Courbe de survie avec RQuery

La fonction à utiliser s'appelle rquery.survival


<h2 class="formatter-title wiki-paragraph-2" id="paragraph-format-du-fichier">Format du fichier</h2>

Le fichier accepté est au format .txt tabulation. Les variables sont en colonnes.

Télécharger un exemple de fichier en cliquant ici

Enregistrer le fichier au format .txt tabulation.
Les variables sont en colonne. Le fichier contient une colonne "evènement" appelée ici OS (pour overall survival), une colonne "temps" appelée ici "Days" et 4 autres variables qualitatives(gene1, gene2, gene3, gene4).

Pour en savoir plus sur le format de fichier accepté suivre le lien suivant : Importation et exportation des données avec RQuery-1.0


<h2 class="formatter-title wiki-paragraph-2" id="paragraph-utilisation-de-la-fonction-rquery-survival">Utilisation de la fonction rquery.survival</h2>

Courbe de survie de la variable gene4 : gene4 répartie les échantillons en 3 groupes (A, B, C)


Code R :
rquery.survival(eventName="OS", timeName="Days", varName="gene4")


La fonction prend comme paramètre:
  • Le nom de la colonne contenant l’événement (eventName="OS")
  • Le nom de la colonne contenant le temps (timeName="Days")
  • Le nom de la colonne contenant la variable d'intérêt (varName="gene4")



R vous demandera d'indiquer le fichier contenant les données. Indiquer le chemin du fichier que vous venez de télécharger.

Ci-dessous le graphique généré:


cliquez pour agrandir

La fonction crée un dossier Result/survival contenant les fichiers générés. Ce dossier inclue entre autres un fichier txt contenant les résultats de l'analyse de survie pour chacune des variables interrogées.

<h2 class="formatter-title wiki-paragraph-2" id="paragraph-enregistrer-les-donnees-dans-un-fichier-html">Enregistrer les données dans un fichier HTML</h2>

Utilisation de l'option output="html".

Par défaut la table de survie et la statistique sont affichées à l'écran. Avec l'option html tout est enregistré dans un fichier .html lequel sera ouvert automatiquement à la fin de l'exécution de la fonction

Code R :
res<-rquery.survival(eventName="OS", timeName="Days", varName="gene4", output="html)



Cliquez ici pour voir un exemple de fichier html généré.





<h2 class="formatter-title wiki-paragraph-2" id="paragraph-courbe-de-survie-pour-une-liste-de-variable">Courbe de survie pour une liste de variable</h2>

Il suffit d'indiquer la liste dans le paramètre varName.

Code R :
 
res<-rquery.survival(eventName="OS", timeName="Days", varName=c( "gene1", "gene2","gene4"))
 


Dans ce cas un fichier pdf est généré contenant l'ensemble des graphique.

Cliquez ici pour voir un exemple de fichier pdf généré.





<h2 class="formatter-title wiki-paragraph-2" id="paragraph-utilisateur-avance">Utilisateur avancé</h2>


rquery.survival

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