, titre et style des textes

#Changer la couleur de fond de la l?gende, le titre et le style des textes
ggplot2.density(data=weight, xName='weight', groupName='sex',
                #legendTitleFont=c(size, style, color)
                legendTitle="Groups", legendTitleFont=c(10, "bold", "blue"),
                legendTextFont=c(10, "bold.italic", "red"),#legendTextFont=c(size, style, color)
                #legendBackground: c(fill, lineSize, lineType, lineColor)
                legendBackground=c("lightblue", 0.5, "solid", "darkblue" )
                )

ggplot2 density

Echelle des axes

Les valeurs possibles pour l'?chelle de l'axe x sont : "none", "log2" et log10. Valeur par d?faut : "none".

#Changer la limite des axes
ggplot2.density(data=weight, xName='weight', groupName='sex',
                showLegend=FALSE, xlim=c(60,72))

#Echelle log. xScale="log2". (valeur possible="none", "log2" and "log10")
  #Valeur par d?faut: "none"
ggplot2.density(data=weight, xName='weight', groupName='sex',
                showLegend=FALSE, xScale="log2")

ggplot2 densityggplot2 density

Cr?er un graphique personnalis? avec peu de code R

#Courbe de densit? personnalis?e
ggplot2.density(data=weight, xName='weight', groupName='sex',
                groupColors=c('#999999','#E69F00'), showLegend=FALSE,
                backgroundColor="white", xtitle="Weight (Kg)", ytitle="Density", 
                mainTitle="Plot of weight density curve \nper sex",
                addMeanLine=TRUE
                )

#Supprimer le quadrillage; supprimer les bordures autour du graphique; 
#Remplissage de la courbe de densit? en fonction du groupe
ggplot2.density(data=weight, xName='weight', groupName='sex',
                groupColors=c('#999999','#E69F00'), showLegend=FALSE,
                backgroundColor="white", xtitle="Weight (Kg)", ytitle="Density", 
                mainTitle="Plot of variable density curve \nper sex",
                removePanelGrid=TRUE,removePanelBorder=TRUE,
                axisLine=c(0.5, "solid", "black"),
                fillGroupDensity=TRUE, alpha=0.5)

ggplot2 densityggplot2 density

L'argument alpha est utilis? pour la transparence des couleurs.

Faceting : S?parer un graphique en plusieurs panels de graphiques

L'approche faceting s?pare un graphique en plusieurs panels. Chaque panel repr?sente une partie du jeu de donn?es.

Faceting avec une variable

#Facet en fonction de la variable "sex"
ggplot2.density(data=weight, xName='weight', groupName='sex', legendPosition="top",
            faceting=TRUE, facetingVarNames="sex") 

#Changer la direction. Valeurs possibles : "vertical", horizontal". Valeur par d?faut: vertical.
ggplot2.density(data=weight, xName='weight', groupName='sex', legendPosition="top",
            faceting=TRUE, facetingVarNames="sex", facetingDirection="horizontal")

ggplot2 density and faceting approchggplot2 density and faceting approch

Faceting avec deux variables

Les donn?es mtcars sont utilis?es dans les exemples suivants.

data(mtcars)
head(mtcars)
##                    mpg cyl disp  hp drat    wt  qsec vs am gear carb
## Mazda RX4         21.0   6  160 110 3.90 2.620 16.46  0  1    4    4
## Mazda RX4 Wag     21.0   6  160 110 3.90 2.875 17.02  0  1    4    4
## Datsun 710        22.8   4  108  93 3.85 2.320 18.61  1  1    4    1
## Hornet 4 Drive    21.4   6  258 110 3.08 3.215 19.44  1  0    3    1
## Hornet Sportabout 18.7   8  360 175 3.15 3.440 17.02  0  0    3    2
## Valiant           18.1   6  225 105 2.76 3.460 20.22  1  0    3    1

mtcars (Motor Trend Car Road Tests) comprend la consommation de carburant et 10 aspects de la conception de l'automobile et de la performance pour 32 voitures. 

#Facet avec deux variables : vs et am.
#En ligne on a la variable vs et en colonne la variable am
ggplot2.density(data=mtcars, xName='mpg', groupName='vs', legendPosition="top",
                faceting=TRUE, facetingVarNames=c("vs", "am"))

#Facet avec deux variables: inverser l'ordre des 2 variables.
#En ligne : am et en colonne :vs
ggplot2.density(data=mtcars, xName='mpg', groupName='vs', legendPosition="top",
                faceting=TRUE, facetingVarNames=c("am", "vs"))

ggplot2 density and faceting approchggplot2 density and faceting approch

Echelle des pannels

Par d?faut, tous les panels ont la m?me ?chelle (facetingScales="fixed"). Les ?chelles peuvent ?tre ind?pendantes, en utilisant les valeurs free, free_x, or free_y.

#Facet avec des ?chelles ind?pendantes
ggplot2.density(data=mtcars, xName='mpg', groupName='vs', legendPosition="top",
                faceting=TRUE, facetingVarNames=c("vs", "am"), facetingScales="free")

ggplot2 density and faceting approch

Comme vous pouvez le constater sur le graphique ci-dessus, les pannels ont des ?chelles diff?rentes sur l'axe des y.

Apparence des ?tiquettes des pannels

#Changer le texte des panels
#Valeurs possibles pour le style:'plain', 'italic', 'bold', 'bold.italic'.
ggplot2.density(data=mtcars, xName='mpg', groupName='vs', legendPosition="top",
              faceting=TRUE, facetingVarNames=c("vs", "am"),
              facetingFont=c(12, 'bold.italic', "red"))

#Changer l'apparence du rectangle autour des ?tiquettes des pannels
ggplot2.density(data=mtcars, xName='mpg', groupName='vs', legendPosition="top",
            faceting=TRUE, facetingVarNames=c("vs", "am"),
            facetingRect=list(background="white", lineType="solid", lineColor="black", lineSize=1.5))

ggplot2 density and faceting approchggplot2 density and faceting approch

La fonction ggplot2.density

Description

Dessiner facilement une courbe de densit? avec le package R ggplot2.

utilisation

ggplot2.density(data, xName, groupName=NULL,
              addMeanLine=FALSE, meanLineColor=NULL, meanLineType="dashed", meanLineSize=1,
              densityFill=NULL,fillGroupDensity=FALSE, colorGroupDensityLine=FALSE,
              groupColors=NULL, brewerPalette=NULL,faceting=FALSE,...)

Arguments

Arguments Descriptions
data data.frame ou vecteur de type num?rique. Les colonnes sont des variables et les lignes sont des observations.
xName Nom de la colonne contenant la variable x. Valeur par d?faut : NULL.
groupName Nom de la colonne contenant la variable groupe. Cette variable est utilis?e pour colorer le graphique en fonction du groupe.
addMeanLine si TRUE, la ligne de la moyenne est ajout?e au graphique pour chaque groupe. Valeur par d?faut : FALSE.
meanLineColor, meanLineType, meanLineSize Couleur, type et ?paisseur de la ligne de la moyenne.
densityFill Couleur de remplissage de la courbe de densit?. Cette valeur est consid?r?e uniquement lorsque groupName=NULL.
fillGroupDensity Si TRUE, la courbe de densit? de chaque groupe est remplie. Valeur par d?faut : TRUE.
colorGroupDensityLine si TRUE, la ligne de la courbe de densit? est color?e. Valeur par d?faut : FALSE.
groupColors Colore des groupes. groupColors doit avoir une longueur identique au nombre de groupes.
brewerPalette Ceci peut ?tre utilis? aussi pour indiquer la couleur des groupes. Dans ce cas, le param?tre groupColors doit ?tre NULL. i.e: brewerPalette="Paired".
?. D'autres arguments ? passer ? la fonction ggplot2.customize (easyGgplot2) ou ? la fonction geom_density du package ggplot2.

Les autres arguments qui peuvent ?tre utilis?s sont montr?s dans le tableau ci-dessous. Ils sont utilis?s pour personnaliser le graphique (axes, titre, arri?re plan, couleur, l?gende, ?.) g?n?rer par le package ggplot2.

Arguments Descriptions
Personnaliser le titre du graphique
mainTitle Titre du graphique.
mainTitleFont Un vecteur de longueur 3 indiquant respectivement la taille, le style et la couleur du titre des axes x et y. Les valeurs possibles pour le style : "plain", "italic", "bold", "bold.italic". La couleur peut ?tre sp?cifi?e par le code hexad?cimal(i.e: "#FFCC00") ou par le nom (i.e : "red", "green"). Valeur par d?faut: mainTitleFont=c(14, "bold", "black").
Personnaliser les axes x et y
xShowTitle, yShowTitle Si TRUE, le titre des axes x et y est affich?. Valeur par d?faut : TRUE.
xtitle, ytitle ?tiquettes des axes x et y.
xtitleFont, ytitleFont Un vecteur de longueur 3 indiquant respectivement la taille, le style et la couleur du titre des axes x et y. Valeur par d?faut : c(14,"bold", "black").
xlim, ylim Limite des axes x et y. Valeur par d?faut : NULL.
xScale, yScale Echelle des axes x et y. Valeurs possibles : c("none", "log2", "log10"). Exemple: yScale="log2". Valeur par d?faut: "none".
xShowTickLabel, yShowTickLabel si TRUE, les ?tiquettes des graduations des axes x et y seront affich?es. Valeur par d?faut : TRUE.
xTickLabelFont, yTickLabelFont Un vecteur de longueur 3 indiquant respectivement la taille, le style et la couleur des ?tiquettes des graduations des axes x et y. Valeur par d?faut : c(12, "bold", "black").
xtickLabelRotation, ytickLabelRotation Angle de rotation des ?tiquettes des graduations des axes x et y. Valeurs par d?faut: 0.
hideAxisTicks si TRUE, les graduations des axes x et y sont cach?es. Valeur par d?faut : FALSE.
axisLine Un vecteur de longueur 3 indiquant respectivement, la taille, le type de ligne et la couleur des lignes des axes. Valeur par d?faut: c(0.5, "solid", "#E5E5E5").
Personnaliser le fond du graphique
removePanelBorder si TRUE, supprime les bordures autour du graphique. Valeur par d?faut: FALSE.
removePanelGrid Si TRUE, le quadrillage est supprim?. Valeur par d?faut: FALSE.
backgroundColor Couleur de fond du graphique. Valeur par d?faut: "gray".
gridColor Couleur du quadrillage du graphique. Valeur par d?faut: "white".
Personnaliser la l?gende du graphique
showLegend Si TRUE, la l?gende du graphique est affich?e. Valeur par d?faut TRUE.
legendPosition Position de la l?gende. Valeur par d?faut: "right". Valeurs possibles pour la position : "right", "left","top", "bottom". LegendPosition peut ?tre un vecteur de type num?rique c(x, y) indiquant les coordonn?es de la l?gende. x et y doivent ?tre entre 0 et 1. c(0,0) correspond ? "bottom left" et c(1,1) correspond ? la position "top right".
legendBackground Un vecteur de longueur 4 indiquant: le remplissage de la l?gende plus la taille, le type et la couleur des bordures de la l?gende. Valeur par d?faut: legendBackground=c("#FFFFFF", 0.5, "blank", "black" ).
legendTextFont Un vecteur de longueur 3 indiquant respectivement, la taille, le style et la couleur du texte de la l?gende. Valeur par d?faut : c(10, "plain", "black"). Valeurs possibles pour le style : "plain", "italic", "bold", "bold.italic".
legendTitleFont Un vecteur de longueur 3 indiquant respectivement, la taille, le style et la couleur du titre de la l?gende. Valeur par d?faut : c(10, "plain", "black")
legendItemOrder Un vecteur de texte indiquant l'ordre des ?l?ments de la l?gende. Exemple: c("2", "1", "0.5")
Faceting : Divise le graphique en plusieurs panels
faceting si TRUE, les donn?es sont coup?es en fonction d'une ou de deux variables, et le graphique est montr? dans diff?rents panels. Dans ce cas vous devez renseigner l'argument : facetingVarNames. Valeur par d?faut : FALSE.
facetingVarNames Nom des colonnes contenant les variables ? utiliser pour le faceting. Valeur par d?faut: NULL.
facetingDirection Valeurs possibles : "vertical" et "horizontal". Valeur par d?faut : "vertical".
facetingScales Par d?faut, tous les panels ont la m?me ?chelle (facetingScales="fixed"). Les ?chelles peuvent ?tre ind?pendantes en utilisant les valeurs "free", "free_x", or "free_y". Valeur par d?faut : "fixed".
facetingFont Changer l'apparence des ?tiquettes des panels. Un vecteur de longueur 3, indiquant respectivement la taille, le style et la couleur du texte. Valeur par d?faut: facetingFont=c(size=12, font="plain", color="black").
facetingRect Modifie l'apparence du rectangle autour des ?tiquettes des panels. Valeur par d?faut : list(background=NULL, lineType=NULL, lineColor=NULL, lineSize=NULL).
facetingTextAngles Modifie l'orientation du texte des ?tiquettes des panels. Il indique les angles de rotation des textes en x et y ([0, 360]). Valeur par d?faut c(NULL, NULL).
Autres
orientation Change l'orientation du graphique. Valeurs possibles c("standard", "horizontal", "yAxisReversed"). Valeur par d?faut: "standard". 
Les valeurs possibles pour le style sont : "plain", "italic", "bold", "bold.italic".

Exemples

#plot
ggplot2.density(data=weight, xName='weight',groupName='sex', groupColors=c('#999999','#E69F00'),
                mainTitle="Plot of weight density curve \nper sex",
                xtitle="Weight (Kg)", ytitle="Density")

#Or use this
plot<-ggplot2.density(data=weight, xName='weight',groupName='sex', groupColors=c('#999999','#E69F00'))
plot<-ggplot2.customize(plot, mainTitle="Plot of variable histogram \nper sex",
                        xtitle="Weight (Kg)", ytitle="Density")
print(plot)


]]> Sun, 02 Feb 2014 10:32:00 +0100 <![CDATA[ggplot2.histogram: Dessiner facilement un histogramme avec le package R ggplot2]]> https://www.sthda.com/french/articles/21-easyggplot2/62-ggplot2-histogram-dessiner-facilement-un-histogramme-avec-le-package-r-ggplot2/ https://www.sthda.com/french/articles/21-easyggplot2/62-ggplot2-histogram-dessiner-facilement-un-histogramme-avec-le-package-r-ggplot2/ 
Cette analyse a ?t? faite avec R (ver. 3.1.0), easyGgplot2 (ver 1.0.0) et ggplot2 (ver 1.0.0).

Objectif

ggplot2.histogram est une fonction permettant de dessiner facilement un histogramme avec le package R ggplot2. L'objectif de ce document est de vous montrer ?tape par ?tape, comment dessiner et personnaliser un histogramme avec la fonction ggplot2.histogram. A la fin de cet article, vous allez pouvoir faire avec peu de code R, les graphiques suivants:

ggplot2 histogramggplot2 histogram

Les arguments de la fonction ggplot2.histogram sont d?crites ? la fin de ce document.

Installer et charger le package easyGgplot2

Pour installer le package, il faut utiliser le code R suivant (R >=3.1.0) :

install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github("easyGgplot2", "kassambara")

Charger le package dans R:

library(easyGgplot2)

Format des donn?es

Les donn?es doivent ?tre un vecteur de type num?rique ou une data.frame (les colonnes sont les variables et les lignes sont les observations).. Le jeu de donn?e weight du package easyGgplot2 sera utilis? dans les exemples suivants.

#cr?er un vecteur de type num?rique
numVector<-rnorm(100)
head(numVector)
## [1] -1.8365  0.1651 -0.9171  0.3255 -1.7871 -0.1263
#data.frame
head(weight)
##      sex weight
## 1 Female  63.79
## 2 Female  65.28
## 3 Female  66.08
## 4 Female  62.65
## 5 Female  65.43
## 6 Female  65.51

Histogramme basic

#Histogramme avec un vecteur de type num?rique
#ggplot2.histogram(data=numVector)

#Histogramme basic avec le vecteur "weight"
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight')

#Changer la largeur des barres (binwidth)
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight', binwidth=0.1)

#Changer l'axe des y pour montrer la densit?
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight', scale="density")

ggplot2 histogramggplot2 histogramggplot2 histogram

Changer l'orientation de l'histogramme

#Changer l'orientation: histogramme horizontal
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight', orientation="horizontal")

#Mettre l'axe des y ? l'envers
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight', orientation="yAxisReversed")

ggplot2 histogramggplot2 histogram

Ajouter la ligne de la moyenne et la courbe de densit?

#Ajouter la ligne de la moyenne ? l'histogram.
#Changer la couleur de remplissage (fill) et la couleur des lignes
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight',
                  fill="white", color="black",
                  addMeanLine=TRUE, meanLineColor="red", meanLineType="dashed", meanLineSize=1)

#Ajouter la courbe de densit?
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight',
                  fill="white", color="black",
                  addDensityCurve=TRUE, densityFill='#FF6666')

plot of chunk mean_line_and_density_curveplot of chunk mean_line_and_density_curve

Changer le type de ligne de l'histogramme

Diff?rents types de points et de types de lignes peuvent ?tre utilis?s. Par d?faut, ggplot2 utilise une ligne pleine (solide) et un cercle pour les points.

Les diff?rents types de points et de lignes disponibles dans R sont montr?s ci-dessous :

plot of chunk r_point_shapes_linetypesplot of chunk r_point_shapes_linetypes

#Changer la couleur des traits et le type de lignes de l'histogramme.
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight',
                  fill="white", color="black",
                  linetype="longdash")

ggplot2 histogram

Histogramme avec plusieurs groupes

#Plusieurs histogrammes sur le m?me graphique
#Colorer l'histogramme en fonction du nom de groupe "sex"
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight', groupName='sex')

#Histogramme avec un remplissage transparent.
#alpha est le d?gr? de transparence des couleurs chevauchantes
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight', groupName='sex', alpha=0.5 )

#Histogramme avec la ligne des moyennes
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight', groupName='sex',
    alpha=0.5, addDensity=TRUE,
    addMeanLine=TRUE, meanLineColor="white", meanLineSize=1.5)

Histogram with multiple groupsHistogram with multiple groupsHistogram with multiple groups

Ajuster la position des histogrammes superpos?s en utilisant l'argument position. Les valeurs possibles pour l'argument position sont "identity", "stack", "dodge".
#La valeur par d?faut de position est "identity"
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight', groupName='sex', alpha=0.5, position="identity")

# Histogramme entrelac?
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight', groupName='sex', alpha=0.5, position="dodge")

#Histogramme empil?
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight', groupName='sex', alpha=0.5, position="stack")

Histogram with multiple groupsHistogram with multiple groupsHistogram with multiple groups

Personnaliser votre histogramme

Titre principal et etiquettes des axes

Les param?tres qui peuvent ?tre utilis?s pour personnaliser l'axe des x et des y sont list?s ci-dessous :

Param?tres Description
xShowTitle, yShowTitle si TRUE, le titre des axes x et y sera affich?. Mettre la valeur ? FALSE pour cacher le titre des axes. La valeur par d?faut est TRUE.
xtitle, ytitle Titres des axes x et y. La valeur par d?faut est NULL.
xtitleFont, ytitleFont Un vecteur de longueur 3 indiquant respectivement la taille, le style et la couleur du titre des axes x et y. Les valeurs possibles pour le style : "plain", "italic", "bold", "bold.italic". La couleur peut ?tre sp?cifi?e par le code hexad?cimal(i.e: "#FFCC00") ou par le nom (i.e : "red", "green"). Valeurs par d?faut : xtitleFont=c(14,"bold", "black"), ytitleFont=c(14,"bold", "black").
xlim, ylim Limite des axes x et y. Valeur par d?faut : NULL.
xScale, yScale Echelle des axes x et y. Valeurs possibles : c("none", "log2", "log10"). e.g: yScale="log2". Valeur par d?faut : NULL.
xShowTickLabel, yShowTickLabel si TRUE, les ?tiquettes des graduations axes x et y seront affich?es. Valeur par d?faut : TRUE.
xTickLabelFont, yTickLabelFont Un vecteur de longueur 3 indiquant respectivement la taille, le style et la couleur des ?tiquettes des graduations des axes x et y. Valeur par d?faut : xTickLabelFont=c(12, "bold", "black"), yTickLabelFont=c(12, "bold", "black").
xtickLabelRotation, ytickLabelRotation Angle de rotation des ?tiquettes des graduations des axes x et y. Valeur par d?faut : 0.
hideAxisTicks si TRUE, les graduations des axes x et y sont cach?es. Valeur par d?faut : FALSE.
axisLine Un vecteur de longueur 3 indiquant respectivement, la taille, le type de ligne et la couleur des lignes des axes. Valeur par d?faut : c(0.5, "solid", "#E5E5E5").

Titres

#Graphique basic
plot<-ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight')
#print(plot)

#Changer le titre principal et le titre des axes
ggplot2.customize(plot,mainTitle="Plot of weight histogram curve",
                xtitle="Weight (Kg)", ytitle="Histogram")

#Personnaliser le texte des titres.
#Valeurs possibles pour le style:'plain', 'italic', 'bold', 'bold.italic'.
ggplot2.customize(plot,  mainTitle="Plot of weight histogram curve",
                mainTitleFont=c(14,"bold.italic", "red"),
                xtitle="Weight (Kg)", ytitle="Histogram",
                xtitleFont=c(14,"bold", "#993333"), ytitleFont=c(14,"bold", "#993333"))

#Cacher le titre des axes x et y
ggplot2.customize(plot, xShowTitle=FALSE, yShowTitle=FALSE)

ggplot2 histogramggplot2 histogramggplot2 histogram

Graduation des axes

#Orientation des etiquettes des graduations des axes
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight',
                xShowTitle=FALSE, yShowTitle=FALSE,
                xTickLabelFont=c(14,"bold", "#993333"),yTickLabelFont=c(14,"bold", "#993333"),
                xtickLabelRotation=45, ytickLabelRotation=45)

#Cacher les ?tiquettes des graduations des axes
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight',
                xShowTitle=FALSE, yShowTitle=FALSE,
                xShowTickLabel=FALSE, yShowTickLabel=FALSE)

#Cacher les graduations des axes
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight',
                xShowTitle=FALSE, yShowTitle=FALSE,
                xShowTickLabel=FALSE, yShowTickLabel=FALSE,hideAxisTicks=TRUE)

#AxisLine : Un vecteur de longueur 3 indiquant la taille,
  #le type et la couleur des lignes des axes. 
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight', axisLine=c(1, "solid", "darkblue"))

ggplot2 histogramggplot2 histogramggplot2 histogramggplot2 histogram

Fond et couleurs

Changer le fond et la couleur de remplissage de l'histogramme

#Changer la couleur de fond en "white". Couleur par d?faut : "gray"
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight',
                backgroundColor="white")

#Changer la couleur de fond en "lightblue" 
#et la couleur du quadrillage en "white"
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight',
                backgroundColor="lightblue", gridColor="white")

#Changer la couleur de remplissage
#color =  colore la bordure de l'histogramme
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight',
                backgroundColor="white", color="black", fill='#FFAAD4')

#Supprimer le quadrillage; supprimer les bordures autour du graphique;
#Changer la ligne des axes
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight',
                backgroundColor="white", color="black", fill='#FFAAD4',
                removePanelGrid=TRUE,removePanelBorder=TRUE,
                axisLine=c(0.5, "solid", "black"))

#Remplir l'histogramme en fonction de la valeur du compte (..count..)
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight')+
  geom_histogram(aes(fill = ..count..))

#Remplissage par gradient d'intensit?
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight')+
  geom_histogram(aes(fill = ..count..))+
   scale_fill_gradient("Count", low = "green", high = "red")

ggplot2 histogramggplot2 histogramggplot2 histogramggplot2 histogramggplot2 histogramggplot2 histogram

Sp?cifications des couleurs

Les couleurs peuvent ?tre sp?cifi?es en utilisant du code hexad?cimal, tel que "#FFCC00". Vous pouvez ?galement utiliser des couleurs provenant du package RColorBrewer.

Code hexad?cimal Palettes RColorBrewer
Hexadecimal color code RColorBrewer

Le code R suivant peut ?tre utilis? pour afficher les palettes RColorBrewer:

rquery.loadPackages("RColorBrewer")
#Afficher toutes les palettes du packages
display.brewer.all()
#Afficher une seule palette en sp?cifiant le nom
display.brewer.pal(n = 8, name = 'Dark2')
#Afficher le code hexad?cimal d'une palette
brewer.pal(n = 8, name = "Dark2")

Les couleurs peuvent ?tre sp?cifi?es en utilisant le nom, tel que "red", "blue", "lightblue". Vous trouverez ci-dessous, un graphique de certains des noms de couleurs reconnues par R.

Pour voir l'ensemble des couleurs reconnues par R ( n = 657), utiliser le code R suivant:

colornames<-colors()
head(colornames)
showCols(cl=colornames, bg="gray33", rot=30, cex=0.75)

Les 200 premi?res couleurs sont montr?es ci-dessous :

plot of chunk r_colornamesplot of chunk r_colornames

Changer la couleur des histogrammes en fonction du groupe

Pour changer la couleur en fonction du groupe, vous devez indiquer le nom de la colonne contenant les groupes en utilisant le param?tre groupName. Il faut utiliser l'argument groupColors, pour sp?cifier les couleurs par le code hexad?cimal ou par le nom. Dans ce cas, la longueur du param?tre groupColors devrait ?tre la m?me que le nombre de groupes. Il faut utiliser l'argument brewerPalette, pour sp?cifier la couleur en utilisant les palettes RColorBrewer.

#Changer la couleur des groupes en utilisant le code hexad?cimal. 
#alpha est le d?gr? de transparence des couleurs ch?vauchantes
  #La valeur peut varier de 0 (transparence totale) ? 1 (pas de transparence)
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight', groupName='sex',
                groupColors=c('#999999','#E69F00'),alpha=0.5 )

#Changer la couleur des groupes en utilisant l'argument brewerPalette: "Paired"
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight', groupName='sex',
                brewerPalette="Paired",alpha=0.5)

#Changer la couleur des groupes en utilisant le nom des couleurs
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight', groupName='sex',
                groupColors=c('aquamarine3','goldenrod1'),alpha=0.5 )

ggplot2 histogramggplot2 histogramggplot2 histogram

L?gende

Position de la l?gende

#Changer la position de la l?gende en "top" (Valeurs possibles: "top", "left", "right", "bottom")
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight', groupName='sex', alpha=0.5,
                legendPosition="top")

#legendPosition peut ?tre aussi un vecteur de type num?rique c(x, y) indiquant les coordonn?es
#Les valeurs de x et y doivent ?tres entre 0 et 1. c(0,0) corresponds ? "bottom left"
# et c(1, 1) correspond ? "top right" position
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight', groupName='sex', alpha=0.5,
                legendPosition=c(0.8,0.2))

#Remove legend
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight', groupName='sex', alpha=0.5,
                showLegend=FALSE)

ggplot2 histogramggplot2 histogramggplot2 histogram

Il est aussi possible de mettre la l?gende ? l'int?rieur du graphique. Vous avez juste ? indiquer les coordonn?es x et y de la l?gende. Les valeurs de x et y doivent ?tre entre 0 et 1. c(0,0) correspond ? "bottom left" et c(1,1) correspond ? la position "top right".

Couleur de fond de la l?gende, titre et style des textes

#Changer la couleur de fond de la l?gende, le titre et le style des textes 
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight', groupName='sex', alpha=0.5,
                #legendTitleFont=c(size, style, color)
                legendTitle="Groups", legendTitleFont=c(10, "bold", "blue"),
                legendTextFont=c(10, "bold.italic", "red"),#legendTextFont=c(size, style, color)
                #legendBackground: c(fill, lineSize, lineType, lineColor)
                legendBackground=c("lightblue", 0.5, "solid", "darkblue" )
                )

ggplot2 histogram

Echelle des axes

Les valeurs possibles pour l'?chelle de l'axe x sont : "none", "log2" et log10. Valeur par d?faut : "none".

#Changer la limite des axes
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight', groupName='sex', alpha=0.5,
                showLegend=FALSE, xlim=c(60,72))

#Echelle log. xScale="log2". (valeur possible="none", "log2" and "log10")
  #Valeur par d?faut: "none"
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight', groupName='sex', alpha=0.5,
                showLegend=FALSE, xScale="log2")

ggplot2 histogramggplot2 histogram

Cr?er un graphique personnalis? avec peu de code R

#Graphique basic
plot<-ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight', groupName='sex',
                addMeanLine=TRUE, showLegend=FALSE,
                groupColors=c('#999999','#E69F00'), alpha=0.5,
                backgroundColor="white")
#print(plot)

#Histogramme personnalis?
plot<-ggplot2.customize(plot, xtitle="Weight (Kg)", ytitle="Count",  showLegend=FALSE, 
                mainTitle="Plot of weight histogram \nper sex")                
print(plot)


#Supprimer le quadrillage; supprimer les bordures autour du graphique; 
#Ajouter la courbe de densit? et la ligne de moyennes
ggplot2.customize(plot, removePanelGrid=TRUE,removePanelBorder=TRUE,
                 axisLine=c(0.5, "solid", "black"),
                addDensity=TRUE, showLegend=FALSE)

ggplot2 histogramggplot2 histogram

L'argument alpha est utilis? pour la transparence des couleurs.

Faceting : S?parer un graphique en plusieurs panels de graphiques

L'approche faceting s?pare un graphique en plusieurs panels. Chaque panel repr?sente une partie du jeu de donn?es.

Faceting avec une variable

#Facet en fonction de la variable "sex"
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight', groupName='sex', legendPosition="top",
            faceting=TRUE, facetingVarNames="sex") 

#Changer la direction. Valeurs possibles : "vertical", horizontal". Valeur par d?faut: vertical.
ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight', groupName='sex', legendPosition="top",
            faceting=TRUE, facetingVarNames="sex", facetingDirection="horizontal")

ggplot2 histogram and faceting approchggplot2 histogram and faceting approch

Faceting avec deux variables

Les donn?es mtcars sont utilis?es dans les exemples suivants.

data(mtcars)
head(mtcars)
##                    mpg cyl disp  hp drat    wt  qsec vs am gear carb
## Mazda RX4         21.0   6  160 110 3.90 2.620 16.46  0  1    4    4
## Mazda RX4 Wag     21.0   6  160 110 3.90 2.875 17.02  0  1    4    4
## Datsun 710        22.8   4  108  93 3.85 2.320 18.61  1  1    4    1
## Hornet 4 Drive    21.4   6  258 110 3.08 3.215 19.44  1  0    3    1
## Hornet Sportabout 18.7   8  360 175 3.15 3.440 17.02  0  0    3    2
## Valiant           18.1   6  225 105 2.76 3.460 20.22  1  0    3    1

mtcars (Motor Trend Car Road Tests) comprend la consommation de carburant et 10 aspects de la conception de l'automobile et de la performance pour 32 voitures. 

#Facet avec deux variables : vs et am.
#En ligne on a la variable vs et en colonne la variable am
ggplot2.histogram(data=mtcars, xName='mpg', groupName='vs', legendPosition="top",
                faceting=TRUE, facetingVarNames=c("vs", "am"))

#Facet avec deux variables: inverser l'ordre des 2 variables.
#En ligne : am et en colonne :vs
ggplot2.histogram(data=mtcars, xName='mpg', groupName='vs', legendPosition="top",
                faceting=TRUE, facetingVarNames=c("am", "vs"))

ggplot2 histogram and faceting approchggplot2 histogram and faceting approch

Echelle des pannels

Par d?faut, tous les panels ont la m?me ?chelle (facetingScales="fixed"). Les ?chelles peuvent ?tre ind?pendantes, en utilisant les valeurs free, free_x, or free_y.

#Facet avec des ?chelles ind?pendantes
ggplot2.histogram(data=mtcars, xName='mpg', groupName='vs', legendPosition="top",
                faceting=TRUE, facetingVarNames=c("vs", "am"), facetingScales="free")

ggplot2 histogram and faceting approch

Comme vous pouvez le constater sur le graphique ci-dessus, les pannels ont des ?chelles diff?rentes sur l'axe des y.

Apparence des ?tiquettes des pannels

#Changer le texte des panels
#Valeurs possibles pour le style:'plain', 'italic', 'bold', 'bold.italic'.
ggplot2.histogram(data=mtcars, xName='mpg', groupName='vs', legendPosition="top",
              faceting=TRUE, facetingVarNames=c("vs", "am"),
              facetingFont=c(12, 'bold.italic', "red"))

#Changer l'apparence du rectangle autour des ?tiquettes des pannels
ggplot2.histogram(data=mtcars, xName='mpg', groupName='vs', legendPosition="top",
            faceting=TRUE, facetingVarNames=c("vs", "am"),
            facetingRect=list(background="white", lineType="solid", lineColor="black", lineSize=1.5))

ggplot2 histogram and faceting approchggplot2 histogram and faceting approch

La fonction ggplot2.histogram

Description

Dessiner facilement un histogramme avec le package R ggplot2.

Utilisation

ggplot2.histogram(data, xName=NULL, groupName=NULL,  position=c("identity", "stack", "dodge"),
                addMeanLine=FALSE, meanLineColor=NULL, meanLineType="dashed", meanLineSize=1,
                addDensityCurve=FALSE, densityFill="#FF6666", densityAlpha=0.2, 
                densityLineType="solid", densityLineColor="#2F2F2F",
                scale=c("frequency", "density"),groupColors=NULL, brewerPalette=NULL,...)

Arguments

Arguments Descriptions
data data.frame ou vecteur de type num?rique. Les colonnes sont des variables et les lignes sont des observations.
xName Nom de la colonne contenant la variable x. Valeur par d?faut : NULL.
groupName Nom de la colonne contenant la variable groupe. Cette variable est utilis?e pour colorer le graphique en fonction du groupe.
position Ajuste la position des points ou des courbes chevauchantes. Valeurs possibles pour l'argument position : "identity", "stack", "dodge". Valeur par d?faut : "identity".
addMeanLine si TRUE, la ligne de la moyenne est ajout?e au graphique pour chaque groupe. Valeur par d?faut : FALSE.
meanLineColor, meanLineType, meanLineSize Couleur, type et ?paisseur de la ligne de la moyenne.
addDensityCurve si TRUE, ajoute la courbe de densit?. Valeur par d?faut : FALSE.
densityFill Couleur de remplissage de la courbe de densit?. Cette valeur est consid?r?e uniquement lorsque groupName=NULL. Si groupName est sp?cifi?, les courbes de densit? sont color?es en fonction de groupColors ou brewerPalette.
densityAlpha Degr? de transparence des couleurs chevauchantes pour les courbes de densit?. Valeur par d?faut : 0.2 (20%).
densityLineType, densityLineColor Couleur et type de ligne pour la courbe de densit?.
scale Indique si l'axe des y doit ?tre en densit? ou en fr?quence. Valeur par d?faut : frequency.
groupColors Colore des groupes. groupColors doit avoir une longueur identique au nombre de groupes.
brewerPalette Ceci peut ?tre utilis? aussi pour indiquer la couleur des groupes. Dans ce cas, le param?tre groupColors doit ?tre NULL. i.e: brewerPalette="Paired".
?. D'autres arguments ? passer ? la fonction ggplot2.customize (easyGgplot2) ou aux fonctions geom_histogram et geom_density du package ggplot2.

Les autres arguments qui peuvent ?tre utilis?s sont montr?s dans le tableau ci-dessous. Ils sont utilis?s pour personnaliser le graphique (axes, titre, arri?re plan, couleur, l?gende, ?.) g?n?rer par le package ggplot2.

Arguments Descriptions
Personnaliser le titre du graphique
mainTitle Titre du graphique.
mainTitleFont Un vecteur de longueur 3 indiquant respectivement la taille, le style et la couleur du titre des axes x et y. Les valeurs possibles pour le style : "plain", "italic", "bold", "bold.italic". La couleur peut ?tre sp?cifi?e par le code hexad?cimal(i.e: "#FFCC00") ou par le nom (i.e : "red", "green"). Valeur par d?faut: mainTitleFont=c(14, "bold", "black").
Personnaliser les axes x et y
xShowTitle, yShowTitle Si TRUE, le titre des axes x et y est affich?. Valeur par d?faut : TRUE.
xtitle, ytitle ?tiquettes des axes x et y.
xtitleFont, ytitleFont Un vecteur de longueur 3 indiquant respectivement la taille, le style et la couleur du titre des axes x et y. Valeur par d?faut : c(14,"bold", "black").
xlim, ylim Limite des axes x et y. Valeur par d?faut : NULL.
xScale, yScale Echelle des axes x et y. Valeurs possibles : c("none", "log2", "log10"). Exemple: yScale="log2". Valeur par d?faut: "none".
xShowTickLabel, yShowTickLabel si TRUE, les ?tiquettes des graduations des axes x et y seront affich?es. Valeur par d?faut : TRUE.
xTickLabelFont, yTickLabelFont Un vecteur de longueur 3 indiquant respectivement la taille, le style et la couleur des ?tiquettes des graduations des axes x et y. Valeur par d?faut : c(12, "bold", "black").
xtickLabelRotation, ytickLabelRotation Angle de rotation des ?tiquettes des graduations des axes x et y. Valeurs par d?faut: 0.
hideAxisTicks si TRUE, les graduations des axes x et y sont cach?es. Valeur par d?faut : FALSE.
axisLine Un vecteur de longueur 3 indiquant respectivement, la taille, le type de ligne et la couleur des lignes des axes. Valeur par d?faut: c(0.5, "solid", "#E5E5E5").
Personnaliser le fond du graphique
removePanelBorder si TRUE, supprime les bordures autour du graphique. Valeur par d?faut: FALSE.
removePanelGrid Si TRUE, le quadrillage est supprim?. Valeur par d?faut: FALSE.
backgroundColor Couleur de fond du graphique. Valeur par d?faut: "gray".
gridColor Couleur du quadrillage du graphique. Valeur par d?faut: "white".
Personnaliser la l?gende du graphique
showLegend Si TRUE, la l?gende du graphique est affich?e. Valeur par d?faut TRUE.
legendPosition Position de la l?gende. Valeur par d?faut: "right". Valeurs possibles pour la position : "right", "left","top", "bottom". LegendPosition peut ?tre un vecteur de type num?rique c(x, y) indiquant les coordonn?es de la l?gende. x et y doivent ?tre entre 0 et 1. c(0,0) correspond ? "bottom left" et c(1,1) correspond ? la position "top right".
legendBackground Un vecteur de longueur 4 indiquant: le remplissage de la l?gende plus la taille, le type et la couleur des bordures de la l?gende. Valeur par d?faut: legendBackground=c("#FFFFFF", 0.5, "blank", "black" ).
legendTextFont Un vecteur de longueur 3 indiquant respectivement, la taille, le style et la couleur du texte de la l?gende. Valeur par d?faut : c(10, "plain", "black"). Valeurs possibles pour le style : "plain", "italic", "bold", "bold.italic".
legendTitleFont Un vecteur de longueur 3 indiquant respectivement, la taille, le style et la couleur du titre de la l?gende. Valeur par d?faut : c(10, "plain", "black")
legendItemOrder Un vecteur de texte indiquant l'ordre des ?l?ments de la l?gende. Exemple: c("2", "1", "0.5")
Faceting : Divise le graphique en plusieurs panels
faceting si TRUE, les donn?es sont coup?es en fonction d'une ou de deux variables, et le graphique est montr? dans diff?rents panels. Dans ce cas vous devez renseigner l'argument : facetingVarNames. Valeur par d?faut : FALSE.
facetingVarNames Nom des colonnes contenant les variables ? utiliser pour le faceting. Valeur par d?faut: NULL.
facetingDirection Valeurs possibles : "vertical" et "horizontal". Valeur par d?faut : "vertical".
facetingScales Par d?faut, tous les panels ont la m?me ?chelle (facetingScales="fixed"). Les ?chelles peuvent ?tre ind?pendantes en utilisant les valeurs "free", "free_x", or "free_y". Valeur par d?faut : "fixed".
facetingFont Changer l'apparence des ?tiquettes des panels. Un vecteur de longueur 3, indiquant respectivement la taille, le style et la couleur du texte. Valeur par d?faut: facetingFont=c(size=12, font="plain", color="black").
facetingRect Modifie l'apparence du rectangle autour des ?tiquettes des panels. Valeur par d?faut : list(background=NULL, lineType=NULL, lineColor=NULL, lineSize=NULL).
facetingTextAngles Modifie l'orientation du texte des ?tiquettes des panels. Il indique les angles de rotation des textes en x et y ([0, 360]). Valeur par d?faut c(NULL, NULL).
Autres
orientation Change l'orientation du graphique. Valeurs possibles c("standard", "horizontal", "yAxisReversed"). Valeur par d?faut: "standard". 
Les valeurs possibles pour le style sont : "plain", "italic", "bold", "bold.italic".

Exemples

#plot
plot<-ggplot2.histogram(data=weight, xName='weight',groupName='sex', groupColors=c('#999999','#E69F00'))
plot<-ggplot2.customize(plot, mainTitle="Plot of weight histogram \nper sex",
                        xtitle="Weight (Kg)", ytitle="Histogram")
print(plot)


]]> Sat, 01 Feb 2014 22:05:00 +0100