Analyse en composante principale avec R
Table des matières
Pr?requis
Avant de continuer, je vous invite ? lire les deux cours suivants si vous n'?tes pas tr?s familiaris?s avec l' ACP.
1- Introduction ? l'analyse en composante principale
2- Analyse en composante principale cours
Fichier contenant le jeu de donn?es pour l'ACP
T?l?chargez le fichier contenant une table de donn?es en cliquant ici. (Faire un clique-droit -> puis enregistrer la cible du lien sous)
Enregistrez le fichier au format .txt tabulation. Les variables sont en colonnes et les individus en ligne.
Importation des donn?es dans R
La commande R ? utiliser :
Code R :
#importation des donn?es #R vous demandera le chemin du fichier automatiquement data<-read.table(file=file.choose(), sep="\t", header=TRUE, row.names=1, check.names=FALSE)
Analyse en composante principale avec FactoMineR
Code R
Code R :
# PCA library(FactoMineR) pca<-PCA(data)
La commande dessine automatiquement le plan factoriel des individus et des variables.
Le r?sultat de la commande est une liste et inclut les ?l?ments suivants:
name description 1 "$eig" "eigenvalues" 2 "$var" "results for the variables" 3 "$var$coord" "coord. for the variables" 4 "$var$cor" "correlations variables - dimensions" 5 "$var$cos2" "cos2 for the variables" 6 "$var$contrib" "contributions of the variables" 7 "$ind" "results for the individuals" 8 "$ind$coord" "coord. for the individuals" 9 "$ind$cos2" "cos2 for the individuals" 10 "$ind$contrib" "contributions of the individuals" 11 "$call" "summary statistics" 12 "$call$centre" "mean of the variables" 13 "$call$ecart.type" "standard error of the variables" 14 "$call$row.w" "weights for the individuals" 15 "$call$col.w" "weights for the variables"
Graphique des individus
cliquez pour agrandir
Graphique des variables
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Les ?l?ments cl?s du r?sultat d'une ACP
Code R :
pca$eig # Affiche les valeurs propres/contributions des axes factoriels pca$var$coord # Affiche les coordonn?es des variables pca$var$cor #Affiche les corr?lations variables - axes factoriels pca$var$cos2 #qualit? de projection des variables pca$var$contrib # contribution des variables aux axes factoriels pca$ind$coord # coordonn?es des individus dans le plan factoriel pca$ind$cos2 # Qualit? de repr?sentation des individus pca$ind$contrib # Contribution des individus aux axes factoriels
Enregistrement des r?sultat de l'ACP dans un fichier
Code R :
write.infile(pca, file="pca_result.txt", sep="\t")
T?l?charger le fichier g?n?r? en cliquant sur le lien suivant: pca_result3614.txtLe fichier contient:
eig: correspondant aux valeurs propres, le % de variance et le % de variance cumul?e
var: Contient les r?sultats pour les variables actives (coordonn?es, corr?lation entre les variables et les axes, COS2, contributions);
ind : Contient les r?sultats pour les individus actifs (coordonn?es COS2, contributions);
ind.sup : Contient les r?sultats pour les individus suppl?mentaires (coordonn?es COS2);
quanti.sup : R?sultats pour les variables suppl?mentaires quantitatives (coordonn?es, corr?lation entre les variables et les axes).
quali.sup : R?sultats pour les variables qualitatives suppl?mentaires (coordonn?es, des cat?gories de chacun des variables ).
Voir aussi
Analyse en composante principale avec R et RQuery en partant de z?ro connaissance
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